gmx-editconf - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-editconf - 構造ファイルの変換と操作

SYNOPSIS

gmx editconf [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-ミード [<.pqr>]] [-[今]
[-[no]ndef] [-bt ] [-ボックス ]
[-角度 ] [-d ] [-[いいえ]c]
[-センター ] [-中央揃え ]
[-整列 ] [-翻訳 ]
[-回転 ] [-[いいえ]王子] [-規模 ]
[-密度 ] [-[no] pbc] [-resnr ] [-[いいえ]把握]
[-rvdw ] [-[いいえ]sig56] [-[いいえ]vdwread] [-[いいえ]原子]
[-[いいえ]凡例] [-ラベル ] [-[いいえ]接続します]

DESCRIPTION

GMX editconf 一般的な構造形式をに変換します .gro, .g96 or .pdb.

ボックスはオプションで変更可能 -ボックス, -d および -角度。 両方 -ボックス および -d 中心になります
システムは箱に同梱されています。 -ノック 使用されている。

オプション -bt ボックスのタイプを決定します。 三斜晶系 三斜晶ボックスです。 キュービック 長方形です
すべての辺が等しいボックス 十二面体 菱形十二面体を表し、 八面体 is
切頂八面体。 最後の XNUMX つは、三斜晶ボックスの特殊なケースです。 長さ
切頂八面体の XNUMX つのボックス ベクトルは、XNUMX つの間の最短距離です。
向かい合った六角形。 一定の周期的な画像距離を持つ立方体ボックスとの相対的な体積
これと同じ周期距離を持つ十二面体の周期は立方体の周期の 0.71 倍であり、
切頂八面体のそれは 0.77 倍です。

オプション -ボックス 立方体、菱形十二面体、または切頭体の場合、値は XNUMX つだけ必要です
八面体の箱。

-d フォルダーとその下に 三斜晶系 ボックスにシステムのサイズを入力します。 x-, y-、 と z-方向は
使用済み。 と -d および キュービック, 十二面体 or 八面体 ボックスの寸法は次のように設定されます。
系の直径 (原子間の最大距離) に指定された距離の XNUMX 倍を加えたもの。

オプション -角度 オプションを付けた場合にのみ意味を持ちます -ボックス 三斜晶ボックスは使用できません
オプション付き -d.

日時 -n or -ndef が設定されている場合、サイズを計算するためのグループを選択でき、
幾何学的中心、それ以外の場合はシステム全体が使用されます。

-回転 座標と速度を回転させます。

-プリン システムの主軸を座標軸に沿って揃えます。
軸と一致 x-軸。 これによりボックスの体積を減らすことができる場合がありますが、注意してください。
分子はナノ秒以内に大きく回転できるということです。

スケーリングは、他の操作が実行される前に適用されます。 ボックスと座標
特定の密度を与えるようにスケーリングできます (オプション -密度）。 これは次の可能性があることに注意してください
の場合は不正確です .gro ファイルが入力として与えられます。 スケーリングオプションの特別な機能
つまり、係数 -1 が XNUMX 次元で与えられると、鏡像が得られます。
飛行機の一つで。 1 次元で -XNUMX を使用すると、点鏡像は次のようになります。
得られた。

すべての操作が適用された後にグループが選択されます。

周期性は大まかな方法​​で削除できます。 ボックスのベクトルが次の位置にあることが重要です。
周期性を削除する場合は、入力ファイルの下部が正しいです。

書くとき .pdb ファイルでは、B ファクターを次のコマンドで追加できます。 -bf オプション。 B 因子が読み取られます
次の形式のファイルから: 最初の行にはファイル内のエントリの数が示されます。
次の行にはインデックスとそれに続く B 因子が記載されています。 B ファクターは次のように添付されます。
インデックスが残基数より大きい場合、または残基 -原子 オプション
が設定されています。 明らかに、B 因子の代わりに任意のタイプの数値データを追加できます。 -伝説
最小値から最大値までの範囲の B 因子を持つ CA 原子の行が生成されます。
値が見つかり、表示用の凡例が効果的に作成されます。

