これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド kmc_tools です。
プログラム：
NAME
kmc_tools - k-mer データベースに対する追加の操作
SYNOPSIS
kmc_tools [グローバルパラメータ] 【動作パラメータ】
DESCRIPTION
このコマンドとそのさまざまなサブコメントは、KMC 上で多くの操作を実装します。
データベース。
kマー セット 管理ツール の 2 KMC データベースを追加しました
交わります
2つのk-merセットの交差
kmers_subtract
2 k-mer セットの減算
カウンタ_サブトラクト
2 k-mer セットの減算をカウンターします。
組合
2つのk-merセットの結合
管理ツール の KMC データベース
sort
KMC2.x によって生成されたデータベースから k-mer をソートします
減らします
稀すぎて頻度が高すぎるk-merを除外する
コンパクト
カウンターを削除 (k-mer のみを保存)
ヒストグラム
k-mer の出現のヒストグラム
ダンプ
k-mer とカウンターをテキスト ファイルにダンプします
よ 複雑な 操作：
複雑な
多数の入力データベースを使用した複雑な操作
その他 操作：
filter
k-mer の数が少なすぎるリードをフィルターで除外します
OPTIONS
全体的な パラメータ：
-t
スレッドの総数 (デフォルト: CPU コアの数)
-v
詳細モードを有効にする (いくつかの情報を表示する) (デフォルト: false)
-hp
進行状況の割合を非表示にする (デフォルト: false)
実施例
kmc_tools ユニオン db1 -ci3 db2 -ci5 -cx300 db1_union_db2 -ci10
onworks.net サービスを使用して kmc_tools をオンラインで使用する
