cmcalibrate - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

cmcalibrate - ພໍດີກັບຫາງ exponential ສໍາລັບການກໍານົດແບບຈໍາລອງ covariance E-value

ສະຫຼຸບສັງລວມ

cmcalibrate [ທາງເລືອກ] cmfile

ລາຍລະອຽດ

cmcalibrate ກໍານົດຕົວກໍານົດການຫາງ exponential ສໍາລັບການກໍານົດ E-value ໂດຍການສ້າງ
ລໍາດັບ Random, ຊອກຫາໃຫ້ເຂົາເຈົ້າກັບ CM ແລະເກັບກໍາຄະແນນຂອງຜົນໄດ້ຮັບ
hits. A histogram ຂອງຄະແນນບິດຂອງ hits ແມ່ນເຫມາະກັບຫາງ exponential, ແລະ
ພາລາມິເຕີຂອງຫາງທີ່ຕິດຕັ້ງຖືກບັນທຶກໄວ້ໃນໄຟລ໌ CM. ຕົວກໍານົດການຫາງ exponential
ຫຼັງຈາກນັ້ນຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອປະເມີນຄວາມສໍາຄັນທາງສະຖິຕິຂອງ hits ທີ່ພົບເຫັນຢູ່ໃນ cmsearch ແລະ
cmscan.

ໄຟລ໌ CM ຕ້ອງຖືກປັບທຽບກັບ cmcalibrate ກ່ອນທີ່ມັນຈະຖືກນໍາໃຊ້ໃນ cmsearch or cmscan,
ມີຂໍ້ຍົກເວັ້ນດຽວ: ມັນບໍ່ຈໍາເປັນທີ່ຈະປັບໄຟລ໌ CM ທີ່ປະກອບມີພຽງແຕ່
ແບບຈໍາລອງທີ່ມີສູນ basepairs ກ່ອນແລ່ນ cmsearch.

cmcalibrate ແມ່ນຊ້າຫຼາຍ. ມັນໃຊ້ເວລາສອງສາມຊົ່ວໂມງເພື່ອປັບຂະໜາດສະເລ່ຍອັນດຽວ
CM ໃນ CPU ດຽວ. cmcalibrate ຈະດໍາເນີນການຂະຫນານໃນທຸກແກນທີ່ມີຢູ່ຖ້າຫາກວ່າ Infernal
ຖືກສ້າງຂຶ້ນໃນລະບົບທີ່ຮອງຮັບ POSIX threading (ເບິ່ງພາກການຕິດຕັ້ງຂອງ
ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ). ການນໍາໃຊ້ cores ຈະສົ່ງຜົນໃຫ້ປະມານ -ຂະຫຍາຍ
ການເລັ່ງທຽບກັບ CPU ດຽວ. MPI (Message Passing Interface) ຍັງສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບ
ຂະ​ຫນານ​ກັບ​ --mpi ທາງ​ເລືອກ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ Infernal ໄດ້​ຖືກ​ສ້າງ​ຂຶ້ນ​ດ້ວຍ MPI ເປີດ​ໃຫ້​ໃຊ້​ງານ, ແຕ່​ການ​ນໍາ​ໃຊ້
ຫຼາຍກ່ວາໂປເຊດເຊີ 161 ບໍ່ໄດ້ຖືກແນະນໍາເພາະວ່າການເພີ່ມ 161 ທີ່ຜ່ານມາຈະບໍ່ເລັ່ງ
ການ​ປັບ​ທຽບ​ໄດ້​. ເບິ່ງພາກສ່ວນການຕິດຕັ້ງຂອງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.

ໄດ້ -- ຄາດ​ຄະ​ເນ​ ທາງເລືອກສາມາດຖືກໃຊ້ເພື່ອປະເມີນໄລຍະເວລາທີ່ໂຄງການຈະດໍາເນີນການສໍາລັບ a
ໄດ້ຮັບ cmfile ຢູ່ໃນເຄື່ອງປະຈຸບັນ. ເພື່ອຄາດເດົາເວລາແລ່ນຢູ່ ໂປເຊດເຊີກັບ
MPI, ນອກຈາກນັ້ນ, ການນໍາໃຊ້ -- ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ ທາງເລືອກ.

