clustalw - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

clustalw - ການສອດຄ່ອງຫຼາຍຂອງລໍາດັບອາຊິດ nucleic ແລະທາດໂປຼຕີນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ກຸ່ມ [-infile] file.ext [OPTIONS]

ກຸ່ມ [-ຊ່ວຍ | - ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​ຢ່າງ​ເຕັມ​ທີ່​]

ລາຍລະອຽດ

Clustal W ແມ່ນໂຄງການການຈັດຮຽງຫຼາຍຈຸດທີ່ມີຈຸດປະສົງທົ່ວໄປສໍາລັບ DNA ຫຼືທາດໂປຼຕີນ.

ໂຄງ​ການ​ດັ່ງ​ກ່າວ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​ພ້ອມ​ກັນ​ຂອງ nucleotide ຫຼາຍ​ຫຼື​ລໍາ​ດັບ​ອາ​ຊິດ amino​. ມັນ
ໂດຍປົກກະຕິແມ່ນດໍາເນີນການໂຕ້ຕອບ, ສະຫນອງເມນູແລະການຊ່ວຍເຫຼືອອອນໄລນ໌. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການໃຊ້
ມັນຢູ່ໃນຮູບແບບຄໍາສັ່ງ (batch), ທ່ານຈະຕ້ອງໃຫ້ທາງເລືອກຫຼາຍ, ຕໍາ່ສຸດທີ່
-infile.

OPTIONS

ຂໍ້ມູນ (ລໍາດັບ)
-infile=file.ext
ລຳດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ.

-profile1=file.ext ແລະ -profile2=file.ext
ໂປຣໄຟລ໌ (ການຈັດຮຽງແບບເກົ່າ)

ຄຳກິລິຍາ (ເຮັດ ສິ່ງ​ຂອງ)
-ທາງເລືອກ
ບອກຕົວກໍານົດການເສັ້ນຄໍາສັ່ງ.

-ຊ່ວຍ or - ກວດ​ສອບ​
ອະທິບາຍຕົວກໍານົດການແຖວຄໍາສັ່ງ.

- ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​ຢ່າງ​ເຕັມ​ທີ່​
ອອກເນື້ອໃນການຊ່ວຍເຫຼືອເຕັມ.

- ຈັດ​ວາງ​
ເຮັດການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນເຕັມທີ່.

- ຕົ້ນ​ໄມ້​
ຄິດໄລ່ຕົ້ນໄມ້ NJ.

- ພີມ
ຜົນຜະລິດເປີເຊັນ matrix ຕົວຕົນ (ໃນຂະນະທີ່ການຄິດໄລ່ຕົ້ນໄມ້).

- bootstrap=n
Bootstrap ຕົ້ນໄມ້ NJ (n= ຈໍານວນຂອງ bootstraps; def. = 1000).

- ແປງ
ສົ່ງອອກລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

PARAMETERS (ຕັ້ງ ສິ່ງ​ຂອງ)
ໂດຍ​ທົ່ວ​ໄປ ການຕັ້ງຄ່າ:
- ໂຕ້ຕອບ
ອ່ານບັນທັດຄໍາສັ່ງ, ຫຼັງຈາກນັ້ນເຂົ້າໄປໃນເມນູແບບໂຕ້ຕອບປົກກະຕິ.

- ຕົ້ນ​ໄມ້​ໄວ​
ໃຊ້ FAST algorithm ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.

-type=
ໂປຣ​ຕີນ or DNA ລໍາດັບ.

- ທາງລົບ
ການສອດຄ່ອງຂອງທາດໂປຼຕີນກັບຄ່າລົບໃນ matrix.

-outfile=
ຊື່ໄຟລ໌ການຈັດຮຽງລໍາດັບ.

-output=
GCG, DOM, ຟີລິບ, PIR or NEXUS.

-outputorder=
ປັດໄຈນໍາເຂົ້າ or ຈັດຮຽງ

-ຕູ້
ລະດັບຕ່ ຳ or ສູງສຸດ (ສໍາລັບຜົນຜະລິດ GDE ເທົ່ານັ້ນ).

-seqnos=
OFF or ON (ສໍາລັບຜົນຜະລິດຂອງກຸ່ມເທົ່ານັ້ນ).

-seqnos_range=
OFF or ON (ໃຫມ່: ສໍາລັບທຸກຮູບແບບຜົນຜະລິດ).

-range=m,n
ໄລຍະລໍາດັບທີ່ຈະຂຽນເລີ່ມຕົ້ນ m to m+n.

-maxseqlen=n
ຄວາມຍາວລຳດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດ.

- ງຽບ
ຫຼຸດການອອກ console ລົງເປັນຕໍາ່ສຸດທີ່.

-ສະຖິຕິ=ເອກະສານ
ບັນທຶກສະຖິຕິການຈັດຮຽງບາງອັນໃສ່ ເອກະສານ.

ໄວ ຄູ່ ຄວາມສອດຄ່ອງ:
-ktuple=n
ຂະຫນາດຄໍາ.

-topdiags=n
ຈໍານວນຂອງ diags ທີ່ດີທີ່ສຸດ.

-window=n
ປ່ອງຢ້ຽມອ້ອມຮອບການວິເຄາະທີ່ດີທີ່ສຸດ.

-ຄູ່ =n
ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງ.

