dane - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

dan - 핵산 녹는 온도를 계산합니다.

개요

단 -순서 시퀄 -창 크기 정수 -교대 증분 정수 -dnaconc 뜨다
-소금 농도 뜨다 [-생성물 비녀장] -포름아미드 뜨다 - 불일치 뜨다 -prodlen 정수
[-온도 비녀장] -온도 뜨다 -rna 부울 -구성 비녀장 -최소온도 뜨다
-그래프 xygraph -아웃파일 신고

단 -도움

기술

단 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈 소프트웨어
모음곡"). 이는 "핵:속성,핵:구성" 명령 그룹의 일부입니다.

옵션

입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀄

필수 섹션에 있어야 합니다.
-창 크기 정수
시퀀스의 융점 및 기타 열역학적 특성 값은 다음과 같습니다.
윈도우라고 알려진 짧은 시퀀스 길이를 취하고
해당 창에 있는 시퀀스의 속성입니다. 창이 점진적으로 이동됩니다.
각각의 새로운 위치에서 속성이 계산되는 순서입니다. 기본값: 20

-교대 증분 정수
이는 다음을 찾기 위해 창이 각 증분으로 이동되는 양입니다.
녹는점 및 순서에 따른 기타 특성. 기본값: 1

-dnaconc 뜨다
기본값: 50.

-소금 농도 뜨다
기본값: 50.

추가 섹션에 있어야 합니다.
프로덕트 옵션
-생성물 비녀장
이는 포름아미드 백분율, 허용된 불일치 백분율 및 제품 길이를 묻는 메시지를 표시합니다.

-포름아미드 뜨다
이는 계산에 사용될 포름아미드 백분율을 지정합니다(다음이 아니면 무시됩니다).
-사용된 제품입니다.) 기본값: 0.

- 불일치 뜨다
이는 계산에 사용될 백분율 불일치를 지정합니다.
-사용된 제품입니다.) 기본값: 0.

-prodlen 정수
계산에 사용할 제품 길이를 지정합니다.
-사용된 제품입니다.) 기본값: $(창 크기)

열역학 옵션
-온도 비녀장
시퀀스 창의 DeltaG, DeltaH 및 DeltaS 값을 출력 데이터로 출력합니다.
파일.

-온도 뜨다
-thermo가 지정된 경우 이는 온도를 지정합니다.
DeltaG, DeltaH 및 DeltaS 값을 계산합니다. 기본값: 25.

Advnaced 섹션에 있어야 합니다.
-rna 부울
이는 서열이 DNA 서열이 아니라 RNA 서열임을 지정합니다.

산출 섹션에 있어야 합니다.
-구성 비녀장
이것이 지정되지 않으면 출력 데이터 파일이 생성되고, 그렇지 않으면 플롯이 생성됩니다.
순서에 따라 녹는점이 생성됩니다.

-최소온도 뜨다
플롯의 온도 눈금(y축)에 대한 최소값을 입력합니다. 기본값:
55.

-그래프 xygraph

-아웃파일 신고
플롯이 생성되지 않는 경우 각 창에 녹는점 등에 대한 데이터가 표시됩니다.
시퀀스에 따라 파일로 출력됩니다.

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