libscane - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

libscan - タンパク質ファミリーの診断検索。

SYNOPSIS

リブスキャン -モード リスト -グリブ ブール値 -ヘニク ブール値 -うーん ブール値 -サム ブール値 -pssm ブール値
-シグ ブール値 -hmmpath 文字列 -hmmextn 文字列 -hmmoutpath 文字列 -hmoutextn 文字列
-サンパス 文字列 -sameextn 文字列 -サムアウトパス 文字列 -サムテキストn 文字列
-pssmpath 文字列 -pssmextn 文字列 -ナイター 整数 -脱穀 フロート -マックスヒット 整数
-pssmoutpath 文字列 -pssmouttextn 文字列 -gbvpath 文字列 -gbvextn 文字列
-gbvgapo フロート -gbvgape フロート -gbvoutpath 文字列 -gbvouttextn 文字列
-hnfpath 文字列 -hnfextn 文字列 -hnfgapo フロート -hnfgape フロート -hnfoutpath 文字列
-hnfouttextn 文字列 -シグパス 文字列 -sigextn 文字列 -nterm リスト -サブ マトリックス
-シガポ フロート -シガペ フロート -sigoutpath 文字列 -シグーテキストn 文字列 -デシベル シーケンスセット
-scopf ファイル内

リブスキャン -助けて

DESCRIPTION

リブスキャン EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Protein：3DStructure」コマンドグループの一部です。

OPTIONS

-モード リスト
libscan は、(i) データベース検索モードまたは (ii) ライブラリの XNUMX つのモードのいずれかで実行します。
画面モード。 データベース検索モードでは、libscan はそれぞれ XNUMX つ以上のディレクトリを読み取ります。
単一タイプの識別要素が含まれている場合、許可されるタイプはスパースです
シーケンス署名、グリブスコフ プロファイル、ヘニコフ プロファイル、または隠れマルコフ モデル。 で
ライブラリ スクリーン モード、libscan はシーケンス セットを読み取り、各シーケンスを
ライブラリ (識別要素のディレクトリ) を作成し、ライブラリ スキャン ファイル (
得点上位の家族）それぞれについて。 デフォルト値: 2

-グリブ ブール値
デフォルト値：N

-ヘニク ブール値
デフォルト値：N

-うーん ブール値
デフォルト値：N

-サム ブール値
デフォルト値：N

-pssm ブール値
デフォルト値：Y

-シグ ブール値
デフォルト値：N

-hmmpath 文字列
デフォルト値：。/ lib /

-hmmextn 文字列
デフォルト値: .hmm

-hmmoutpath 文字列
デフォルト値：./

-hmoutextn 文字列
デフォルト値: .hmmout

-サンパス 文字列
デフォルト値：./

-sameextn 文字列
デフォルト値: .mod

-サムアウトパス 文字列
デフォルト値：./

-サムテキストn 文字列
デフォルト値: .samout

-pssmpath 文字列
デフォルト値: /data/structor/lib/pssm/

-pssmextn 文字列
デフォルト値: .chk

-ナイター 整数
デフォルト値：1

-脱穀 フロート
デフォルト値：100

-マックスヒット 整数
デフォルト値：1000

-pssmoutpath 文字列
デフォルト値：./

-pssmouttextn 文字列
デフォルト値: .pssmout

-gbvpath 文字列
デフォルト値：./

-gbvextn 文字列
デフォルト値: .grib

-gbvgapo フロート
デフォルト値：10.0

-gbvgape フロート
デフォルト値：0.5

-gbvoutpath 文字列
デフォルト値：./

-gbvouttextn 文字列
デフォルト値: .gribout

-hnfpath 文字列
デフォルト値：./

-hnfextn 文字列
デフォルト値: .henik

-hnfgapo フロート
デフォルト値：10.0

-hnfgape フロート
デフォルト値：0.5

-hnfoutpath 文字列
デフォルト値：./

-hnfouttextn 文字列
デフォルト値: .henikout

-シグパス 文字列
デフォルト値：./

-sigextn 文字列
デフォルト値: .sig

-nterm リスト
デフォルト値：1

-サブ マトリックス
デフォルト値: EBLOSUM62

-シガポ フロート
デフォルト値：10.0

-シガペ フロート
デフォルト値：0.5

-sigoutpath 文字列
デフォルト値：./

-シグーテキストn 文字列
デフォルト値: .sigout

-デシベル シーケンスセット
データベース検索モードでは、libscan がシーケンスに対して各識別要素をスキャンします。
セット。 ライブラリ画面モードでは、libscan はシーケンスセットを読み取り、各シーケンスをスクリーニングします。
ライブラリ (識別要素のディレクトリ) に対して デフォルト値: 49142.vdhf

-scopf ファイル内
どちらのモードでも、ファミリーのソースとして「scop 分類ファイル」が必要です。
分類データ。 scop 分類ファイルには、分類およびその他のデータが含まれています
scop データベースからのドメインの場合。 ファイルはemblのような形式で生成されます。
スコパース著。 scopseqs を使用して、ドメイン シーケンス情報をファイルに追加できます。
デフォルト値: /data/ Structure/dcf/scop_raw.dcf

onworks.net サービスを使用してオンラインで libscane を使用する