gmx-spatial - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

gmx-spatial - 공간 분포 함수 계산

개요

gmx 공간 [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[지금] [-[아니오]pbc]
[-[아니요]div] [-ign ] [-큰 상자 ] [-붙잡다 ]

기술

gmx 공간의 공간 분포 함수를 계산하여 다음과 같은 형식으로 출력합니다.
VMD에서 Gaussian98 큐브 형식으로 읽을 수 있습니다. 32,000개의 원자와 50ns로 구성된 시스템의 경우
궤적에 따라 SDF는 대부분의 시간을 할애하여 약 30분 내에 생성될 수 있습니다.
두 개는 통과한다 trjconv 모든 것을 적절하게 중앙에 배치하는 데 필요합니다. 이것
또한 많은 공간을 차지합니다(궤적 파일의 복사본 3개). 그래도 사진은
적합 선택이 제대로 이루어지면 예쁘고 매우 유익합니다. 3-4개의 원자
널리 이동하는 그룹(예: 용액 내 유리 아미노산)이 잘 작동하거나
안정적인 접힌 구조의 단백질 백본을 통해 용매의 SDF를 얻고
시간 평균 용매화 쉘. 이 프로그램을 사용하여 SDF를 생성하는 것도 가능합니다.
임의의 데카르트 좌표를 기반으로 합니다. 그러기 위해서는 사전 준비를 생략하면 됩니다. gmx
trjconv 단계.

용법:

1. 사용 gmx make_ndx SDF를 원하는 원자를 포함하는 그룹을 생성하려면

2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -박스센터 tric -어 팩트 -pbc 없음

3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -맞다 부패+트랜스

4. 달리다 gmx 공간의 를 시청하여 이에 대해 더 많은 정보를 얻을 수 있습니다. c.tng 3단계의 출력.

5.로드 그리드.큐브 VMD로 변환하여 등가곡면으로 봅니다.

주의 사항 미셀과 같은 시스템에는 gmx trjconv -pbc 클러스터 1단계 사이
및 2.

경고
XNUMX이 아닌 값이 있는 모든 저장소를 포함하는 큐브에 대해 SDF가 생성됩니다.
점유율. 그러나 준비사항은 -맞다 부패+트랜스 ~에 대한 옵션 gmx trjconv 암시
시스템은 공간에서 회전하고 이동합니다(선택한 그룹이
하지 않습니다). 따라서 반환되는 값은 일부 지역에서만 유효합니다.
전체적으로 시스템 볼륨과 완전히 겹치는 중앙 그룹/좌표 주변
궤적 과정에서 전체 변환/회전 시스템. 그것은 에 달려있다
사용자는 이것이 사실인지 확인해야 합니다.

위험한 옵션
필요한 공간과 시간을 줄이기 위해 다음과 같은 좌표만 출력할 수 있습니다.
첫 번째 및 후속 실행에서 사용됩니다. gmx trjconv. 그러나 반드시
설정 -붙잡다 큐브 저장소에 메모리가 할당되므로 옵션을 충분히 높은 값으로 설정
초기 좌표와 -붙잡다 옵션 값.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일

-[아니오]pbc (아니)
거리 계산을 위해 주기적 경계 조건 사용

-[아니요]div (예)
원자/최소 큐브를 기준으로 빈 점유량에 대한 제수를 계산하고 적용합니다.
크기. 시각화의 경우 TRUE로 설정하고 FALSE(-nodiv) 정확한 개수를 얻으려면
프레임당

-ign (-1)
이 외부 큐브 수를 표시하지 않습니다(양수 값은 경계를 줄일 수 있음).
얼룩; -1은 외부 표면이 보이도록 보장합니다)

-큰 상자 (0.05)
빈의 폭(nm)

-붙잡다 (4)
적절한 메모리 할당을 보장하기 위한 추가 bin 수

KNOWN 문제점

· 할당된 메모리가 충분히 크지 않으면 분할 오류가 발생할 수 있습니다. 이것은
일반적으로 감지되고 경고를 표시하는 동안 오류가 발생하기 전에 프로그램이 중단됩니다.
사용을 권유하는 메시지 -붙잡다 (추가 Bin 수) 옵션. 그러나, 그
프로그램은 그러한 모든 이벤트를 감지하지 못합니다. 분할 오류가 발생하면 실행하세요.
다시 증가하여 -붙잡다 값.

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