이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator 또는 MAC OS online emulator와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 gdcmimg입니다.
프로그램:
이름
gdcmimg - DICOM 이미지 파일을 조작합니다.
gdcmimg는 DICOM 이미지에서 캡슐화 해제/캡슐화를 허용하는 저수준 도구입니다. 이 도구는
Transfer Syntax 변환을 이해하지 못합니다. 원시 데이터를 그대로 캡슐화합니다. 이
어떤 경우에는 어느 정도 영향을 미칠 수 있으니 아래의 특별 경고를 참조하세요.
예를 들어 gdcmimg는 적절한 입력 파일만 캡슐화할 수 있다는 점에 유의하는 것이 중요합니다.
연관된 DICOM 전송 구문을 찾을 수 있으므로 JPG 및/또는 JP2가 허용됩니다.
그러나 DICOM이 이를 지원하지 않기 때문에 TIFF 및/또는 PNG와 같은 입력은 지원되지 않습니다. 참조
대신 gdcm2vtk와 같은 도구를 사용하세요.
개요
gdcmimg [옵션] 파일 입력 파일 출력
기술
The 으악 명령줄 도구는 두 가지 방식으로 사용할 수 있습니다.
· 1. 인식된 파일 형식을 캡슐화된 DICOM 대응 형식으로 변환합니다.
· 2. DICOM 파일의 직사각형 부분을 익명화합니다.
매개 변수
file-in 입력 파일 이름(비DICOM)
파일 출력 DICOM 출력 파일 이름
옵션
-i --input 입력 파일 이름
-o --output 출력 파일 이름
특유한 옵션
--endian %s 엔디안(LSB/MSB).
-d --depth %d 깊이(8/16/32 또는 알려진 경우 BitsAllocated(예: 12)).
--sign %s 픽셀 부호(0/1).
--spp %d 픽셀당 샘플(1/3).
-s --크기 %d,%d 크기.
-C --sop-class-uid SOP 클래스 UID(이름 또는 값).
-T --study-uid 연구 UID.
-S --series-uid 시리즈 UID.
--root-uid 루트 UID.
가득 따르다 옵션
-R --지역 %d,%d 지역.
-F --fill %d 지정된 픽셀 값으로 채웁니다.
일반 옵션
-h --도움말
이 도움말 텍스트를 인쇄하고 종료하십시오.
-v --버전
버전 정보를 출력하고 종료
-V --장황
상세 모드(경고+오류).
-W --경고
경고 모드, 경고 정보 인쇄
-E --오류
오류 모드, 오류 정보 인쇄
-D --디버그
디버그 모드, 디버그 정보 인쇄
환경 변하기 쉬운
GDCM_ROOT_UID 루트 UID
지원 FILE FORMAT (적절한 FILE 확대)
gdcmimg는 파일 확장자를 기준으로 변환 프로세스를 시작합니다. 다음 목록을 따릅니다.
인식된 파일 확장자. 확장자가 발견되지 않으면 DICOM 파일이 가정됩니다.
입력 형식
* RAW(raw, rawl, gray, rgb)
* RLE (rle)
* PNM(pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS(jls)
* JPEG 2000(jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG(jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* 디콤 ()
출력 형식:
* PGM(pgm, pnm, ppm)
* 디콤 ()
RAW 파일 형식의 경우 –endian 옵션을 특별히 주의해야 합니다. (이전)
JPEG 파일 형식은 손실이 있는 형식과 손실이 없는 형식이 모두 지원되며 사용자는 비용을 지불해야 합니다.
–sign 옵션에 주의하세요. RLE 또는 RAW와 같은 파일 형식의 경우 사용자는 다음을 수행해야 합니다.
입력 데이터의 차원과 유형을 찾는 데 필요한 정보를 입력하세요.
이 정보를 찾는 다른 방법. 다른 모든 파일 형식의 경우 속성은 파생됩니다.
파일 형식 자체에서.
PNM 파일은 빅 엔디안이어야 합니다(깊이가 8보다 큰 경우 중요)
전형적인 사용법
제거 a 직사각형의 부품 of 전에, 영상
DICOM 이미지의 [0,100]x[0,100] 영역을 채우려면 간단히 다음을 수행합니다.
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i 입력.dcm -o 출력_검정.dcm
경고: 픽셀 데이터가 압축되면 이미지가 먼저 압축 해제되어 픽셀이 압축 해제됩니다.
0으로 설정할 수 있지만 다시 압축되지는 않습니다.
개 심자 RAW 에 디컴
인식되는 확장자는 .raw, .rawl, .gray 또는 .rgb입니다(대소문자 구분 없음)
$ gdcmimg --크기 512,512 --깊이 16 -i 입력.원시 -o 출력.dcm
해당 이미지는 2차 캡처가 됩니다.
입력이 3개 구성 요소인 경우 픽셀당 샘플을 명시적으로 지정해야 합니다.
