이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 구성입니다.
프로그램:
이름
compstruct - RNA XNUMX차 구조 예측의 정확도를 계산합니다.
개요
구성하다 [옵션] 신뢰할 수 있는_파일 테스트_파일
기술
구성하다 RNA XNUMX차 구조 예측의 정확성을 평가합니다.
염기쌍 기반. 그만큼 신뢰할 수 있는_파일 신뢰할 수 있는(알려진) RNA가 있는 하나 이상의 서열을 포함합니다.
XNUMX차 구조 주석. 그만큼 테스트_파일 동일한 시퀀스, 동일한 내용을 포함합니다.
예측된 RNA XNUMX차 구조 주석이 포함된 순서입니다. 구성하다 구조를 읽는다
이를 비교하고 민감도(실제 염기쌍의 수)를 계산합니다.
정확하게 예측됨) 및 특이성(양성 예측 값,
참인 예측된 염기쌍). 결과는 각각의 개별 시퀀스에 대해 보고됩니다.
그리고 모든 시퀀스에 대해 요약하면.
두 파일 모두 WUSS 표기법의 XNUMX차 구조 주석을 포함해야 합니다. SELEX 및
스톡홀름 형식은 현재 구조 마크업을 지원합니다.
올바르게 예측된 염기쌍의 기본 정의는 참 쌍(i,j)이 다음을 충족해야 한다는 것입니다.
예측된 쌍(i,j)과 정확히 일치합니다.
Mathews, Zuker, Turner 및 동료(참조: Mathews et al., JMB 288:911-940, 1999)는
좀 더 완화된 정의. Mathews는 "올바른"을 다음과 같이 정의합니다. 참인 쌍(i,j)은 다음과 같습니다.
(i,j), (i+1,j), (i-1,j) 쌍 중 하나라도 예측되면 올바르게 예측됩니다.
(i,j+1) 또는 (i,j-1). 이 규칙은 하나의 염기만큼 "미끄러진 나선"을 허용합니다. 그만큼 -m
옵션은 민감도와 특이도 모두에 대해 이 규칙을 활성화합니다. 구체적으로 말하자면,
규칙이 반대입니다. 예측된 쌍 (i,j)는 참 구조인 경우 참인 것으로 간주됩니다.
1개의 쌍 (i,j), (i+1,j), (i-1,j), (i,j+1) 또는 (i,j-XNUMX) 중 하나를 포함합니다.
옵션
-h 간단한 도움말 인쇄 다음을 포함한 모든 옵션의 버전 번호 및 요약이 포함됩니다.
전문가 옵션.
-m 정확한 요구 대신 Mathews의 완화된 정확도 규칙(위 참조)을 사용하십시오.
염기쌍 예측.
-p 신뢰할 수 있거나 예측된 정확도를 위해 유사 매듭 염기 쌍을 계산합니다.
구조. 기본적으로 의사노트는 무시됩니다.
일반적으로 신뢰할 수 있는_파일 대부분의 RNA는 pseudoknot 주석을 가지고 있을 것입니다.
XNUMX차 구조 예측 프로그램은 유사매듭을 예측하지 않습니다. 사용하여 -p
옵션을 사용하면 알려진 것을 예측하지 못한 경우 예측 프로그램에 불이익을 줄 수 있습니다.
의사매듭. 두 가지 모두 해당되는 경우 신뢰할 수 있는_파일 그리고 테스트_파일 있다
의사노트 주석, -p 옵션을 사용하면 평가 시 의사노트의 수를 계산할 수 있습니다.
예측 정확도. 그러나 의사 매듭 가능을 사용하는 경우에는 주의하십시오.
생성하는 예측 프로그램 테스트_파일, 하지만 신뢰할 수 있는_파일 이 없습니다
의사매듭 주석; 이 경우, -p 예측된 의사노트에 불이익을 줍니다.
특이성을 계산할 때 그것이 옳더라도 나타나지 않기 때문입니다.
신뢰할 수 있는 주석 이것은 아마도 당신이 하고 싶은 일이 아닐 것입니다.
전문가 옵션
--정보
두 시퀀스 파일의 형식을 지정합니다. . In 이 케이스, 두 파일
절대로 필요한 것 be in 전에, 같은 체재. 기본값은 파일 형식을 자동 감지하는 것입니다.
경우에 따라 다를 수 있습니다(SELEX 하나, 스톡홀름 하나).
--조용한
자세한 헤더 정보를 인쇄하지 마세요.
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