gt-cds - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

gt-cds - GFF3 파일에 제공된 엑손 기능에 CDS(코딩 시퀀스) 기능을 추가합니다.

개요

gt CD를 [옵션 ...] [GFF3_파일]

기술

-마이너플렌 [가치]
개방형 판독 프레임(ORF)이 CDS로 추가되어야 하는 최소 길이를 설정합니다.
기능(아미노산으로 측정)(기본값: 64)

-스타트코돈 [예|아니요]
ORF는 시작 코돈으로 시작해야 합니다(기본값: no).

-최종 정지코돈 [예|아니요]
최종 ORF는 중지 코돈으로 끝나야 합니다(기본값: no).

-seq 파일 [파일 이름]
시퀀스를 가져올 시퀀스 파일 설정(기본값: 정의되지 않음)

-encseq [파일 이름]
시퀀스를 가져올 인코딩된 시퀀스 indexname을 설정합니다(기본값:
찾으시는 주소가 없습니다)

-seq파일
기능을 추출할 시퀀스 파일 설정 -- 목록을 종료하려면
시퀀스 파일

-matchdesc [예|아니요]
원하는 시퀀스 ID에 대한 입력 파일에서 시퀀스 설명을 검색합니다(in
GFF3), 첫 번째 일치 보고(기본값: no)

-matchdescstart [예|아니요]
원하는 시퀀스에 대한 입력 파일의 시퀀스 설명과 정확히 일치
처음부터 첫 번째 공백까지의 ID(GFF3에서)(기본값: no)

-usedesc [예|아니요]
시퀀스 설명을 사용하여 시퀀스 ID(GFF3에서)를 실제 시퀀스에 매핑
항목. 설명에 시퀀스 범위(예: III:1000001..2000000)가 포함된 경우
첫 번째 부분은 시퀀스 ID로 사용됩니다(III) 및 첫 번째 범위 위치를 오프셋으로
(1000001) (기본값: 아니요)

-지역 매핑 [현]
시퀀스 파일 매핑에 시퀀스 영역을 포함하는 파일 설정(기본값: 정의되지 않음)

-v [예|아니요]
장황하다(기본값: 아니오)

-o [파일 이름]
지정된 파일로 출력 리디렉션(기본값: 정의되지 않음)

-gzip [예|아니요]
gzip 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)

-bzip2 [예|아니요]
bzip2 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)

-힘 [예|아니요]
출력 파일에 강제 쓰기(기본값: no)

-도움
도움말 표시 및 종료

-번역
버전 정보 표시 및 종료

옵션 파일 형식 -지역 매핑:

옵션 -regionmapping에 제공된 파일은 "매핑"을 정의합니다. 매핑은
시퀀스 영역 항목은 GFF3_파일 포함하는 시퀀스 파일에
해당 시퀀스. 매핑은 다음 두 가지 형식 중 하나로 정의할 수 있습니다.

매핑 = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

함수 매핑(sequence_region)
return "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
end

첫 번째 형식은 Lua(http://www.lua.org) 각각을 매핑하는 "mapping"이라는 테이블
시퀀스 영역을 해당 시퀀스 파일에 복사합니다. 두 번째는 Lua 함수를 정의합니다.
"mapping"은 다음과 같이 호출될 때 시퀀스 파일 이름을 반환해야 합니다.
인수로 sequence_region.

보고 버그

버그 보고[이메일 보호]>.

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