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kmc_tools - クラウドでオンライン

Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターを介して OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで kmc_tools を実行します。

これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド kmc_tools です。

プログラム:

NAME


kmc_tools - k-mer データベースに対する追加の操作

SYNOPSIS


kmc_tools [グローバルパラメータ] 【動作パラメータ】

DESCRIPTION


このコマンドとそのさまざまなサブコメントは、KMC 上で多くの操作を実装します。
データベース。

kマー セット 管理ツール 2 KMC データベースを追加しました
交わります
2つのk-merセットの交差

kmers_subtract
2 k-mer セットの減算

カウンタ_サブトラクト
2 k-mer セットの減算をカウンターします。

組合
2つのk-merセットの結合

管理ツール KMC データベース
sort
KMC2.x によって生成されたデータベースから k-mer をソートします

減らします
稀すぎて頻度が高すぎるk-merを除外する

コンパクト
カウンターを削除 (k-mer のみを保存)

ヒストグラム
k-mer の出現のヒストグラム

ダンプ
k-mer とカウンターをテキスト ファイルにダンプします

複雑な 操作:
複雑な
多数の入力データベースを使用した複雑な操作

その他 操作:
filter
k-mer の数が少なすぎるリードをフィルターで除外します

OPTIONS


全体的な パラメータ:
-t
スレッドの総数 (デフォルト: CPU コアの数)

-v
詳細モードを有効にする (いくつかの情報を表示する) (デフォルト: false)

-hp
進行状況の割合を非表示にする (デフォルト: false)

実施例


kmc_tools ユニオン db1 -ci3 db2 -ci5 -cx300 db1_union_db2 -ci10

onworks.net サービスを使用して kmc_tools をオンラインで使用する


無料のサーバーとワークステーション

Windows と Linux のアプリをダウンロード

Linuxコマンド

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