これは、オンラインの Linux で実行する EXCAVATOR-tool という名前の Linux アプリで、最新リリースは EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
EXCAVATOR-tool という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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EXCAVATOR - Linux でオンラインで実行するツール
DESCRIPTION
注意!!!!注意!!!!注意!!!!注意!!!!私たちは最近、ショートリードとロングリードの全ゲノム配列決定実験から CNV/CNA を同定するための、XCAVATOR という新しいソフトウェア パッケージを BMC Genomics で公開しました (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR は以下から無料で入手できます http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR は、全エクソーム シーケンス データからコピー数バリアント (CNV) を検出するための新しいソフトウェア パッケージです。
EXCAVATOR が Genome Biology に掲載されました (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
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注意！！！！！ EXCAVATOR ツールを適切に使用するには、ユーザーは次のリンクから uniqueome マッピング可能ファイルをダウンロードする必要があります。
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (HG19用)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
特徴
- 次世代シーケンシング
- コピー数のバリアント
- 全エクソームシーケンス
プログラミング言語
パール
これは、https://sourceforge.net/projects/excavatortool/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
