extractfeate - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

extractfeat - 시퀀스에서 특징 추출

개요

추출 위업 -순서 시퀄 [-전에 정수] [-후에 정수] [-source 현]
[-유형 현] [-감각 정수] [-최소 점수 뜨다] [-최대 점수 뜨다]
[-꼬리표 현] [-값 현] [-가입하다 부울] [-featinname 부울]
[-설명하다 현] - outseq 분리

추출 위업 -도움

기술

추출 위업 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "편집, 기능 테이블" 명령 그룹의 일부입니다.

옵션

입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀄

추가 섹션에 있어야 합니다.
-전에 정수
이 값이 0보다 크면 이전의 염기 또는 잔기의 수는 다음과 같습니다.
추출된 시퀀스에 특징이 포함됩니다. 이를 통해 상황을 파악할 수 있습니다.
기능. 이 값이 음수이면 추출된 시퀀스의 시작 부분이
특징이 끝나기 전에 이 염기/잔기 수이어야 합니다. 따라서 값은 '10'입니다.
시퀀스가 시작되기 전에 10개의 염기/잔기 추출이 시작됩니다.
'-10' 값은 종료되기 전에 10개 염기/잔기 추출을 시작합니다.
특징. 출력 시퀀스는 다음과 같은 경우 'N' 또는 'X' 문자로 채워집니다.
필요한 추출 시작 후에 시작됩니다.

-후에 정수
이 값이 0보다 크면 그 이후의 염기 또는 잔기의 수는 다음과 같습니다.
추출된 시퀀스에 특징이 포함됩니다. 이를 통해 상황을 파악할 수 있습니다.
기능. 이 값이 음수이면 추출된 시퀀스의 끝은 다음과 같습니다.
기능 시작 후의 염기/잔기 수입니다. 따라서 값 '10'은
시퀀스 종료 후 10개의 염기/잔기 추출을 종료하고,
'-10'은 기능 시작 후 10개의 염기/잔기 추출을 종료합니다. 그만큼
출력 시퀀스가 ​​이전에 끝나는 경우 'N' 또는 'X' 문자로 채워집니다.
추출의 필수 끝.

-source 현
기본적으로 피쳐 테이블의 모든 피쳐 소스가 표시됩니다. 일치하도록 설정할 수 있습니다.
표시하려는 피쳐 소스. 소스 이름은 일반적으로
기능을 감지한 프로그램 또는 기능 테이블(예: EMBL)입니다.
에서 온 기능입니다. 소스는 '*'를 사용하여 와일드카드로 지정할 수 있습니다. 더 많은 것을 보여주고 싶다면
출처가 두 개 이상인 경우 '|' 문자로 이름을 구분합니다. 예: gene* | 기본값
값: *

-유형 현
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능이 추출됩니다. 이것을 무엇이든 설정할 수 있습니다
추출하려는 기능 유형입니다. 보다 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 목록을 위해
EMBL 기능 유형을 확인하고 Uniprot 사용자 매뉴얼을 참조하세요.
http://www.uniprot.org/manual/sequence_annotation Uniprot 기능 목록을 보려면
유형. 유형은 '*'를 사용하여 와일드카드로 표시될 수 있습니다. 여러 개를 추출하고 싶다면
유형을 입력하고 '|' 문자로 이름을 구분합니다. 예: *UTR | 인트론 기본값: *

-감각 정수
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 유형이 추출됩니다. 이것을 다음과 같이 설정할 수 있습니다.
원하는 기능 감각과 일치합니다. 0 - 임의 감지, 1 - 순방향 감지, -1 - 역방향 감지

-최소 점수 뜨다
추출할 특성의 최소 점수(maxscore도 참조) 기본값: 0.0

-최대 점수 뜨다
추출할 특징의 최대 점수입니다. minscore와 maxscore가 모두 XNUMX인 경우(
기본값) 모든 점수는 무시됩니다. 기본값: 0.0

