infernal - 온라인 인 더 클라우드

프로그램:

이름

Infernal - RNA 서열 및 XNUMX차 구조의 프로필을 사용한 서열 분석
일치

개요

cmalign
공분산 모델에 시퀀스 정렬

cmbuild
구조적으로 주석이 달린 RNA 다중 시퀀스에서 공분산 모델 구성
정렬

cm보정
공분산 모델 E-값 결정을 위한 지수 꼬리 맞추기

cm변환
Infernal 공분산 모델 파일 변환

cmemit
공분산 모델의 샘플 시퀀스

cmfetch
파일에서 공분산 모델 검색

cmpress
cmscan용 공분산 모델 데이터베이스 준비

cmscan
공분산 모델 데이터베이스에 대한 검색 시퀀스

cmsearch
시퀀스 데이터베이스에 대한 공분산 모델 검색

cmstat
공분산 모델 파일에 대한 요약 통계

기술

Infernal은 구조적 RNA 서열 정렬 및 데이터베이스를 위한 여러 프로그램 모음입니다.
상동성 검색. "공분산 모델"(CM)이라는 확률 모델을 사용하여
의 다중 정렬(또는 단일 서열)의 가능성 있는 진화 상동체를 나타냅니다.
구조적 RNA 서열 패밀리.

RNA 계열 및 관련 CM의 Rfam 데이터베이스와 함께
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal은 알려진 구조적 동족체에 주석을 추가하는 데 사용할 수 있습니다.
게놈의 RNA 가족.

Infernal은 다음을 사용하여 시퀀스 패밀리 분석을 위한 HMMER 소프트웨어 제품군과 밀접하게 관련되어 있습니다.
프로파일 HMM(http://hmmer.org), 그러나 구조적 RNA 서열을 위해 특별히 설계되었습니다.
가족들. 프로파일 HMM이 하는 것처럼 패밀리의 보존된 시퀀스를 모델링하는 것 외에도,
CM은 가족의 보존되고 잘 중첩된(의사가 아닌) 이차 구조를 다음과 같이 모델링합니다.
잘. 결과적으로 CM 검색 및 정렬 방법은 상대적으로 계산적입니다.
값비싼. Infernal은 프로필 HMM을 필터로 사용하고 제약 조건을 도출하여
CM 방법이 더 실용적입니다.

Infernal은 세 가지 주요 모드에서 사용됩니다.
RNA 패밀리(또는 게놈의 주석 상동체); CM 데이터베이스(예: Rfam)를 검색하여 찾기
쿼리 시퀀스가 ​​속한 알려진 패밀리 자동으로 큰
CM을 사용한 다중 정렬(즉, 실질적으로 무제한의 시퀀스 포함)
시퀀스 패밀리의 대표.

RNA 서열의 구조적으로 주석이 달린 다중 서열 정렬이 있다고 가정합니다.
관심 있는 가족이고 추가 동족체에 대한 시퀀스 데이터베이스를 검색하려고 합니다.
XNUMXD덴탈의 cmbuild 프로그램은 여러 정렬에서 공분산 모델을 구축하고 cm보정
데이터베이스의 통계적 유의성을 추정하기 위한 중요한 매개변수를 결정합니다.
후속 검색에서 모델에 적중합니다.

XNUMXD덴탈의 cmsearch 프로그램은 시퀀스 데이터베이스에 대해 CM을 검색합니다.

Infernal 기반 CM 데이터베이스를 사용하여 분석하려는 시퀀스가 ​​있다고 가정합니다.
알팜(http://rfam.sanger.ac.uk). cmpress 프로그램은 공분산 모델을 형식화합니다.
(예: Rfam에서 다운로드할 파일)을 Infernal 바이너리 데이터베이스로 복사합니다. 그만큼
cmscan 프로그램은 해당 데이터베이스에 대해 시퀀스를 검색합니다.

많은 시퀀스를 정렬하려고 한다고 가정합니다. 관리할 수 있는 작은 규모로 구축할 수 있습니다.
대표적인 시퀀스 세트의 구조적 정렬, 다음을 사용하여 CM 구축 cm빌드, 과
사용 cmalign 해당 CM에 임의의 수의 시퀀스를 정렬하도록 프로그램합니다.

Infernal에는 대규모 CM 데이터베이스 작업을 위한 몇 가지 보조 도구도 포함되어 있습니다. cmfetch
데이터베이스에서 하나 이상의 CM을 가져옵니다. cmstat CM에 대한 요약 통계를 인쇄합니다.
파일.

이전 버전의 Infernal 및 HMMER와의 호환성을 위해 cm변환
프로그램은 CM 파일을 몇 가지 다른 형식으로 변환합니다.

XNUMXD덴탈의 cmemit 프로그램은 CM에서 샘플링하여 "상동" 시퀀스를 생성(시뮬레이션)합니다. 그것
"합의" 시퀀스를 생성할 수도 있습니다.

각 프로그램에는 자체 매뉴얼 페이지가 있습니다.

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