ລໍາດັບ Random ຄົ້ນຫາໃນ cmcalibrate ຖືກສ້າງຂື້ນໂດຍ HMM ທີ່ໄດ້ຮັບການຝຶກອົບຮົມ
ລໍາດັບ genomic ທີ່ແທ້ຈິງທີ່ມີເນື້ອໃນ GC ຕ່າງໆ. ເປົ້າຫມາຍແມ່ນເພື່ອມີການແຈກຢາຍ GC
ໃນລໍາດັບແບບສຸ່ມແມ່ນຄ້າຍຄືກັນກັບຢູ່ໃນລໍາດັບ genomic ຕົວຈິງ.

ສີ່ຮອບຂອງການຄົ້ນຫາແລະຫາງ exponential ຕໍ່ໆມາແມ່ນດໍາເນີນການ, ຫນຶ່ງໃນແຕ່ລະສໍາລັບ
ສີ່ CM algorithms ທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ໃນ cmsearch ແລະ cmscan: CYK ທ້ອງຖິ່ນ,
ພາຍໃນທ້ອງຖິ່ນ, CYK ທ້ອງຖິ່ນແລະພາຍໃນທ້ອງຖິ່ນ.

ຕົວກໍານົດການ E-values ​​ກໍານົດໂດຍ cmcalibrate ຖືກນໍາໃຊ້ພຽງແຕ່ໂດຍ cmsearch ແລະ cmscan
ໂຄງການ. ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ທ່ານ​ບໍ່​ໄດ້​ຈະ​ນໍາ​ໃຊ້​ໂຄງ​ການ​ເຫຼົ່າ​ນີ້​ຫຼັງ​ຈາກ​ນັ້ນ​ບໍ່​ໄດ້​ເສຍ​ເວ​ລາ​ການ​ປັບ​ທຽບ​
ຕົວແບບຂອງເຈົ້າ.

OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່.

-L ກໍານົດຄວາມຍາວທັງຫມົດຂອງລໍາດັບແບບສຸ່ມເພື່ອຄົ້ນຫາ megabases (Mb). ໂດຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, is 1.6 Mb. ເພີ່ມຂຶ້ນ ຈະເຮັດໃຫ້ຫາງ exponential ເຫມາະຫຼາຍ
ຊັດເຈນ ແລະ E-values ​​ຖືກຕ້ອງກວ່າ, ແຕ່ຈະໃຊ້ເວລາດົນກວ່າ (ເພີ່ມຂຶ້ນສອງເທົ່າ ປະມານ
ສອງເທົ່າທີ່ໃຊ້ເວລາແລ່ນ). ຫຼຸດລົງ ບໍ່​ໄດ້​ແນະ​ນໍາ​ເພາະ​ວ່າ​ມັນ​ຈະ​ເຮັດ​ໃຫ້​
ເໝາະກັບຄວາມຊັດເຈນໜ້ອຍລົງ ແລະຄ່າ E-ຖືກຕ້ອງໜ້ອຍລົງ.

OPTIONS FOR ການຄາດເດົາ ຕ້ອງການ ເວລາ ແລະ ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ

-- ຄາດ​ຄະ​ເນ​
ຄາດການເວລາແລ່ນຂອງ calibration ຂອງ cmfile (ມີທາງເລືອກທີ່ສະຫນອງໃຫ້) ເປີດ
ເຄື່ອງປະຈຸບັນແລະອອກ. ການ​ປັບ​ທຽບ​ແມ່ນ​ບໍ່​ໄດ້​ປະ​ຕິ​ບັດ​. ການຄາດຄະເນ
ຄວນພິຈາລະນາເປັນການຄາດຄະເນຫຍາບຄາຍ. ຖ້າ multithreading ຖືກເປີດໃຊ້ (ເບິ່ງ
ສ່ວນການຕິດຕັ້ງຂອງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້), ໄລຍະເວລາຈະຄໍານຶງເຖິງຈໍານວນ
ຂອງແກນທີ່ມີຢູ່.

-- ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​
ກັບ -- ຄາດ​ຄະ​ເນ​, ລະບຸວ່າ ໂປເຊດເຊີຈະຖືກໃຊ້ສໍາລັບການປັບຕົວ.
ນີ້ອາດຈະເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການຄາດເດົາເວລາແລ່ນຂອງ MPI ແລ່ນດ້ວຍ
ຜະລິດຕະພັນ.

