infernal - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

Infernal - RNA 配列と二次構造のプロファイルを使用した配列解析
コンセンサス

SYNOPSIS

cmalign
シーケンスを共分散モデルに合わせて調整する

cmビルド
構造的に注釈が付けられた RNA 複数配列から共分散モデルを構築する
アライメント

cmキャリブレーション
共分散モデルの E 値を決定するための指数関数的裾の当てはめ

cm変換
Infernal 共分散モデル ファイルを変換する

cmemit
共分散モデルからのサンプルシーケンス

cmfetch
ファイルから共分散モデルを取得する

センチメートルプレス
cmscan 用の共分散モデル データベースを準備する

cmスキャン
共分散モデルデータベースに対する配列の検索

cmsearch
配列データベースに対して共分散モデルを検索する

cmstat
共分散モデルファイルの要約統計量

DESCRIPTION

Infernal は、構造 RNA 配列のアライメントとデータベースのためのいくつかのプログラムのスイートです。
相同性検索。 「共分散モデル」（CM）と呼ばれる確率モデルを使用して、
の多重アラインメント (または単一配列) のおそらく進化的相同体を表す
構造的な RNA 配列ファミリー。

RNA ファミリーおよび関連する CM の Rfam データベースと併せて
(http://rfam.sanger.ac.uk)、Infernal を使用して、既知の構造のホモログに注釈を付けることができます。
ゲノム内の RNA ファミリー。

Infernal は、配列ファミリー解析のための HMMER ソフトウェア スイートと密接に関連しています。
プロファイル HMM (http://hmmer.org) ですが、RNA の構造配列用に特別に設計されています。
家族。 プロファイル HMM のようにファミリーの保存された配列をモデル化することに加えて、
CM は、ファミリーの保存された、よく入れ子になった (擬似結節のない) 二次構造を次のようにモデル化します。
良い。 したがって、CM の検索および位置合わせの方法は、比較的計算効率が高くなります。
高い。 Infernal は、プロファイル HMM をフィルターとして使用し、制約を導き出すために使用します。
CM手法をより実践的に。

Infernal は、次の XNUMX つの主なモードで使用されます。配列データベースで、ある配列の新しい相同体を検索します。
RNAファミリー（またはゲノム内のホモログに注釈を付ける）。 CM データベース (Rfam など) を検索して見つける
クエリ配列がどの既知のファミリーに属しているか。 大きなものを自動的に構築する
CM を使用した複数のアラインメント (つまり、事実上無制限の数の配列)
配列ファミリーの代表。

RNA 配列の構造的に注釈が付けられた複数の配列アラインメントがあると仮定します。
関心のあるファミリーがあり、配列データベースで追加のホモログを検索したいと考えています。
　 cmビルド プログラムは複数のアライメントから共分散モデルを構築し、 cmキャリブレーション
データベースの統計的有意性を推定するための重要なパラメータを決定します
以降の検索でモデルがヒットします。

　 cmsearch プログラムは、シーケンス データベースに対して CM を検索します。

Infernal ベースの CM データベースを使用して分析したい配列があるとします。
ラファムみたいに（http://rfam.sanger.ac.uk）。 ザ センチメートルプレス プログラムは共分散モデルをフォーマットします
(Rfam からダウンロードするファイルなど) を Infernal バイナリ データベースにコピーします。 の
cmスキャン プログラムは、そのデータベースに対して配列を検索します。

多数のシーケンスを整列させたいとします。 管理しやすいほど小さなものを構築できます
代表的な配列セットの構造アラインメントを使用して CM を構築します。 cmbuild、 &
使用 cmalign プログラムを使用して、任意の数のシーケンスをその CM に合わせます。

Infernal には、大規模な CM データベースを操作するための補助ツールもいくつか含まれています。 cmfetch
データベースから XNUMX つ以上の CM を取得します。 cmstat CM に関する概要統計を出力します。
ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。

Infernal の以前のバージョンおよび HMMER との互換性のために、 cm変換
プログラムは CM ファイルを他のいくつかの形式に変換します。

　 cmemit プログラムは、CM からサンプリングすることによって「相同」配列を生成 (シミュレート) します。 それ
「コンセンサス」シーケンスを生成することもできます。

各プログラムには独自のマニュアル ページがあります。

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