これは mia-3dmotioncompica-nonrigid コマンドであり、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレータ、MAC OS オンライン エミュレータなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダで実行できます。
プログラム：
NAME
mia-3dmotioncompica-nonrigid - 一連の 3D 画像の非線形レジストレーション。
SYNOPSIS
mia-3dmotioncompica-nonrigid -i -o [オプション]
DESCRIPTION
mia-3dmotioncompica-nonrigid このプログラムはモーションの 3D バージョンを実装します。
Wolny G、Kellman P、Santos A、Ledesma-Carbayo MJ で説明されている補償アルゴリズム
「自由呼吸の自動運動補償により、心筋灌流データを取得
独立成分分析の使用」、医用画像解析、2012 年、
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004。
OPTIONS
ファイル-IO
-i --in-file=(入力、必須); イオ
連番ファイル(nameXXXX.ext)の入力画像対応
ファイルの種類は PLUGINS:3dimage/io を参照
-o --out-file=(出力、必須); イオ
出力イメージ名 (定義するために %04d を含む C 形式の文字列として)
ファイルの番号付け) サポートされているファイル タイプについては、PLUGINS:3dimage/io を参照してください。
--save-refs=
参照画像を保存すると、指定された文字列がファイル名ベースとして使用され、
数値パターンは入力画像に従い、出力形式は常に次のようになります。
「ビスタ」
--save-regs=
中間登録画像を保存、指定された文字列がファイル名として使用されます
ベース、数値パターンは入力画像に従い、出力形式は次のとおりです。
常に「ビスタ」
--save-coeffs=
混合行列をテキスト ファイルに保存する
--save-features=
注目の画像を PNG として保存
カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する
-著作権
著作権情報を印刷する
-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する
-? - 使用法
短いヘルプを印刷する
- バージョン
バージョン番号を出力して終了します
ICA
-C --コンポーネント=0
ICA コンポーネント 0 = 自動推定ICA コンポーネント 0 = 自動
推定
--ノーマライズ
IC を正規化しない
--ノー・ミーンストリップ
混合曲線から平均値を取り除かないでください
-k --スキップ=0
シリーズの最初の画像をスキップする
モダリティシリーズの最初の画像はスキップします。
他のモダリティです
-m --max-ica-iter=400
ICA の最大反復数ICA の最大反復数
処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。
参加申し込み
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
最小化に使用されるオプティマイザー
-a --start-c-rate=32
スパインの coefficinet レートを開始し、--c-rate-divider で割られます。
スパインのすべての passstart coefficinet レートは、 --c-rate-divider で除算されます
すべてのパスで
--c-rate-divider=4
各パスの係数レート分割器各パスの係数レート分割器
-d --start-divcurl=20
divcurl の重みを開始し、passstart ごとに --divcurl-divider で分割されます
divcurl の重みは、すべてのパスで --divcurl-divider によって除算されます
--divcurl-ディバイダー=4
それぞれの新しい passdivcurl ウェイト スケーリングによる divcurl ウェイト スケーリング
新しいパス
-w --imagecost=イメージ:weight=1、コスト=SSD、
画像コスト
-l --mg-レベル=3
マルチ解像度レベルマルチ解像度レベル
-P --パス=3
登録パス登録パス
プラグイン: 3D画像/IO
分析します 7.5画像を分析する
認識されるファイル拡張子: .HDR、.hdr
サポートされている要素タイプ:
符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号付き 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、
浮動小数点64ビット
データプール 内部データプールとの間の仮想IO
認識されるファイル拡張子: .@
ディコム 3D としての Dicom 画像シリーズ
認識されるファイル拡張子: .DCM、.dcm
サポートされている要素タイプ:
符号付き16ビット、符号なし16ビット
HDF5 HDF5 3D画像IO
認識されるファイル拡張子: .H5、.h5
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点
小数点32ビット、浮動小数点64ビット
インリア インリア画像
認識されるファイル拡張子: .INR、.inr
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
MHD MetaIO VTK 実装を使用した 3D 画像 IO (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .MHA、.MHD、.mha、.mhd
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
気の利いた NIFTI-1 3D画像IO
認識されるファイル拡張子: .NII、.nii
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点 32
ビット、浮動小数点64ビット
VFF VFF Sun ラスター形式
認識されるファイル拡張子: .VFF、.vff
サポートされている要素タイプ:
符号なし8ビット、符号付き16ビット
ビスタ 3Dビュー
認識されるファイル拡張子: .V、.VISTA、.v、.vista
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット
vti 3D 画像 VTK-XML の入力および出力 (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .VTI、.vti
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
VTK 3D VTK 画像のレガシー入力および出力 (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット
実施例
4-class ICAを使用して、画像imagesXXXX.vで指定された灌流シリーズを登録します
推定。 最初の 4 つの画像をスキップし、最大 XNUMX つの登録スレッドを使用し、nlopt
ベースのオプティマイザーを使用し、それ以外の場合はデフォルトのパラメーターを使用します。 結果を次の場所に保存します
登録済みXXXX.v
mia-3dmotioncompica-nonrigid -i 画像0000.v -o 登録済み%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300
著者
ガート・ウォルニー
COPYRIGHT
このソフトウェアの著作権は 1999-2015 ライプツィヒ、ドイツおよびマドリード、スペインにあります。 来る
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