これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド e-PCR です。
プログラム：
NAME
e-PCR — DNA 配列内の配列タグ付きサイト (STS) を検索します。
SYNOPSIS
e-PCR [-hV] [posix-オプション] stsファイル [ファスタ ...] [互換オプション]
DESCRIPTION
プログラムは、ゲノム上のプライマーペアの位置で blast を置換します。
PCR産物を生成します。
OPTIONS
posix オプションは次のとおりです。
-m =## マージン (デフォルトは 50)
-w =## ワードサイズ (デフォルトは 7)
-n =## 許容される最大不一致数 (デフォルトは 0)
-g=## 許可される最大インデル数 (デフォルトは 0)
-f =## ## 不連続な単語を使用します。##>1 の場合は遅くなります
-o =## 出力ファイルを設定する
-t =## 出力形式を設定します。
1 - クラシック、範囲 (pos1..pos2)
2 - クラシック、ミッドポイント
3 - 表形式
4 - コメント内で配置された表形式 (遅い)
-d =##-## デフォルトのサイズ範囲を設定します (デフォルトは 100 ～ 350)
-p =+- ヒットの後処理をオン/オフにする
-v=## 詳細フラグ
-a=ああ|ふ 事前サイズ調整を使用します (ギャップ > 0 の場合のみ)、遅い
a - 常に、または f - フォールバックとして
-x =+- プライマーの 5' 末端の小文字マスキングを使用します (デフォルト -)
-u=+- すべてのプライマーを大文字にする (デフォルトは -)
compat-options (重複した posix-options) は次のとおりです。
M=## マージン (デフォルトは 50)
W=## ワードサイズ (デフォルトは 7)
N=## 許可される不一致の数 (デフォルトは 0)
G=## 許可される最大インデル数 (デフォルトは 0)
F=## ## 不連続な単語を使用する
O=## 出力ファイルを ## に設定します
T=## 出力形式の設定 (1..3)
D=##-## デフォルトのサイズ範囲を設定する
P=+- 後処理ヒットのオン/オフ
V=## 詳細フラグ
A=ああ|ふ 事前サイズ調整を使用します (ギャップ > 0 の場合のみ)、遅い
a - 常に、または f - フォールバックとして
X=+- プライマーの 5' 末端の小文字マスキングを使用します (デフォルト -)
U=+- すべてのプライマーを大文字にする (デフォルトは -)
-ミッド T=2と同じ
さらなるオプションについては、お電話ください。 e-PCR オプションなしで。
onworks.net サービスを使用してオンラインで e-PCR を使用する