-- memreq
ຄາດຄະເນຈໍານວນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທີ່ຕ້ອງການສໍາລັບການປັບທຽບ cmfile (ໂດຍ​ສະ​ຫນອງ​ໃຫ້​
ທາງເລືອກ) ໃນເຄື່ອງປະຈຸບັນແລະອອກ. ການ​ປັບ​ທຽບ​ແມ່ນ​ບໍ່​ໄດ້​ປະ​ຕິ​ບັດ​.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ EXPONENTIAL ຫາງ FITS

--gtailn
ພໍດີກັບຫາງ exponential ສໍາລັບ glocal Inside ແລະ glocal CYK ກັບ ຄະແນນສູງສຸດ
ໃນຫາງ histogram, ບ່ອນທີ່ is ເທົ່າຂອງຈໍານວນ Mb ຄົ້ນຫາ. ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ ແມ່ນ 250. ຄ່າ 250 ຖືກເລືອກເພາະວ່າມັນເຮັດວຽກໄດ້ດີ
ປຽບທຽບກັບຄຸນຄ່າອື່ນໆ.

-- ລາຍລະອຽດ
ເຫມາະຫາງ exponential ສໍາລັບພາຍໃນທ້ອງຖິ່ນແລະທ້ອງຖິ່ນ CYK ກັບ ຄະແນນສູງສຸດ
ໃນຫາງ histogram, ບ່ອນທີ່ is ເທົ່າຂອງຈໍານວນ Mb ຄົ້ນຫາ. ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ ແມ່ນ 750. ຄ່າ 750 ຖືກເລືອກເພາະວ່າມັນເຮັດວຽກໄດ້ດີ
ປຽບທຽບກັບຄຸນຄ່າອື່ນໆ.

--ຫາງ
ບໍ່ສົນໃຈ --gtailn ແລະ -- ລາຍລະອຽດ ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ນໍາ​ຫນ້າ​ແລະ​ເຫມາະ​ ສ່ວນຫາງຂອງ
histogram ກັບຫາງ exponential, ສໍາລັບທຸກຮູບແບບການຊອກຫາ.

ທາງເລືອກ OUTPUT ເອກະສານ

--hfile
ບັນທຶກ histograms ພໍດີກັບໄຟລ໌ . ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ນີ້ແມ່ນສອງຊ່ອງ
ຖັນ​ທີ່​ຈໍາ​ກັດ​ຕໍ່​ແຖວ​. ຖັນທຳອິດແມ່ນຄ່າແກນ x ຂອງຄະແນນບິດຂອງ
ແຕ່ລະຖັງ. ຖັນທີສອງແມ່ນຄ່າແກນ y ຂອງຈໍານວນ hits ຕໍ່ຖັງ. ແຕ່ລະ
ຊຸດແມ່ນ delimited ໂດຍແຖວທີ່ມີຕົວອັກສອນດຽວ "&". ໄຟລ໌ຈະມີ
ຊຸດຫນຶ່ງສໍາລັບແຕ່ລະຫາງ exponential ສີ່ເຫມາະໃນລໍາດັບຕໍ່ໄປນີ້:
CYK ທ້ອງຖິ່ນ, ພາຍໃນທ້ອງຖິ່ນ, CYK ທ້ອງຖິ່ນ, ແລະພາຍໃນທ້ອງຖິ່ນ.

--sfile
ບັນທຶກຂໍ້ມູນການຢູ່ລອດເພື່ອຍື່ນ . ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ນີ້ແມ່ນສອງຊ່ອງ
ຖັນ​ທີ່​ຈໍາ​ກັດ​ຕໍ່​ແຖວ​. ຖັນທຳອິດແມ່ນຄ່າແກນ x ຂອງຄະແນນບິດຂອງ
ແຕ່ລະຖັງ. ຖັນທີສອງແມ່ນຄ່າແກນ y ຂອງສ່ວນໜຶ່ງຂອງ hits ທີ່ພົບ ຫຼື
ເກີນຄະແນນສໍາລັບແຕ່ລະຖັງ. ແຕ່ລະຊຸດແມ່ນ delimited ໂດຍເສັ້ນທີ່ມີອັນດຽວ
ຕົວອັກສອນ "&". ໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວຈະມີສາມຊຸດຂໍ້ມູນສໍາລັບແຕ່ລະສີ່ CM
ຮູບແບບການຄົ້ນຫາຕາມລໍາດັບຕໍ່ໄປນີ້: glocal CYK, glocal Inside, local CYK, ແລະ
ພາຍ​ໃນ​ທ້ອງ​ຖິ່ນ​. ຊຸດທໍາອິດແມ່ນດິນຕອນການຢູ່ລອດ empirical ຈາກ histogram
ຂອງ hits ກັບລໍາດັບ Random. ຊຸດທີສອງແມ່ນຫາງ exponential ເຫມາະກັບ
ການ​ແຜ່​ກະ​ຈາຍ​ປະ​ຈັກ​ພະ​ຍານ​. ຊຸດທີສາມແມ່ນຫາງ exponential ເຫມາະຖ້າຫາກວ່າ lambda
ໄດ້ຖືກແກ້ໄຂແລະກໍານົດເປັນໄມ້ທ່ອນທໍາມະຊາດຂອງ 2 (0.691314718).

