これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-do_dssp です。
プログラム：
NAME
gmx-do_dssp - 二次構造を割り当て、溶媒にアクセス可能な表面積を計算します
SYNOPSIS
gmx do_dssp [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-地図 [<.map>]] [-ssdump [<.dat>]] [-o [<.xpm>]]
[-sc [<.xvg>]] [-a [<.xpm>]] [た [<.xvg>]]
[-ああ [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-あなた ] [-[今] [-xvg ] [-sss ]
[-ver ]
DESCRIPTION
GMX do_dssp 軌跡ファイルを読み込み、毎回二次構造を計算します。
dssp プログラムを呼び出すフレーム。 dssp プログラムをお持ちでない場合は、次のサイトから入手してください。
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. GMX do_dssp dssp 実行可能ファイルが存在すると仮定します。
in /usr/local/bin/dssp。 そうでない場合は、環境を設定する必要があります
変数 DSSP dssp 実行可能ファイルを指します。例:
設定環境 DSSP /opt/dssp/bin/dssp
バージョン 2.0.0 以降、dssp は以前のバージョンとは異なる構文で呼び出されます。 もしも
古いバージョンの dssp を使用している場合は、 -ver do_dssp に古いバージョンを使用するよう指示するオプション
構文。 デフォルトでは、do_dssp はバージョン 2.0.0 で導入された構文を使用します。 さらに新しい
バージョン (執筆時点ではまだリリースされていません) は同じであると想定されます
構文は 2.0.0 です。
各残基と時間の構造割り当ては、 .xpm マトリックスファイル。 これ
ファイルはたとえば次のように視覚化できます xv でPostscriptに変換できます
xpm2ps。 個々のチェーンは、ライトグレーの線で区切られています。 .xpm そして追記
ファイル。 各二次構造タイプの残基の数と二次構造の合計
構造 （-sss) 時間の関数としてのカウントもファイル (-sc).
残留物ごとの溶媒到達可能表面 (SAS) を絶対値で計算できます。
(A^2) および残基の最大到達可能表面の一部で表されます。 最大の
アクセス可能な表面は、連鎖中の残基のアクセス可能な表面として定義されます。
グリシン。 Note プログラム [gmx-sas] も SAS を計算できること、そしてそれ以上であること
効率的。
最後に、このプログラムは二次構造を特別なファイルにダンプできます。 ssdump.dat for
プログラム内での使用法 GMX χ。 これら XNUMX つのプログラムを一緒に使用して、二面角を解析できます。
二次構造タイプの関数としての特性。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
-地図 [<.map>] (ss.map) （図書館）
マトリックスデータを色にマッピングするファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-ssdump [<.dat>] (ssdump.dat) （オプション）
一般的なデータファイル
-o [<.xpm>] (ss.xpm)
XPixMap互換のマトリックスファイル
-sc [<.xvg>] (scount.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-a [<.xpm>] (エリア.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル
た [<.xvg>] (totarea.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-ああ [<.xvg>] (averarea.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-sss (ヘブト)
構造数の二次構造
-ver (2)
DSSP のメジャー バージョン。 バージョン 2 で変更された構文
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-do_dssp を使用する
