これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gt-cds です。
プログラム：
NAME
gt-cds - GFF3 ファイルで指定されたエクソン特徴に CDS (コーディング配列) 特徴を追加します。
SYNOPSIS
gt CDS [オプション...] [GFF3_file]
DESCRIPTION
-マイナーフレン [値]
CDS として追加する必要があるオープン リーディング フレーム (ORF) の最小長を設定します
特徴 (アミノ酸単位で測定) (デフォルト: 64)
-開始コドン [はい|いいえ]
ORF が開始コドンで始まる必要があるよりも必要です (デフォルト: no)
-ファイナルストップコドン [はい|いいえ]
最後の ORF は終止コドンで終わる必要があります (デフォルト: いいえ)
-seqfile [ファイル名]
シーケンスを取得するシーケンス ファイルを設定します (デフォルト: 未定義)
-encseq [ファイル名]
シーケンスの取得元となるエンコードされたシーケンスのインデックス名を設定します (デフォルト:
未定義）
-seqfiles
特徴を抽出するシーケンス ファイルを設定します。 -- リストを終了するには
シーケンスファイルの
-matchdesc [はい|いいえ]
入力ファイルから配列の説明を検索して、目的の配列 ID を見つけます (
GFF3)、最初の一致を報告します (デフォルト: いいえ)
-matchdescstart [はい|いいえ]
目的のシーケンスの入力ファイルのシーケンス記述と完全に一致します。
先頭から最初の空白までの ID (GFF3 内) (デフォルト: no)
-usedesc [はい|いいえ]
シーケンス記述を使用して、シーケンス ID (GFF3 内) を実際のシーケンスにマッピングします。
エントリ。 説明にシーケンス範囲 (例: III:1000001..2000000) が含まれる場合、
最初の部分はシーケンス ID として使用されます (3)、最初の範囲の位置をオフセットとして指定します。
(1000001) (デフォルト: いいえ)
-リージョンマッピング [文字列]
シーケンス領域を含むファイルとシーケンス ファイルのマッピングを設定します (デフォルト: 未定義)
-v [はい|いいえ]
冗長にする（デフォルト：いいえ）
-o [ファイル名]
指定されたファイルに出力をリダイレクトします（デフォルト：未定義）
-gzip [はい|いいえ]
gzip圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）
-bzip2 [はい|いいえ]
bzip2圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）
-力 [はい|いいえ]
出力ファイルへの書き込みを強制します（デフォルト：no）
-助けて
ヘルプを表示して終了します
-バージョン
バージョン情報を表示して終了します
オプションのファイル形式 -リージョンマッピング:
オプション -regionmapping に指定されたファイルは、「マッピング」を定義します。 マッピングは、
で指定されたシーケンス領域エントリ GFF3_ファイル を含むシーケンスファイルに
対応するシーケンス。 マッピングは、次の XNUMX つの形式のいずれかで定義できます。
マッピング = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
関数マッピング(sequence_region)
return "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
end
最初の形式は Lua (http://www.lua.org) それぞれをマッピングする「mapping」という名前のテーブル
配列領域を対応する配列ファイルにコピーします。 XNUMX 番目は Lua 関数を定義します
「マッピング」。これは、
引数として sequence_region を指定します。
報告 バグ
バグを報告する[メール保護]>.
onworks.net サービスを使用して gt-cds をオンラインで使用する