--qqfile
ບັນທຶກຂໍ້ມູນແຜນທີ່ quantile-quantile ເພື່ອຍື່ນ . ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ນີ້ແມ່ນ
ສອງຖັນທີ່ຂັ້ນດ້ວຍຊ່ອງຫວ່າງຕໍ່ແຖວ. ຖັນທຳອິດແມ່ນຄ່າຂອງແກນ x, ແລະ
ຖັນທີສອງແມ່ນຄ່າຂອງແກນ y. ໄລຍະຫ່າງຂອງຈຸດຈາກ
ເສັ້ນຕົວຕົນ (y=x) ເປັນການວັດແທກວ່າ ຫາງ exponential ພໍດີເທົ່າໃດ, the
ຈຸດທີ່ໃກ້ຊິດແມ່ນໄປຫາເສັ້ນຕົວຕົນ, ເຫມາະທີ່ດີກວ່າ. ແຕ່ລະຊຸດແມ່ນ
delimited ໂດຍແຖວທີ່ມີຕົວອັກສອນດຽວ "&". ໄຟລ໌ຈະມີຊຸດຫນຶ່ງ
ຂອງຂໍ້ມູນ empirical ສໍາລັບແຕ່ລະສີ່ຫາງ exponential ເຫມາະໃນດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້
ຄໍາສັ່ງ: glocal CYK, glocal Inside, ທ້ອງຖິ່ນ CYK ແລະພາຍໃນທ້ອງຖິ່ນ.

--ffile
ບັນທຶກສະຖິຕິທີ່ຂັ້ນດ້ວຍພື້ນທີ່ຂອງຫາງ exponential ທີ່ແຕກຕ່າງກັນເຫມາະກັບໄຟລ໌ .
ໄຟລ໌ຈະມີຄ່າ lambda ແລະ mu ສໍາລັບຫາງ exponential ເຫມາະກັບ
ຫາງ histogram ຂອງຂະຫນາດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ຊ່ອງຂໍ້ມູນໃນໄຟລ໌ຖືກຕິດສະຫຼາກ
ຂໍ້ມູນ.

--xfile
ບັນທຶກລາຍຊື່ຄະແນນໃນແຕ່ລະຫາງ histogram ທີ່ພໍດີເພື່ອຍື່ນ . ແຕ່ລະສາຍຂອງ
ໄຟລ​໌​ນີ້​ຈະ​ມີ​ຄະ​ແນນ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ວ່າ​ຫນຶ່ງ​ຕີ​ທີ່​ມີ​ຢູ່​ໃນ​ຫາງ​ກັບ​
ຄະແນນນັ້ນ. ແຕ່ລະຊຸດແມ່ນ delimited ໂດຍແຖວທີ່ມີຕົວອັກສອນດຽວ "&". ໄດ້
ໄຟລ໌ຈະມີຊຸດຫນຶ່ງສໍາລັບແຕ່ລະສີ່ຫາງ exponential ເຫມາະໃນ
ຄໍາສັ່ງຕໍ່ໄປນີ້: CYK ທ້ອງຖິ່ນ, ພາຍໃນທ້ອງຖິ່ນ, CYK ທ້ອງຖິ່ນ, ແລະພາຍໃນທ້ອງຖິ່ນ.

ອື່ນໆ OPTIONS

-- ແກ່ນ
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ Random ກັບ , ຈຳນວນເຕັມ >= 0. ຖ້າ ບໍ່ແມ່ນສູນ,
simulations stochastic ຈະໄດ້ຮັບການແຜ່ພັນ; ຄໍາສັ່ງດຽວກັນຈະໃຫ້ຄືກັນ
ຜົນໄດ້ຮັບ. ຖ້າ ແມ່ນ 0, ເຄື່ອງກໍາເນີດເລກສຸ່ມແມ່ນ seeded arbitrarily, ແລະ
ການຈໍາລອງ stochastic ຈະແຕກຕ່າງກັນຈາກການແລ່ນໄປຫາຄໍາສັ່ງດຽວກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແກ່ນແມ່ນ 181.