オプション付き -ミード 特別 .pdb MEAD静電プログラム用の(.pqr)ファイル
（ポアソン・ボルツマンソルバー）が作れます。 さらに前提条件として、入力ファイルが
入力ファイルを実行します。 次に、B 因子フィールドには、次の関数のファン デル ワールス半径が入力されます。
占有フィールドが電荷を保持している間、原子。

オプション -把握する は似ていますが、電荷を B 因子に、半径を に置きます。
占有率。

オプション -整列 指定したグループの主軸を、
指定されたベクトル。オプションの回転中心は次のように指定されます。 -中央揃え.

最後にオプションで -ラベル, editconf チェーン識別子を追加できます .pdb ファイル、
Rasmol などを使用した分析に役立ちます。

立方体ボックスを使用するパッケージによって生成された切り取られた八面体ファイルを変換するには
角を切り落とした場合 (GROMOS など)、以下を使用します。

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

コラボレー ベクレン 立方体のサイズを掛けたものです 平方根(3)/2.

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル

-bf [<.dat>] (bfact.dat) （オプション）
一般的なデータファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.gro / .g96 / ...>] （out.gro） （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp

-ミード [<.pqr>] (ミード.pqr) （オプション）
MEAD用座標ファイル

その他のオプション：

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-[no]ndef （いいえ）
デフォルトのインデックス グループから出力を選択する

-bt (三斜晶系)
ボックスタイプ用 -ボックス および -d: 三斜晶系、立方体、十二面体、八面体

-ボックス (0 0 0)
ボックス ベクトルの長さ (a、b、c)

-角度 （90 90 90）
ボックス ベクトル間の角度 (bc、ac、ab)

-d (0)
溶質とボックスの間の距離

-[いいえ]c （いいえ）
ボックス内の中心分子（によって暗示されます） -ボックス および -d)

-センター (0 0 0)
幾何学的中心の座標

-中央揃え (0 0 0)
アライメント用の回転中心

-整列 (0 0 0)
ターゲットベクトルに合わせる

-翻訳 (0 0 0)
インタビュー

-回転 (0 0 0)
X、Y、Z 軸を中心とした回転 (度単位)

-[いいえ]王子 （いいえ）
分子を主軸に沿って配向します

-規模 (1 1 1)
スケーリングファクター

-密度 (1000)
スケーリングによる出力ボックスの密度（g/L）

-[no] pbc （いいえ）
周期性を取り除く（分子を元通りにする）

-resnr （-1）
resnr から始まる残基の番号を付け直す

-[いいえ]把握 （いいえ）
原子の電荷を B 因子フィールドに格納し、原子の半径を に格納します。
占有フィールド

-rvdw (0.12)
データベース内にファンデルワールス半径が見つからない場合、または次の場合のデフォルトのファンデルワールス半径（nm）
トポロジ ファイルにパラメータが存在しません

-[いいえ]sig56 （いいえ）
sigma/2 ではなく rmin/2 (ファンデルワールスポテンシャルの最小値) を使用します。

-[いいえ]vdwread （いいえ）
ファイルからファンデルワールス半径を読み取ります vdwradii.dat を計算するのではなく、
力場に基づく半径

-[いいえ]原子 （いいえ）
原子ごとに B 因子結合を強制する

-[いいえ]凡例 （いいえ）
Bファクターの伝説を作る

-ラベル （）
すべての残基に鎖ラベルを追加

-[いいえ]接続します （いいえ）
CONECT レコードを .pdb 書き込まれたときのファイル。 トポロジが次の場合にのみ実行できます。
現在

KNOWN 問題

· 複雑な分子の場合、周期性除去ルーチンが失敗する可能性があります。その場合、
使用することができます GMX trjconv.

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