$ gdcmimg --크기 512,512 --spp 3 입력_rgb.raw 출력_rgb.dcm
파일 이름에 .rgb 파일 확장자가 포함되어 있는 경우 출력은 자동으로 다음과 같이 인식됩니다.
RGB –spp를 지정할 필요가 없습니다.
$ gdcmimg --크기 512,512 입력.rgb 출력_rgb.dcm
당신은을 사용할 수 있습니다 dd 예를 들어, 삭제하고 싶은 헤더를 건너뛰려면 cmd 줄을 사용하십시오.
첫 번째 108바이트를 건너뛰려면 다음과 같이 하십시오.
$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
.raw 및 .rawl 확장자는 동일합니다. 엔디안을 명시적으로 지정해야 합니다.
수동으로 :
$ gdcmimg --endian MSB --크기 512,512 --깊이 16 -i 입력.원시 -o 출력.dcm
or
$ gdcmimg --엔디안 LSB --크기 512,512 --깊이 16 -i 입력.원시 -o 출력.dcm
개 심자 PGM/PNM/PPM 에 디컴
인식되는 확장자는 .pgm, .pnm, .ppm입니다(대소문자 구분 없음)
$ gdcmimg -i 입력.pgm -o 출력.dcm
이미지는 2차 캡처가 됩니다.
개 심자 RLE 에 디컴
인식되는 확장자는 .rle입니다(대소문자 구분 없음)
$ gdcmimg --크기 512,512 --깊이 16 -i 입력.rle -o 출력.dcm
이미지는 2차 캡처가 됩니다.
개 심자 JPEG 에 디컴
인식되는 확장자는 .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg입니다(대소문자 구분 없음)
$ gdcmimg -i 입력.ljpeg -o 출력.dcm
이미지는 2차 캡처가 됩니다.
개 심자 J2K 에 디컴
인식되는 확장자는 .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c(대소문자 구분 없음)입니다.
$ gdcmimg -i 입력.j2k -o 출력.dcm
해당 이미지는 2차 캡처가 됩니다.
모든 픽셀 정보(저장/할당된 비트...)는 이미지 자체에서 파생됩니다.
명령줄 옵션이 아닙니다.
지정 a SOP 클래스 UID
기본 보조 캡처 이미지 저장소 대신 VL을 지정할 수 있습니다.
사진 이미지 저장.
$ gdcmimg --sop-클래스-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 입력.jpg 출력.dcm
배수 파일
gdcmimg는 파일 집합(예: jpeg)을 훌륭하게 처리합니다.
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg 출력.dcm
다중 프레임 이미지를 지원하는 SOP 클래스를 지정하는 것이 중요합니다.
gdcmimg가 실패합니다.
게임을 시작하다 OFFSET
어떤 경우에는 임의의 볼륨(예: 2D)에서 3D 슬라이스를 생성하려고 할 수 있습니다.
어떤 경우 –offset이 편리할까요?
$ gdcmimg --오프셋 4954104330 --크기 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw 슬라이스_1770.dcm
경고
gdcmimg 구현에는 몇 가지 문제가 있습니다.
RAW 파일의 경우 –endian MSB를 사용할 경우 픽셀 데이터가 다음과 같다는 점에 주의해야 합니다.
그대로 캡슐화됨(gdcmimg에서 건드리지 않음). 따라서 가능한 유일한 전송 구문
사용 가능한 것은 Implicit VR Big Endian DLX(GE Private)입니다. GDCM은 이 개인을 처리합니다.
전송 구문. 따라서 이 전송 구문을 다른 구문으로 변환해야 하는 경우(그리고 허용해야 하는 경우)
픽셀 데이터 조작)을 사용할 수 있습니다:
$ gdcmconv --raw --강제 입력_빅_엔디안_dlx.raw -o 출력_암시적_vr_리틀_엔디안.dcm
JFIF 파일 및 JP2 파일(헤더 포함)의 경우 헤더는 픽셀 데이터 요소에 복사됩니다.
JP2에서는 불법입니다. gdcmconv를 사용하여 JP2/JFIF 파일을 J2K/JPG로 올바르게 다시 인코딩합니다.
$ gdcmimg 입력.jp2 출력_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --강제 출력_jp2.dcm 출력_j2k.dcm
RLE 파일의 경우 행 경계를 교차하는 것에 대한 검사는 수행되지 않습니다. 다음을 사용하는 것이 좋습니다.
의심되는 경우 gdcmconv –rle를 사용하여 적절한 RLE 파일로 다시 인코딩합니다.
물론 압축이 설정에 적합하지 않으면 항상 캡슐화를 해제할 수 있습니다.
gdcmconv를 사용하여 DICOM 파일(일반적으로 JPEG)을 캡슐화되지 않은 형식으로 변환:
$ gdcmconv --raw 입력_jpeg.dcm 출력_raw.dcm
onworks.net 서비스를 사용하여 gdcmimg 온라인 사용