--ເບຕ້າ
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ query-dependent banding (QDB) ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເລັ່ງການຄົ້ນຫາ CM
ສູດການຄິດໄລ່ທີ່ມີຄວາມເປັນໄປໄດ້ການສູນເສຍຫາງເບຕ້າຂອງ 1E-15. ຄ່າເບຕ້ານີ້ສາມາດເປັນ
ປ່ຽນເປັນ ກັບ --ເບຕ້າ . ຕົວກໍານົດການເບຕ້າແມ່ນຈໍານວນຄວາມເປັນໄປໄດ້
ມະຫາຊົນທີ່ຖືກຍົກເວັ້ນໃນລະຫວ່າງການຄິດໄລ່ແຖບ, ມູນຄ່າທີ່ສູງຂຶ້ນຂອງເບຕ້າເຮັດໃຫ້ຄວາມໄວທີ່ສູງຂຶ້ນ
ແຕ່ເສຍສະລະຄວາມຖືກຕ້ອງຫຼາຍກ່ວາມູນຄ່າຕ່ໍາ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທີ່ໃຊ້ແມ່ນ 1E-15.
(ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບ QDB ເບິ່ງ Nawrocki ແລະ Eddy, PLoS Computational Biology
3(3): e56.)

-- nonbanded
ປິດ QDB ໃນລະຫວ່າງການປັບຄ່າ E-value. ນີ້ຈະຊ້າລົງການປັບທຽບ.

--nonull3
ປິດຕົວແບບ null3 post hoc ເພີ່ມເຕີມ. ອັນ​ນີ້​ບໍ່​ໄດ້​ແນະ​ນໍາ​ເວັ້ນ​ເສຍ​ແຕ່
ທ່ານວາງແຜນທີ່ຈະນໍາໃຊ້ທາງເລືອກດຽວກັນກັບ cmsearch ແລະ / ຫຼື cmscan.

--ສຸ່ມ
ໃຊ້ຮູບແບບພື້ນຫຼັງ null ຂອງ CM ເພື່ອສ້າງລໍາດັບແບບສຸ່ມແທນ
ຂອງ HMM ທີ່ແທ້ຈິງຫຼາຍ. ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າ CM ໄດ້ຖືກສ້າງຂຶ້ນໂດຍໃຊ້ -- null ທາງເລືອກທີ່ຈະ
cmbuild, ຮູບແບບ null ພື້ນຫຼັງຈະເປັນ 25% ແຕ່ລະ A, C, G ແລະ U.

--gc
ສ້າງລໍາດັບແບບສຸ່ມໂດຍໃຊ້ການແຈກຢາຍ nucleotide ຈາກລໍາດັບ
ເອກະສານ .

--cpu
ລະບຸວ່າ ພະນັກງານ CPU ຂະຫນານຖືກນໍາໃຊ້. ຖ້າ ຖືກກໍານົດເປັນ "0", ຫຼັງຈາກນັ້ນ
ໂຄງ​ການ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ໃນ​ຮູບ​ແບບ serial​, ໂດຍ​ບໍ່​ມີ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ກະ​ທູ້​. ນອກນັ້ນທ່ານຍັງສາມາດຄວບຄຸມ
ຕົວເລກນີ້ໂດຍການຕັ້ງຄ່າຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ, INFERNAL_NCPU. ທາງເລືອກນີ້ຈະ
ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າເຄື່ອງທີ່ Infernal ຖືກສ້າງຂຶ້ນແມ່ນສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້
POSIX threading (ເບິ່ງພາກການຕິດຕັ້ງຂອງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບການເພີ່ມເຕີມ
ຂໍ້ມູນ).

--mpi ດໍາເນີນການເປັນໂຄງການຂະຫນານ MPI. ທາງເລືອກນີ້ຈະມີໃຫ້ພຽງແຕ່ຖ້າ Infernal ມີ
ໄດ້ຖືກຕັ້ງຄ່າແລະສ້າງດ້ວຍທຸງ "--enable-mpi" (ເບິ່ງການຕິດຕັ້ງ
ພາກສ່ວນຂອງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ).

ໃຊ້ cmcalibrate ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net