-꼬리표 현
태그는 기능이 가질 수 있는 추가 값의 유형입니다. 예를 들어 EMBL에서
기능 테이블에서 'CDS' 유형의 기능은 '/codon', '/codon_start' 태그를 가질 수 있습니다.
'/db_xref', '/EC_번호', '/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨',
'/맵', '/노트', '/숫자', '/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'.
이러한 태그 중 일부에는 값도 있습니다. 예를 들어 '/gene'은 다음 값을 가질 수 있습니다.
유전자 이름. 기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 태그가 추출됩니다. 설정할 수 있습니다
이는 표시하려는 기능 태그와 일치합니다. 다음을 사용하여 태그에 와일드카드를 사용할 수 있습니다.
'*'. 두 개 이상의 태그를 추출하려면 이름을 문자로 구분하세요.
'|', 예: 유전자 | 레이블 기본값: *

-값 현
태그 값은 기능 태그와 연결된 값입니다. 태그는 추가 유형입니다.
기능이 가질 수 있는 값. 예를 들어 EMBL 기능 테이블에서 'CDS' 유형은
기능에는 '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' 태그가 있을 수 있습니다.
'/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨', '/맵', '/노트', '/숫자',
'/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사', '/표준_이름', '/번역',
'/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'. 이 태그 중 일부만 가질 수 있습니다.
값, 예를 들어 '/gene'은 유전자 이름의 값을 가질 수 있습니다. 기본적으로
기능 테이블의 기능 태그 값이 표시됩니다. 모든 기능과 일치하도록 설정할 수 있습니다.
표시하려는 태그 값입니다. 태그 값은 '*'를 사용하여 와일드카드로 지정할 수 있습니다. 당신이 원하는 경우
둘 이상의 태그 값을 표시하려면 이름을 공백이나 문자로 구분하십시오.
'|', 예: pax* | 10 기본값: *

산출 섹션에 있어야 합니다.
-가입하다 부울
CDS(코딩 서열) 및 mRNA와 같은 일부 기능은 인트론으로 구성됩니다.
함께 연결되었습니다. '결합된' 시퀀스의 다른 형태가 있을 수 있습니다.
기능 테이블. 이 옵션이 TRUE로 설정되면 이러한 기능의 모든 그룹은
단일 시퀀스로 출력합니다. '이전' 및 '이후' 한정자가 설정된 경우
그런 다음 첫 번째 기능 이전과 마지막 기능 이후의 시퀀스만 추가됩니다.
기본값: N

-featinname 부울
출력된 기능 유형을 식별하는 데 도움이 되도록
출력 시퀀스 설명 시작 부분에 기능이 추가됩니다. 때로는
시퀀스 파일의 후속 처리에서 시퀀스에 대한 설명이 손실되므로
유형이 시퀀스 ID 이름의 일부인 것이 유용합니다. 이걸로 설정하면
TRUE이면 이름이 출력 시퀀스의 ID 이름에 추가됩니다. 기본값: N

-설명하다 현
출력된 기능의 추가 속성을 식별하는 데 도움을 주기 위해,
이를 통해 출력에 추가해야 하는 하나 이상의 태그 이름을 지정할 수 있습니다.
시퀀스 설명 텍스트와 해당 값(있는 경우). 예를 들어, 만약
'gene'으로 설정된 경우 출력 기능에 태그가 있는 경우(예:)
'/gene=BRCA1'이 연관되어 있으면 '(gene=BRCA1)' 텍스트가
설명 줄. 태그는 기능이 가질 수 있는 추가 값의 유형입니다. 을 위한
EMBL 기능 테이블의 예에서 'CDS' 유형의 기능에는 '/codon' 태그가 있을 수 있습니다.
'/codon_start', '/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/예외', '/function',
'/gene', '/label', '/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/단백질_id',
'/pseudo', '/standard_name', '/translation', '/transl_Exception', '/transl_table' 또는
'/사용중'. 이러한 태그 중 일부에는 값도 있습니다. 예를 들어 '/gene'은 값을 가질 수 있습니다.
유전자 이름의. 기본적으로 기능 태그는 표시되지 않습니다. 일치하도록 설정할 수 있습니다.
표시하려는 모든 기능 태그. 태그에는 '*'를 사용하여 와일드카드를 사용할 수 있습니다. 당신이 원하는 경우
두 개 이상의 태그를 추출하려면 이름을 '|' 문자로 구분하십시오. 예: gene |
상표

- outseq 분리

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