miniasm - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

miniasm - 긴 읽기 시퀀스를 위한 새로운 어셈블러

개요

미니즘 [-b12V] [-m 최소 일치] [-i 최소아이덴] [-s 최소 스팬] [-c 최소코브] [-o minOvlp] [-h
맥스항] [-I intThres] [-g 최대 간격 차이] [-d maxBubDist] [-e 최소 크기] [-f 파일 읽기] [-n
n라운드] [-r 드롭 비율] [-F finalDropRatio] [-p 출력 정보] 매핑.paf > 출력.gfa

기술

Miniasm은 시끄러운 긴 읽기를 위한 매우 빠른 OLC 기반의 새로운 어셈블러입니다. 모든 것이 필요합니다.
PAF 형식의 모든 읽기 자체 매핑을 입력으로 읽고 GFA의 어셈블리 그래프를 출력합니다.
체재. 주류 어셈블러와 달리 미니즘은 합의 단계가 없습니다. 그것
단순히 읽기 시퀀스 조각을 연결하여 최종 단위 시퀀스를 생성합니다. 따라서
기본 오류율은 원시 입력 읽기와 유사합니다.

옵션

자동 옵션
-m INT 다음보다 작은 드롭 매핑 INT 일치하는 염기(PAF의 col10) [100]. 이것
옵션은 다음과 같은 역할을 합니다. -L 미니맵의.

-s INT 다음보다 짧은 드롭 매핑 INT-bp [1000]. 이 옵션은 두 번째
읽기 필터링 라운드 및 최소 겹침 길이.

-i 흙손 읽기 필터링 중 아래 col10/col11의 매핑 무시 흙손 [0.05].
무시된 매핑은 읽기 겹침에 계속 사용됩니다.

-c INT 다른 읽기에 의한 최소 적용 범위 [3]. 필터링의 첫 번째 라운드에서 miniasm
가 포함하는 가장 긴 영역을 찾습니다. INT 또는 더 많은 읽기. 두 번째 라운드에서는
또한 각 나머지 기반이 INT 최소한 기초
최소 스팬/2 다른 읽기의 끝에서.

중복 옵션
-o INT 최소 겹침 길이 [동일 최소 스팬]

-h INT 최대 오버행 길이 [1000]. 오버행은 매핑되지 않은 영역입니다.
실제 중첩 또는 실제 포함이 주어지면 매핑됩니다. 오버행이 너무 길면
매핑은 내부 일치로 간주되어 무시됩니다.

-I 흙손 매핑에 대한 매핑+오버행 길이에 대한 매핑 길이의 최소 비율
봉쇄 또는 중복으로 간주 [0.8]. 이 옵션은 다음과 유사한 역할을 합니다.
-h, 길이가 아닌 비율을 제어한다는 점을 제외하고.

그래프 레이아웃 옵션
-g INT 매핑에서 두 읽기 간의 최대 간격 차이 [1000]. 이 매개변수는
전이 감소에만 사용됩니다.

-d INT 버블 터지는 최대 프로빙 거리 [50000]. 보다 긴 거품 INT
뜨지 않습니다.

-e INT 단위가 다음 미만으로 구성된 경우 작은 것으로 간주됩니다. INT [4]를 읽습니다.
Miniasm은 다양한 단계에서 작은 단위를 제거하려고 할 수 있습니다.

-f FILE unitig 시퀀스 생성을 위한 FASTA 또는 FASTQ 형식의 시퀀스 파일 읽기
[없는]. 이 옵션이 없으면 miniasm은 다음 없이 GFA 출력을 생성합니다.
시퀀스.

-r 플로트1,[플로트2]
최대 및 최소 중첩 드롭 비율 [0.7,0.5]. 겹침(v->w)을 겹침
에지의 길이 v->w 및 maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)}는 가장 큰 길이
겹친다. 중첩(v->w)/maxovlp(v)가 a 미만인 경우 Miniasm은 중첩 v->w를 삭제합니다.
이 옵션에 의해 제어되는 임계값. 미니즘 적용 n라운드 짧은 라운드
증가하는 임계값으로 중복 제거 플로트1 과 플로트2.

-n INT 짧은 오버랩 제거 라운드 [3].

-F 흙손 짧은 unitig 제거 후 중첩 드롭 비율 임계값 [0.8]

그 외 옵션
-b 입력에서 동일한 매핑이 두 번 주어질 가능성이 있음을 나타냅니다.

-1 사전 조립 읽기 선택의 첫 번째 라운드 건너뛰기

-2 조립 전 읽기 선택의 두 번째 라운드 건너뛰기

-p STR 출력 정보 및 형식 [ug]. 가능한 STR 값에는 - 침대: 우편-
BED 형식의 필터링된 읽기 영역; PAF: 사후 필터링 간의 매핑
읽기; sg: GFA 형식의 겹침 그래프를 읽습니다. ug: GFA의 단위 그래프
형식입니다.

-V 버전 번호를 stdout으로 인쇄

입력 FORMAT

Miniasm은 TAB 형식인 PAF(Pairwise mApping Format)에서 매핑 위치를 읽습니다.
에 설명된 대로 최소 12개의 필드로 구성된 각 행이 있는 구분된 텍스트 형식
다음 표 :

┌────┬──────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────┐
│와 │ 타입 │ 상품 설명 │
├────┼──────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────┤
│ 1 │ 문자열 │ 쿼리 시퀀스 이름 │
│ 2 │ int │ 쿼리 시퀀스 길이 │
│ 3 │ int │ 쿼리 시작 좌표(0부터 시작) │
│ 4 │ int │ 쿼리 종료 좌표(0부터 시작) │
│ 5 │ char │ 쿼리와 대상이 같은 가닥이면 `+'; `-' 반대일 경우 │
│ 6 │ 문자열 │ 대상 시퀀스 이름 │
│ 7 │ int │ 대상 시퀀스 길이 │
│ 8 │ int │ 원래 가닥의 대상 시작 좌표 │
│ 9 │ int │ 원래 가닥의 대상 끝 좌표 │
│ 10 │ int │ 매핑에서 일치하는 염기의 수 │
│ 11 │ int │ 매핑에서 간격을 포함한 숫자 기반 │
│ 12 │ int │ 매핑 품질(0-255, 누락된 경우 255) │
└────┴──────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────┘

참조하시기 바랍니다 미니 맵(1) 각 필드에 대한 자세한 설명.

출력 FORMAT

Miniasm은 어셈블리를 GFA(Graphical Fragment Assembly 형식)로 출력합니다. 이것은
행 기반 TAB 구분 형식으로, 선행 문자는 행 유형을 나타냅니다.
다음 표는 miniasm에서 사용하는 선 유형을 보여줍니다.

┌─────┬─────────────┬─────────────────────────────── ────────────────────────┐
│라인 │ Comment │ Fixed 분야 │
├─────┼─────────────┼─────────────────────────────── ────────────────────────┤
│ H │ 헤더 │ N/A │
│ S │ 세그먼트 │ segName segSeq │
│ L │ 오버랩 │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ 골든 경로 │ utgName utgStart readName:start-end readOri 길이 │
└─────┴──────────────┴─────────────────────────────── ────────────────────────┘

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 miniasm 사용