mia-2dmyopgt-nonrigid - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

mia-2dmyopgt-nonrigid - 一連の 2D 画像のレジストレーションを実行します。

SYNOPSIS

mia-2dmyopgt-nonrigid -i -o [オプション]

DESCRIPTION

mia-2dmyopgt-nonrigid このプログラムは、Pseudo に基づく非線形レジストレーションを実装します。
として与えられる一連の心筋灌流画像の動き補償のためのグラウンド スルース
Chao Li と Ying Sun、「心筋の非剛性登録」に記載されているデータ セット
疑似グラウンド トゥルースを使用した灌流 MRI'、Proc。 医用画像コンピューティングとコンピュータ -
Assisted Intervention MICCAI 2009, 165-172, 2009. この非線形運動の注意点
通常、前の線形登録ステップを修正する必要があります。

OPTIONS

ファイル-IO
-i --in-file=(入力、必須); 弦
入力灌流データセット

-o --out-file=(出力、必須); 弦
出力灌流データセット

-r --登録=登録
登録ファイルのファイル名ベース、画像ファイルの種類は
入力データセットで与えられる

ニックネーム 陸上 スルー 推定
-A --alpha=1
空間近傍ペナルティ ウェイト空間近傍ペナルティ ウェイト

-B --ベータ=1
時間的二次微分ペナルティ重み時間的二次微分ペナルティ
重量

-R --rho-thresh=0.85
近傍分析の相関しきい値相関しきい値
近隣分析

-k --スキップ=0
シリーズの最初の画像をスキップする
モダリティシリーズの最初の画像はスキップします。
他のモダリティです

参加申し込み
-O -​​-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
最小化に使用されるオプティマイザー最小化に使用されるオプティマイザー
サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:minimizer/singlecost を参照してください。

-a --start-c-rate=32
スパインの coefficinet レートを開始し、--c-rate-divider で割られます。
スパインのすべての passstart coefficinet レートは、 --c-rate-divider で除算されます
すべてのパスで

--c-rate-divider=4
各パスの係数レート分割器各パスの係数レート分割器

-d --start-divcurl=20
divcurl の重みを開始し、passstart ごとに --divcurl-divider で分割されます
divcurl の重みは、すべてのパスで --divcurl-divider によって除算されます

--divcurl-ディバイダー=4
それぞれの新しい passdivcurl ウェイト スケーリングによる divcurl ウェイト スケーリング
新しいパス

-w --imageweight=1
画像のコストの重み画像のコストの重み

-l --mg-レベル=3
マルチ解像度レベルマルチ解像度レベル

-P --パス=4
登録パス登録パス

カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する

-著作権
著作権情報を印刷する

-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する

-? - 使用法
短いヘルプを印刷する

- バージョン
バージョン番号を出力して終了します

処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。

プラグイン: ミニマイザー/単一コスト

グダス 自動ステップ サイズ補正を使用した勾配降下。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。

最大ステップ = 2; (0, inf) を二重化します
最大絶対ステップ サイズ。

マキシター = 200; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。

最小ステップ = 0.1; (0, inf) を二重化します
最小絶対ステップ サイズ。

エクストラ = 0.01; double で [0, inf)
x に適用された変更の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。

gdsq 二次ステップ推定による勾配降下法、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。

グトラ = 0; double で [0, inf)
勾配の無限ノルムがこの値を下回る場合は停止します。

マキシター = 100; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。

階段 = 2; (1, inf) を二重化します
フォールバック固定ステップ サイズ スケーリング。

手順 = 0.1; (0, inf) を二重化します
初期ステップ サイズ。

エクストラ = 0; double で [0, inf)
x-update の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。

GSL GNU Scientific Library の multimin オプティマイザーに基づくオプティマイザー プラグイン
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/、サポートされているパラメータは次のとおりです。

EPS = 0.01; (0, inf) を二重化します
勾配ベースのオプティマイザ: |grad| の場合に停止します。 < eps、シンプレックス: 次の場合に停止します
片面サイズ < eps..

それより = 100; [1, inf) の単位
最大反復回数。

オプト = gd; 口述
使用する特定のオプティマイザー。サポートされている値は次のとおりです。
BFGS ‐ ブロイデン・フレッチャー・ゴールドファーブ・シャン
bfgs2 ‐ ブロイデン-フレッチャー-ゴールドファーブ-シャン (最も効率的なバージョン)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves 共役勾配アルゴリズム
gd ‐ 勾配降下法。
単体 ‐ Nelder と Mead のシンプレックスアルゴリズム
cg-pr ‐ Polak-Ribiere 共役勾配アルゴリズム

手順 = 0.001; (0, inf) を二重化します
初期ステップサイズ。

通行料 = 0.1; (0, inf) を二重化します
何らかの許容誤差パラメータ。

ない NLOPT ライブラリを使用したミニマイザー アルゴリズムについては、
オプティマイザーについては「」を参照してください。http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms '、サポートされているパラメータは次のとおりです。

フトラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の絶対変化が以下である
この値。

フトル = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の相対変化が以下である
この値。

より高い = inf; ダブル
より高い境界 (すべてのパラメータに等しい)。

ローカルオプト = なし; 辞書
メインに必要となる可能性のある局所最小化アルゴリズム
最小化アルゴリズム。サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
なし ‐ アルゴリズムを指定しない
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動

下側 = -inf; ダブル
下限 (すべてのパラメータに等しい)。

マキシター = 100; int in [1, inf)
停止基準: 反復の最大数。

オプト = ld-lbfgs; 口述
メインの最小化アルゴリズム。 サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
g-mlsl-lds ‐ マルチレベル単一リンケージ (低矛盾シーケンス、
ローカル勾配ベースの最適化と境界が必要)
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
アウグラグエク ‐ 等式制約を伴う拡張ラグランジアン アルゴリズム
の
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
g-mlsl ‐ マルチレベル単一リンケージ (ローカル最適化と
境界)
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
オーラグ ‐ 拡張ラグランジアンアルゴリズム
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動
ld-slsqp ‐ 逐次最小二乗二次計画法

手順 = 0; double で [0, inf)
勾配のないメソッドの初期ステップ サイズ。

stop = -inf; ダブル
停止基準: 関数の値がこの値を下回ります。

エクストラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての x 値の絶対変化がこれを下回る
の値です。

xtollr = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての X 値の相対変化がこれを下回っている
の値です。

実施例

疑似グラウンド トゥルースを使用して、「segment.set」で指定された灌流シリーズを登録します。
推定。 最初の XNUMX つの画像をスキップし、それ以外の場合はデフォルトのパラメーターを使用します。
結果を「registered.set」に格納します。

mia-2dmyopgt-nonrigid -i セグメント.セット -o 登録済み.セット -k 2

著者

ガート・ウォルニー

COPYRIGHT

このソフトウェアの著作権は 1999-2015 ライプツィヒ、ドイツおよびマドリード、スペインにあります。 来る
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GENERAL PUBLIC LICENSE バージョン 3 (またはそれ以降)。 詳細については、次のコマンドを使用してプログラムを実行してください。
オプション「--copyright」。

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