これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド miniasm です。
プログラム：
NAME
miniasm - 長い読み取りシーケンス用の de novo アセンブラー
SYNOPSIS
ミニマム [-b12V] [-m 最小一致] [-i ミニデン] [-s 最小スパン] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
最大ハング] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f ファイルの読み取り] [-n
nラウンド] [-r ドロップ率] [-F 最終ドロップ率] [-p 出力情報] マッピング.paf > 出力.gfa
DESCRIPTION
Miniasm は、ノイズの多い長い読み取り用の非常に高速な OLC ベースの de novo アセンブラーです。 それはすべて対-を取る
すべて PAF 形式の自己マッピングを入力として読み取り、アセンブリ グラフを GFA に出力します。
フォーマット。 主流のアセンブラーとは異なり、miniasm にはコンセンサス ステップがありません。 これ
読み取りシーケンスの断片を単純に連結して、最終的な結合シーケンスを生成します。 したがって
塩基あたりのエラー率は、生の入力読み取りに似ています。
OPTIONS
事前選択 オプション
-m INT 未満のマッピングをドロップ INT 一致する塩基 (PAF の col10) [100]。 これ
オプションは次の役割と同じです。 -L ミニマップの。
-s INT より短いマッピングをドロップ INT-bp [1000]。 このオプションは、XNUMX 番目の
読み取りフィルタリングのラウンドと最小限のオーバーラップ長。
-i FLOAT 読み取りフィルタリング中に、以下の col10/col11 のマッピングを無視します FLOAT [0.05]。
無視されたマッピングは、読み取りのオーバーラップに引き続き使用されます。
-c INT 他の読み取りによる最小限のカバレッジ [3]。 フィルタリングの最初のラウンドでは、miniasm
がカバーする最長の領域を見つける INT 以上の読み取り。 二回戦では、
さらに、残りの各基地をカバーする必要があります。 INT 少なくともベース
最小スパン/2 他の読み取りの末尾から。
重複 オプション
-o INT 最小限のオーバーラップ長 [と同じ 最小スパン]
-h INT 最大突出し長さ [1000]。 オーバーハングは、マッピングされていない領域です。
真のオーバーラップまたは真の包含が与えられた場合にマップされます。 オーバーハングが長すぎると、
マッピングは内部一致と見なされ、無視されます。
-I FLOAT マッピングのマッピング + オーバーハング長に対するマッピング長の最小比率
包含またはオーバーラップと見なされます [0.8]。 このオプションは、
-hただし、長さではなく比率を制御します。
グラフ レイアウト オプション
-g INT マッピングにおける 1000 つのリード間の最大ギャップ差 [XNUMX]。 このパラメータは
推移還元にのみ使用されます。
-d INT 泡がはじける最大プローブ距離 [50000]。 よりも長い泡 INT
ポップされません。
-e INT 未満で構成されている場合、ユニティグは小さいと見なされます INT [4] を読み取ります。
Miniasm は、さまざまなステップで小さなユニティグを削除しようとする場合があります。
-f FILE 結合シーケンスを生成するための FASTA または FASTQ 形式のシーケンス ファイルの読み込み
[ヌル]。 このオプションがない場合、miniasm は GFA 出力を生成しません。
シーケンス。
-r FLOAT1、[FLOAT2]
最大および最小のオーバーラップ ドロップ率 [0.7,0.5]。 オーバーラップ(v->w)をオーバーラップとする
辺の長さ v->w および maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} は最大の長さ
重なります。 オーバーラップ (v->w)/maxovlp(v) が a 未満の場合、Miniasm はオーバーラップ v->w をドロップします。
このオプションによって制御されるしきい値。 ミニマム適用 nラウンド 短いラウンド
の間のしきい値が増加するオーバーラップ除去 フロート1 & フロート2.
-n INT 短い重複除去のラウンド [3]。
-F FLOAT 短いユニティグ除去後のオーバーラップ ドロップ率のしきい値 [0.8]
その他 オプション
-b 入力で、同じマッピングが XNUMX 回与えられる可能性が高いことを示します
-1 アセンブリ前の読み取り選択の最初のラウンドをスキップする
-2 アセンブリ前の読み取り選択の XNUMX 番目のラウンドをスキップする
-p STR 出力情報とフォーマット [ug]。 可能 STR 値が含まれます - ベッド： 役職-
BED 形式のフィルタリングされた読み取り領域。 PAF: ポストフィルター間のマッピング
読みます。 sg: オーバーラップ グラフを GFA 形式で読み取ります。 ug: GFA のユニティグ グラフ
形式でダウンロードすることができます。
-V バージョン番号を標準出力に出力します
入力 FORMAT
Miniasm は、ペアワイズ mAping フォーマット (PAF) でマッピング位置を読み取ります。
で説明されているように、各行が少なくとも 12 個のフィールドで構成される区切りテキスト形式
次の表:
┌───┬─┬───────────────────────┐
│鞍部 │ タイプ │ 説明 │
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┤
│ 1 │ 文字列 │ クエリシーケンス名 │
│ 2 │ int │ クエリシーケンス長 │
│ 3 │ int │ クエリ開始座標 (0 ベース) │
│ 4 │ int │ クエリ終了座標 (0 ベース) │
│ 5 │ char │ クエリとターゲットが同じストランド上の場合は `+'。 逆の場合は「-」 │
│ 6 │ 文字列 │ ターゲット配列名 │
│ 7 │ int │ ターゲット配列長 │
│ 8 │ int │ 元のストランド上のターゲット開始座標 │
│ 9 │ int │ 元のストランド上のターゲット終了座標 │
│ 10 │ int │ マッピング内で一致する塩基の数 │
│ 11 │ int │ マッピング内の基数 (ギャップを含む) │
│ 12 │ int │ マッピング品質 (0 ～ 255、欠落の場合は 255) │
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┘
ご覧ください ミニマップ(1) 各フィールドの詳細な説明。
出力 FORMAT
Miniasm は、グラフィカル フラグメント アセンブリ形式 (GFA) でアセンブリを出力します。 それは
行ベースのタブ区切り形式で、先頭の文字が行のタイプを示します。
次の表は、miniasm で使用される線種を示しています。
┌──────┬──────────────┬────────────────────────────── ────────────────────────┐
│LINE │ コメント │ 固定の フィールド │
├──────┼──────────────┼──────────────────────────── ────────────────────────┤
│ H │ ヘッダー │ N/A │
│ S │ セグメント │ segName segSeq │
│ L │ オーバーラップ │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ ゴールデン パス │ utgName utgStart readName:start-end readOri の長さ │
└──────┴──────────────┴──────────────────────────── ────────────────────────┘
onworks.net サービスを使用してオンラインで miniasm を使用する
