これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ConvertToAtac です。
プログラム：
NAME
sim4dbutils-sim4dbで生成されたアライメントファイルを操作するユーティリティ
convertPolishes-sim4db形式とGFF3形式の間で変換します
filterPolishes-シーケンスの同一性、カバレッジ、および長さに基づいてアライメントをフィルタリングします。
mergePolishes-複数のファイルからの配置をマージします
sortPolishes-cDNAまたはゲノム配列インデックスまたは配列名でアラインメントをソートします
convertToExtent-sim4db形式から単一行のタブ区切り形式に変換します
fixPolishesIID-特定のfastaファイルのシーケンスインデックスを使用するようにsim4dbファイルを更新します。
sim4dbファイルからアライメントのサブセットを抽出するためにも使用できます。
deepOfPolishes-さまざまな場所での研磨の深さのタブ区切りのヒストグラムを出力します
ウィンドウサイズ。
headPolishes-ファイルの最初のN個の配置を印刷します。 (1)
pickBestPolish-各cDNAの「最良の」アラインメントのみを報告する
pickUniquePolish-明確な単一の最適なアライメントがある場合のアライメントを報告します
各cDNA。
plotCoverageVsIdentity-（1）パーセント同一性のヒストグラムを生成します。（2）
パーセントカバレッジのヒストグラム、および（3）パーセント同一性とカバレッジのリスト（
散布図で使用）。
uniqPolishes-複数のアラインメントを持つcDNAのすべてのアラインメントをフィルターで除外します（-uniq）または
単一の配置（-dupl）。 に似ている uniq(1)
realignPolishes-sim4dbファイルにリストされているアライメントを再計算します。
reportAlignmentDifferences-一連のエラーのタイプのヒストグラムを生成します
アラインメント 非対応 & 非推奨の
comparePolishes-XNUMXつのファイルの配置を相関させます。
convertToAtac-sim4db形式からATAC形式に変換します。
detectChimera-キメラである可能性のある配列のアラインメントを調べます。
マップされたカバレッジ-によってカバーされるクエリシーケンス（EST、cDNA）の量を報告します
配置。
parseSNP-SNPのアライメントを分析します。
removeDuplicate-入力で重複する配置を検索します。
vennPolishes-複数のsim4dbファイルのベン図を生成します。 中古 内部で by
ESTマッパー クリーンポリッシュ
要約ポーランド語
DESCRIPTION
これらのプログラムは、使用できるさまざまなユーティリティです。 シム4db（1）-生成されたアライメントファイル。
onworks.net サービスを使用してオンラインで ConvertToAtac を使用する