- ຄະ​ແນນ​
PERCENT or ABSOLUTE.

ຊ້າ ຄູ່ ຄວາມສອດຄ່ອງ:
-pwmatrix=
: ທາດໂປຼຕີນຈາກ matrix =ດອກໄມ້, PAM, GONNET, ID or ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

-pwdnamatrix=
DNA ນໍ້າໜັກ matrix=ດອກໄມ້IUB, ດອກໄມ້CLUSTALW ຫຼື ດອກໄມ້ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ.

-pwgapopen=f
ຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດ.

-pwgapext=f
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ.

ຫຼາຍ ຄວາມສອດຄ່ອງ:
-newtree=
ໄຟລ໌ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືໃຫມ່.

-usetree=
ໄຟລ໌ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືເກົ່າ.

-matrix=
ທາດໂປຼຕີນຈາກ matrix =ດອກໄມ້, PAM, GONNET, ID or ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ.

-dnamatrix=
DNA ນໍ້າໜັກ matrix=IUB, CLUSTALW or ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ.

-gapopen=f
ຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດ.

-gapext=f
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ.

-engaps
ບໍ່ມີປາຍປາກກາແຍກຊ່ອງຫວ່າງ.

-gapdist=n
ປາກກາແຍກຊ່ອງຫວ່າງ. ຊ່ວງ.

-nogap
ຊ່ອງຫວ່າງສະເພາະຂອງ residue ປິດ.

-nohgap
ຊ່ອງຫວ່າງ hydrophilic ປິດ.

-hgapresidues=
ລາຍຊື່ hydrophilic res.

-maxdiv=n
ເປີເຊັນຕົວຕົນສໍາລັບການຊັກຊ້າ.

-type=
ໂປຣ​ຕີນ or DNA

-transweight=f
ນ້ຳໜັກຕົວປ່ຽນ.

-iteration=
NONE or ທ or ການຈັດການ.

-number=n
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງການເຮັດຊ້ໍາອີກ.

ປະຫວັດຫຍໍ້ ຄວາມສອດຄ່ອງ:
-ໂປຣໄຟລ
ຮວມສອງການຈັດຮຽງໂດຍການຈັດຕຳແໜ່ງໂປຣໄຟລ໌.

-newtree1=
ໄຟລ໌ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືໃຫມ່ສໍາລັບ profile1.

-newtree2=
ໄຟລ໌ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືໃຫມ່ສໍາລັບ profile2.

-usetree1=
ໄຟລ໌ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືເກົ່າສໍາລັບ profile1.

-usetree2=
ໄຟລ໌ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືເກົ່າສໍາລັບ profile2.

ລໍາດັບ to ປະຫວັດຫຍໍ້ ຄວາມສອດຄ່ອງ:
- ລໍາດັບ
ເພີ່ມລໍາດັບ profile2 ລໍາດັບໃສ່ການຈັດລໍາດັບ profile1.

-newtree=
ໄຟລ໌ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືໃຫມ່.

-usetree=
ໄຟລ໌ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືເກົ່າ.

ໂຄງສ້າງ ຄວາມສອດຄ່ອງ:
-nosecstr1
ຫ້າມໃຊ້ຜ້າອັດປາກຊ່ອງຫວ່າງໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງສຳລັບໂປຣໄຟລ໌ 1.

-nosecstr2
ຫ້າມໃຊ້ຜ້າອັດປາກຊ່ອງຫວ່າງໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງສຳລັບໂປຣໄຟລ໌ 2.

-secstrout=STRUCTURE or ຫນ້າ​ກາກ or ສອງ or NONE
ຜົນຜະລິດໃນໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.

-helixgap=n
ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບ helix core residues.

-strandgap=n
ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບ strand core residues.

loopgap=n
ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບພາກພື້ນ loop.

-terminalgap=n
ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບໂຄງສ້າງ termini.

-helixendin=n
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ສານ​ຕົກ​ຄ້າງ​ຢູ່​ໃນ helix ທີ່​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປິ່ນ​ປົວ​ເປັນ terminal​.

-helixendout=n
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ສານ​ຕົກ​ຄ້າງ​ນອກ helix ທີ່​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປິ່ນ​ປົວ​ເປັນ terminal​.

-strendin=n
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ສານ​ຕົກ​ຄ້າງ​ຢູ່​ໃນ​ສາຍ​ພັນ​ທີ່​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປິ່ນ​ປົວ​ເປັນ terminal​.

-strendout=n
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ສານ​ຕົກ​ຄ້າງ​ນອກ​ສາຍ​ທີ່​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປິ່ນ​ປົວ​ເປັນ terminal​.

ຕົ້ນໄມ້:
-outputtree=nj OR ຟີລິບ OR ຫ່າງໄກ OR nexus

-seed=n
ຈໍານວນເມັດສໍາລັບ bootstraps.

- ກິ​ມູ​ຣາ
ໃຊ້ການແກ້ໄຂຂອງ Kimura.

-tossgaps
ບໍ່ສົນໃຈຕໍາແຫນ່ງທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ.

-bootlabels=node
ຕຳແໜ່ງຂອງຄ່າ bootstrap ໃນການສະແດງຕົ້ນໄມ້.

-cluting=
NJ ຫຼື UPGMA.

ໃຊ້ clustalw ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net