これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fastaq です。
プログラム：
NAME
fastaq - FASTA および FASTQ ファイル操作ツール
SYNOPSIS
ファーストク [オプション]
説明0nf
コマンドの使用量を最小限にするには、fastaq コマンドを使用します。
コマンドの完全なヘルプを表示するには、次のいずれかを使用します。 fastaq コマンド -h fastaq コマンド - 助けて
使用可能なコマンド：
add_indels 指定された位置の塩基を削除または挿入します。 caf_to_fastq
CAF ファイルを FASTQ 形式に変換します。 capillary_to_pairs キャピラリのファイルを変換します。
ペア化されたファイルとペア化されていないファイルへの読み取りチャンカー化シーケンスを均等に分割します
サイズのチャンク count_sequences 入力ファイルのシーケンスをカウントします。
インターリーブされたペア ファイルを XNUMX つの別々のファイルに分割します。
ファイル内のシーケンスを 1,2,3、XNUMX、XNUMX... などと呼びます。
縮重ヌクレオチドの組み合わせ fasta_to_fastq FASTA と .qual を次のように変換します。
FASTQ フィルター シーケンスをフィルターしてそのサブセットを取得します get_ids
各シーケンスの ID を取得します get_seq_flanking_gaps ギャップに隣接するシーケンスを取得します
interleave XNUMX つのファイルをインターリーブし、出力は fwd/rev 読み取りを交互に行います。
make_random_contigs ランダムなシーケンスのコンティグをマージします。
複数のシーケンス ファイルを単一のシーケンスに置き換えます replace_bases すべての出現箇所を置き換えます
ある文字と別の文字を組み合わせた reverse_complement すべてのシーケンスを逆補完します
scaffolds_to_contigs スキャフォールドのファイルからコンティグのファイルを作成します。
文字列 (およびその逆補数) と完全に一致するものをすべて検索します。
指定された文字列と完全に一致するものをすべてのシーケンスの先頭から削除します。
シーケンスを長さ順に並べ替えます。 split_by_base_count 複数のシーケンス ファイルを次のように分割します。
個別のファイルstrip_illumina_suffix ストリップ /1 or /2 すべての読み名の末尾
to_boulderio primer3 to_fake_qual で使用される Boulder-IO 形式に変換します。
偽の品質スコアファイルを作成 to_fasta さまざまな入力フォーマットを変換
適切にフォーマットされた FASTA 形式に to_mira_xml のファイルから XML ファイルを作成します。
Mira アセンブラで使用する読み取り to_orfs_gff オープンの GFF ファイルを書き込みます
フレームの読み取り to_perfect_reads 参照から完全なペア読み取りを作成します
to_random_subset シーケンス (およびオプションでメイトも) のランダムなサンプルを作成します。
to_tiling_bam 入力全体に均一に分散された読み取りの BAM ファイルを作成します
reference to_unique_by_id 名前に基づいて重複したシーケンスを削除します。 保つ
最長配列翻訳 入力ヌクレオチド配列内のすべての配列を翻訳します。
トリム_Ns_at_end すべてのシーケンスの開始/終了ですべての N をトリムします。
各コンティグの端から設定された数の塩基をトリムします。 Trim_ends トリム固定
各配列の開始および/または終了の塩基数 バージョン 印刷バージョン
番号と出口
onworks.net サービスを使用してオンラインで fastaq を使用する
