これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドvecscreenです。
プログラム：
NAME
vecscreen-ベクター由来の可能性のある核酸セグメントを見つける
SYNOPSIS
ベクスクリーン [-] [-d STR] [-f N] [-i ファイル名] [-o ファイル名]
DESCRIPTION
ベクスクリーン は、核酸配列のセグメントを迅速に特定するためのシステムです。
ベクトル原点である。 NCBIが開発 ベクスクリーン の発生率と影響を最小限に抑えるため
パブリックシーケンスデータベースのベクター汚染。 GenBankアノテーションスタッフの使用 ベクスクリーン
データベースに含めるために提出されたシーケンスに
汚染ベクター配列。 任意のシーケンスは、を使用してベクター汚染についてスクリーニングすることができます
ベクスクリーン.
ベクスクリーン 特殊な非の任意のシーケンスに一致するセグメントのクエリを検索します
冗長ベクトルデータベース（UniVec）。 検索では、パラメータが事前設定されたBLASTを使用します
ベクター汚染の最適な検出。 ベクトルに一致するクエリのセグメント
シーケンスは一致の強さに従って分類され、それらの場所は次のとおりです。
表示されます（肯定的な結果の例を参照）。
ベクスクリーン ベクターの存在について核酸配列を迅速にチェックするように設計されています
汚染およびシーケンス内のどのセグメントがベクター起源である可能性があるかを示すため。
が ベクスクリーン UniVecに対する検索では、最も多いベクトルは識別されません
汚染の原因と思われる場合、これは通常、クローン作成履歴から推測できます。
シーケンスされたDNAの。
OPTIONS
オプションの概要は以下に含まれています。
- 使用状況メッセージを印刷する
-d STR データベース（デフォルト= ユニベック)
-f N 出力フォーマット：
0 HTML形式、配置あり（デフォルト）
1 HTML形式、配置なし
2テキストリスト、配置あり
3テキストリスト、配置なし
-i ファイル名
クエリファイル（デフォルト= stdin)
-o ファイル名
VecScreenレポート出力ファイル（デフォルト= (Linuxで言うところのstdout）)
onworks.netサービスを使用してオンラインでvecscreenを使用する
