bp_papplmaker.plp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

papplmaker.PLS - ເຄື່ອງມືການວິເຄາະເຄື່ອງກໍາເນີດໂມດູນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

# ຂໍຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອແດ່
paplmaker.PLS -h

# ສ້າງໂມດູນສໍາລັບໂຄງການ 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# ຄືກັນ, ແຕ່ລະບຸບ່ອນທີ່ຈະຊອກຫາ 'seqret'
papplmaker.PLS -n ແກ້ໄຂ::seqret
-l http://localhost:8080/ແກນ/ບໍລິການ

# ຄືກັນ, ແຕ່ລະບຸວິທີການເຂົ້າເຖິງທີ່ບໍ່ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເພື່ອ 'seqret'
papplmaker.PLS -n ແກ້ໄຂ::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
- ເປັນ corba

# ສ້າງໂມດູນສໍາລັບການວິເຄາະທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ
# (ໃຊ້ສະຖານທີ່ເລີ່ມຕົ້ນ ແລະວິທີການເຂົ້າໃຊ້ເລີ່ມຕົ້ນ)
paplmaker.PLS

# ບໍ່ສ້າງແຕ່ເບິ່ງສິ່ງທີ່ຈະສ້າງ
paplmaker.PLS -s
paplmaker.PLS -S

# ສ້າງໂມດູນສໍາລັບການວິເຄາະ 'edit::seqret'
# ແຕ່ຕັ້ງຊື່ມັນວ່າ 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n ແກ້ໄຂ::seqret -m MySeqret

# ...ແລະໃຊ້ມັນ
ໃຊ້ MySeqret;
ພິມ MySeqret->sequence_direct_data ໃໝ່ ('tatataccggt')
-> osformat ('embl')
-> wait_for
-> outseq;

# ຄືກັນແຕ່ເອົາຜົນໄດ້ຮັບເຂົ້າໄປໃນໄດເລກະທໍລີ '/tmp/my'
# (ໄດເລກະທໍລີບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງມີ)
papplmaker.PLS -n ແກ້ໄຂ::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# ສ້າງໂມດູນສໍາລັບການວິເຄາະທັງຫມົດທີ່ມີຊື່
# ກົງກັນທີ່ໃຫ້ຄຳສະແດງອອກປົກກະຕິ (ຕົວພິມນ້ອຍໃຫຍ່ບໍ່ອ່ອນໄຫວ)
paplmaker.PLS -r 'ແກ້ໄຂ'

# ເຊັ່ນດຽວກັນ, ແຕ່ໂມດູນທີ່ສ້າງຊື່ດ້ວຍຊື່ຂອງທ່ານເອງ
# (ໃຫ້ papplmaker.PLS ແທນພາກສ່ວນຂອງຊື່ຂອງເຈົ້າ)
papplmaker.PLS -r 'ແກ້ໄຂ' -m 'My_$ANALYSIS'

ລາຍລະອຽດ

ໂມດູນ "Bio::Tools::Run::Analysis" ສະຫນອງການເຂົ້າເຖິງການວິເຄາະໃນທ້ອງຖິ່ນແລະຫ່າງໄກສອກຫຼີກ.
ເຄື່ອງ​ມື​ໃນ​ວິ​ທີ​ການ​ເປັນ​ເອ​ກະ​ສານ (ກໍາ​ນົດ​ໃນ "Bio::AnalysisI"). ໂມດູນໃຊ້ວິທີການທົ່ວໄປ
ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ກໍາ​ນົດ​ຂໍ້​ມູນ​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ໂດຍ​ຕົນ​ເອງ​ແລະ​ການ​ດຶງ​ເອົາ​ຜົນ​ໄດ້​ຮັບ​ໂດຍ​ການ​ຕັ້ງ​ຊື່​ໃຫ້​ເຂົາ​ເຈົ້າ​. ແນວໃດກໍ່ຕາມ,
ບາງຄັ້ງແມ່ນສະດວກກວ່າທີ່ຈະໃຊ້ໂມດູນສະເພາະ, ເປັນຕົວແທນຂອງເຄື່ອງມືການວິເຄາະຫນຶ່ງ,
ທີ່ຮູ້ແລ້ວກ່ຽວກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ ແລະຊື່ຜົນໄດ້ຮັບ.

ເຄື່ອງກໍາເນີດ "papplmaker.PLS" ສ້າງໂມດູນທີ່ອຸທິດຕົນດັ່ງກ່າວ.

"papplmaker.PLS" ໃຊ້ວິທີການເຂົ້າເຖິງດຽວກັນກັບໂມດູນທົ່ວໄປ - ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າ
ອີງຕາມພາລາມິເຕີ "ການເຂົ້າເຖິງ" ມັນສາມາດນໍາໃຊ້ SOAP, CORBA ຫຼືອື່ນໆ (ສະຫນັບສະຫນູນ)
ໂປໂຕຄອນ, ຫຼືມັນສາມາດເຂົ້າເຖິງການວິເຄາະທ້ອງຖິ່ນ (ມີຢູ່ໃນເຄື່ອງດຽວກັນບ່ອນທີ່
"papplmaker.PLS" ແມ່ນ invoked).

"papplmaker.PLS" ເຮັດວຽກຂອງມັນບໍ່ວ່າຈະສໍາລັບການວິເຄາະທີ່ມີຊື່ຫນຶ່ງ (ລະບຸໂດຍທາງເລືອກ "-n",
ຫຼືມັນໃຊ້ໂມດູນ "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" ເພື່ອຊອກຫາສິ່ງທີ່ວິເຄາະ.
ສາມາດໃຊ້ໄດ້, ແລະສາມາດຈໍາກັດຈໍານວນຂອງເຂົາເຈົ້າໂດຍການຈັບຄູ່ກັບການສະແດງປົກກະຕິທີ່ໃຫ້ໂດຍ
ທາງເລືອກ "-r".

ໂມດູນຫຼືໂມດູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນແມ່ນຕັ້ງຊື່ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທີ່ຄ້າຍຄືກັນກັບຊື່ຂອງ
ການວິເຄາະທີ່ສອດຄ້ອງກັນ, ແຕ່ນີ້ສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ໂດຍຕົວເລືອກ "-m" ເຊິ່ງຕົວຈິງແລ້ວແມ່ນ a
ແມ່ແບບທີ່ສາຍຕໍ່ໄປນີ້ຖືກຮັບຮູ້ ແລະປ່ຽນແທນ:

$ANALYSIS ຫຼື ${ANALYSIS}
ຈະຖືກແທນທີ່ດ້ວຍຊື່ການວິເຄາະ.

$CATEGORY ຫຼື ${CATEGORY}
ຈະຖືກແທນທີ່ດ້ວຍຊື່ຂອງປະເພດທີ່ການວິເຄາະຂຶ້ນກັບ.

$SERVICE ຫຼື ${SERVICE}
ຈະຖືກແທນທີ່ດ້ວຍຊື່ທັງໝົດຂອງການບໍລິການ (ເຊິ່ງປົກກະຕິແລ້ວແມ່ນເປັນ concatenation
ຂອງປະເພດແລະຊື່ການວິເຄາະ, ແລະມັນຖືກນໍາໃຊ້ເປັນຊື່ໂມດູນເລີ່ມຕົ້ນ, btw).

ຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງ "ການບໍລິການ" ແລະ "ການວິເຄາະ", ແລະ "ປະເພດ" ຫມາຍຄວາມວ່າແນວໃດ?
ບາງຄັ້ງຂໍ້ກໍານົດເຫຼົ່ານີ້ອາດຈະສັບສົນເພາະວ່າພວກເຂົາອາດຈະຫມາຍຄວາມວ່າແຕກຕ່າງກັນເລັກນ້ອຍ
ຂຶ້ນກັບວິທີການເຂົ້າເຖິງທີ່ໃຊ້ເພື່ອຕິດຕໍ່ສື່ສານກັບເຂົາເຈົ້າ. ໂດຍທົ່ວໄປ, "ການວິເຄາະ" ແມ່ນ
ໂປລແກລມ (ແອັບພລິເຄຊັນ, ເຄື່ອງມື) ທີ່ເຮັດວຽກຢູ່ບ່ອນໃດບ່ອນຫນຶ່ງ, ແຕ່ບາງຄັ້ງຢູ່ໃນເຄື່ອງທ້ອງຖິ່ນ. ອັນ
ຕົວຢ່າງຂອງການວິເຄາະແມ່ນ "seqret" (ຈາກຊຸດ EMBOSS). ການວິເຄາະສາມາດຖືກຈັດເປັນກຸ່ມ
ເຂົ້າໄປໃນປະເພດໂດຍຫນ້າທີ່ຂອງເຂົາເຈົ້າຫຼືໂດຍປະເພດຂອງຂໍ້ມູນທີ່ເຂົາເຈົ້າຈັດການກັບ (ແຕ່ບາງຄັ້ງກໍ່ມີ
ບໍ່ມີປະເພດໃດໆ). ການວິເຄາະແຕ່ລະຄົນສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້ໂດຍໃຊ້ລະດັບທີ່ສູງຂຶ້ນຂອງ
abstraction, ເປັນ "ການບໍລິການ". ການບໍລິການແມ່ນປົກກະຕິແລ້ວເປັນ wrapper ຂຶ້ນກັບໂປຣໂຕຄໍ, ເຊັ່ນເວັບ
ການບໍລິການ, ຫຼືການບໍລິການ CORBA. ສໍາລັບຕົວຢ່າງ, ມີການບໍລິການ "ແກ້ໄຂ:: seqret".
ເປັນຕົວແທນການວິເຄາະ "seqret" ໃນຫມວດ "ດັດແກ້".

ການຕອບຮັບ

ທາງໄປສະນີ ລາຍການ
ຄວາມຄິດເຫັນຂອງຜູ້ໃຊ້ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງທີ່ສໍາຄັນຂອງການວິວັດທະນາການນີ້ແລະໂມດູນ Bioperl ອື່ນໆ. ສົ່ງ
ຄໍາ​ເຫັນ​ແລະ​ຄໍາ​ແນະ​ນໍາ​ຂອງ​ທ່ານ​ມັກ​ກັບ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ທາງ​ໄປ​ສະ​ນີ Bioperl​. ການມີສ່ວນຮ່ວມຂອງທ່ານ
ໄດ້ຮັບການຍົກຍ້ອງຫຼາຍ.

[email protected] - ສົນທະນາທົ່ວໄປ
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - ກ່ຽວກັບລາຍຊື່ທາງໄປສະນີ

ການລາຍງານ ແມງໄມ້
ລາຍງານຂໍ້ບົກພ່ອງກັບລະບົບການຕິດຕາມແມງໄມ້ Bioperl ເພື່ອຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາຕິດຕາມແມງໄມ້ແລະພວກມັນ
ຄວາມລະອຽດ. ບົດ​ລາຍ​ງານ bug ສາ​ມາດ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ສົ່ງ​ຜ່ານ​ເວັບ​ໄຊ​ຕ​໌​:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

ໃຊ້ bp_papplmaker.plp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net