これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド hmmemit です。
プログラム：
NAME
hmmemit - プロファイル HMM からのサンプル シーケンス
SYNOPSIS
うーん [オプション] うーんファイル
DESCRIPTION
うーん プログラムは、プロファイル HMM からシーケンスをサンプリング (放出) します。 うーんファイル,
それらを出力に書き込みます。 サンプリング シーケンスはさまざまな目的に役立ちます。
これには、ベンチマークまたはテスト用の合成真陽性の作成が含まれます。
デフォルトでは、コア確率モデルから XNUMX つの非整列シーケンスをサンプリングします。
は、各配列が XNUMX つの完全長ドメインで構成されていることを意味します。 あるいは、 -c
オプションを使用すると、単純な多数決ルールのコンセンサス シーケンスを出力できます。 または -a オプション、あなた
アライメントを発行できます (その場合、おそらく設定も必要になります) -N 何か他のものに
デフォルトのモデルごとに 1 シーケンスよりも異なります)。
別のオプションとして、 -p オプションで、完全に設定されたシーケンスからサンプリングできます。
HMMER 検索プロファイル。 これは、HMMER の定義に従って「相同配列」をサンプリングすることを意味します。
非相同フランキング配列、ローカルアラインメント、および複数のドメインを含む
シーケンスは、プロファイルに選択された長さモデルと位置合わせモードに応じて異なります。
うーんファイル HMM のライブラリが含まれる場合があります。その場合、各 HMM が順番に使用されます。
'-'（ダッシュ）の場合があります。これは、この入力をから読み取ることを意味します。 stdin ファイルではなく。
COMMON OPTIONS
-h ヘルプ; コマンドラインの使用法と利用可能なすべてのオプションの簡単なリマインダーを印刷します。
-o 出力シーケンスをファイルに送信します 、ではなく (Linuxで言うところのstdout）.
-N サンプル XNUMX つだけではなく、モデルごとにシーケンスを作成します。
OPTIONS 制御 WHAT に 放出する
デフォルトではサンプリングが行われます N コアモデルからのシーケンス。 あるいは、次のことを選択することもできます
次の選択肢のうち XNUMX つ (そして XNUMX つだけ)。
-a 各 HMM のアライメントを出力します。 うーんファイル 整列されていないサンプリングではなく
シーケンスを一度に XNUMX つずつ実行します。
-c からシーケンスをサンプリングする代わりに、複数ルールのコンセンサス シーケンスを出力します。
HMM の確率分布をプロファイルします。 コンセンサス配列は次のように形成されます。
各一致状態で最大確率剰余を選択します。
-C よりも派手な複数ルールのコンセンサス シーケンスを発行します。 -c オプション。 最大の場合
p を持つ確率剰余 分 小文字の「任意の」残基 (n または x) として表示します。 もし
p >= 分 そして ありません それを小文字の剰余として表示します。 そして p >= の場合 ありません それを次のように表示します
大文字の剰余。 デフォルト設定は、 ありません & 分 どちらも 0.0 です。
手段 -C と同じ出力が得られます -c こちらも設定しない限り ありません & 分 あなたに
欲しいです。
-p コアからではなく、暗黙的な検索プロファイルからアライメントされていないシーケンスをサンプルする
モデル。 コア モデルは、相同状態 (開始点と開始点の間) のみで構成されます。
HMMER Plan7 モデルの最終状態)。 プロファイルには非相同 N が含まれており、
C および J 状態、ローカル/グローカルおよびユニ/マルチヒット アルゴリズム設定、および
ターゲットレングスモデル。 したがって、プロファイルからサンプリングされたシーケンスには次のものが含まれる可能性があります。
非相同配列と相同配列があり、複数の配列が含まれる場合があります。
相同配列セグメント。 デフォルトでは、プロファイルはマルチヒット ローカル モードになっており、
ターゲットシーケンスの長さは L=400 に設定されます。
OPTIONS 制御 放出 FROM プロフィール
これらのオプションを使用するには、 -p オプションを選択します。
-L プロファイルのターゲット配列長モデルを設定して、平均長を生成します。
約デフォルトの 400 ではなく。
- ローカル
マルチヒットのローカル アライメント用のプロファイルを設定します。
--unilocal
ユニヒット ローカル アライメントのプロファイルを構成します (Smith/Waterman)。
--グローカル
マルチヒット グローカル アライメント用のプロファイルを設定します。
--uniglocal
ユニヒット グローカル アライメント用のプロファイルを設定します。
OPTIONS 制御 ファンシー コンセンサス 放出
これらのオプションを使用するには、 -C オプション.
--minl
設定します 分 弱く保存された残基を小文字として表示するためのしきい値。 (0 <=
x <= 1)
--分
設定します ありません 強く保存された残基を大文字で表示するためのしきい値。 (0
<= x <= 1)
その他 OPTIONS
- シード
乱数ジェネレータに次のシードを与えます 、整数 >= 0。 ゼロ以外の任意の値です
確率的シミュレーションは再現可能です。 同じコマンドで同じ結果が得られます
結果。 もしも が 0 の場合、乱数ジェネレーターは任意にシードされ、
確率的シミュレーションは、同じコマンドの実行ごとに異なります。 デフォルト
0: 任意のシードを使用するため、異なります うーん 実行すると異なる結果が生成されます
。)
onworks.net サービスを使用してオンラインで hmmemit を使用する
