ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ cdhit-454 ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
cd-hit-454 - ການຈັດລໍາດັບກຸ່ມຢ່າງໄວວາ, ປັບປຸງສໍາລັບຂໍ້ມູນ 454
ສະຫຼຸບສັງລວມ
cdhit-454 [ທາງເລືອກໃນການ]
ລາຍລະອຽດ
====== CD-HIT ລຸ້ນ 4.6 (ສ້າງໃນວັນທີ 23 ມັງກອນ 2016) ======
ທາງເລືອກໃນການ
-i ໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ໃນຮູບແບບ fasta, ຕ້ອງການ
-o ອອກຊື່ໄຟລ໌, ຕ້ອງການ
-c ເກນຕົວຕົນຂອງລຳດັບ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.98 ນີ້ແມ່ນ "ຕົວຕົນຂອງລຳດັບທົ່ວໂລກ"
ຄິດໄລ່ເປັນ : ຈໍານວນຂອງອາຊິດ amino ຄືກັນໃນການຈັດລຽງແບ່ງອອກເຕັມ
ຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບທີ່ສັ້ນກວ່າ + ຊ່ອງຫວ່າງ
-b band_width ຂອງການຈັດຮຽງ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 10
-M ຈໍາກັດຄວາມຈໍາ (ໃນ MB) ສໍາລັບໂຄງການ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 800; 0 ສໍາລັບການບໍ່ຈໍາກັດ;
-T ຈຳນວນກະທູ້, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1; ດ້ວຍ 0, CPU ທັງໝົດຈະຖືກໃຊ້
-n word_length, default 10, ເບິ່ງຄູ່ມືຂອງຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບການເລືອກມັນ
-aL ການຄຸ້ມຄອງການຈັດຕັ້ງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຍາວກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.0 ຖ້າຫາກວ່າຕັ້ງເປັນ 0.9, ໄດ້
ການຈັດລຽງຕ້ອງກວມເອົາ 90% ຂອງລໍາດັບ
-AL ການຄວບຄຸມການຄຸ້ມຄອງການຈັດວາງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຍາວກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 99999999 ຖ້າຕັ້ງຄ່າເປັນ 60,
ແລະຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບແມ່ນ 400, ຫຼັງຈາກນັ້ນການຈັດລໍາດັບຕ້ອງເປັນ >= 340 (400-60)
ສິ່ງເສດເຫຼືອ
-aS ການຄຸ້ມຄອງການຈັດຕັ້ງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ສັ້ນກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.0 ຖ້າຫາກວ່າຕັ້ງເປັນ 0.9, ໄດ້
ການຈັດລຽງຕ້ອງກວມເອົາ 90% ຂອງລໍາດັບ
-AS ການຄວບຄຸມການຄຸ້ມຄອງການຈັດວາງສໍາລັບລໍາດັບທີ່ສັ້ນກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 99999999 ຖ້າຕັ້ງເປັນ 60,
ແລະຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບແມ່ນ 400, ຫຼັງຈາກນັ້ນການຈັດລໍາດັບຕ້ອງເປັນ >= 340 (400-60)
ສິ່ງເສດເຫຼືອ
-B 1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0, ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ລໍາດັບຈະຖືກເກັບໄວ້ໃນ RAM ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, ລໍາດັບ.
ຖືກເກັບໄວ້ໃນຮາດໄດມັນແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ -B 1 ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່
-g 1 ຫຼື 0, default 0 ໂດຍ cd-hit's algorithm default, ລໍາດັບແມ່ນ clustered ກັບ the
ກຸ່ມທໍາອິດທີ່ກົງກັບເກນ (ກຸ່ມໄວ). ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, ໂຄງການຈະ
ຈັດກຸ່ມມັນເຂົ້າໄປໃນກຸ່ມທີ່ຄ້າຍຄືກັນທີ່ສຸດທີ່ກົງກັບເກນ (ຖືກຕ້ອງແຕ່ຊ້າ
mode) ແຕ່ 1 ຫຼື 0 ຈະບໍ່ປ່ຽນຕົວແທນຂອງກຸ່ມສຸດທ້າຍ
-D ຂະໜາດສູງສຸດຕໍ່ indel, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1
- ການແຂ່ງຂັນ ຄະແນນທີ່ກົງກັນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 2
- ບໍ່ກົງກັນ
ຄະແນນບໍ່ກົງກັນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ -1
- ຊ່ອງຫວ່າງ ຄະແນນການເປີດຊ່ອງຫວ່າງ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ -3
-gap-ext
ຄະແນນການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ -1
- ບັກ ຂຽນໄຟລ໌ກຸ່ມສຳຮອງ (1 ຫຼື 0, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0)
-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້
ຄໍາຖາມ, ແມງໄມ້, ຕິດຕໍ່ Weizhong Li ທີ່ [email protected]
ຖ້າທ່ານເຫັນວ່າ cd-hit ມີປະໂຫຍດ, ກະລຸນາອ້າງອີງ:
"ການຈັດກຸ່ມຂອງລໍາດັບ homologous ສູງເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຂະຫນາດຂອງທາດໂປຼຕີນຂະຫນາດໃຫຍ່
ຖານຂໍ້ມູນ", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski ແລະ Adam Godzik. ຊີວະວິທະຍາ, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: ໂຄງການໄວສໍາລັບການຈັດກຸ່ມແລະການປຽບທຽບຊຸດຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງ
ລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຫຼື nucleotide", Weizhong Li & Adam Godzik. ຊີວະວິທະຍາ, (2006)
22: 1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun ແລະ Weizhong Li. ທຽມແລະ.
ການຊໍ້າກັນແບບທໍາມະຊາດໃນການອ່ານ pyrosequencing ຂອງຂໍ້ມູນ metagenomic. BMC Bioinformatics
(2010) 11 ໂມງເຊົ້າ
ໃຊ້ cdhit-454 ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
