ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ dane ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ຢູ່ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
dan - ຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມການລະລາຍຂອງອາຊິດນິວຄລີອິກ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ແລະ - ລໍາດັບ seqall - ປ່ອງຢ້ຽມ integer - ການຂະຫຍາຍຕົວ integer -dnaconc float
- ເກືອ float [- ຜະລິດຕະພັນ toggle] -formamide float - ບໍ່ກົງກັນ float -prodlen integer
[- ອຸນຫະພູມ toggle] - ອຸນຫະພູມ float -rna ປຸ້ຍ - ດິນຕອນ toggle - mintemp float
-ວັກ xygraph -outfile ບົດລາຍງານ
ແລະ -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
ແລະ ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS (“ຊອບແວເປີດທາງຊີວະສາດໂມເລກຸນຂອງເອີຣົບ
ຊຸດ”). ມັນແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງ "Nucleic: Properties, Nucleic: Composition" ກຸ່ມຄໍາສັ່ງ.
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ seqall
ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
- ປ່ອງຢ້ຽມ integer
ຄຸນຄ່າຂອງຈຸດລະລາຍແລະຄຸນສົມບັດ thermodynamic ອື່ນໆຂອງລໍາດັບແມ່ນ
ການກໍານົດໂດຍການເອົາຄວາມຍາວສັ້ນຂອງລໍາດັບທີ່ຮູ້ຈັກເປັນປ່ອງຢ້ຽມແລະການກໍານົດໄດ້
ຄຸນສົມບັດຂອງລໍາດັບຢູ່ໃນປ່ອງຢ້ຽມນັ້ນ. ປ່ອງຢ້ຽມແມ່ນໄດ້ຮັບການຍ້າຍ incrementally ຕາມ
ລໍາດັບທີ່ມີຄຸນສົມບັດຖືກຄິດໄລ່ໃນແຕ່ລະຕໍາແຫນ່ງໃຫມ່. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 20
- ການຂະຫຍາຍຕົວ integer
ນີ້ແມ່ນຈໍານວນທີ່ປ່ອງຢ້ຽມທີ່ໄດ້ຖືກຍ້າຍໃນແຕ່ລະ increment ໃນຄໍາສັ່ງເພື່ອຊອກຫາໄດ້
ຈຸດ melting ແລະຄຸນສົມບັດອື່ນໆຕາມລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1
-dnaconc float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.
- ເກືອ float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.
ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
ຜະລິດຕະພັນ ທາງເລືອກໃນການ
- ຜະລິດຕະພັນ toggle
ອັນນີ້ກະຕຸ້ນໃຫ້ Formamide ເປີເຊັນ, ເປີເຊັນຂອງຄວາມບໍ່ກົງກັນທີ່ອະນຸຍາດ ແລະຄວາມຍາວຂອງຜະລິດຕະພັນ.
-formamide float
ນີ້ກໍານົດອັດຕາສ່ວນຮ້ອຍລະ foramide ທີ່ຈະນໍາໃຊ້ໃນການຄິດໄລ່ (ມັນຖືກລະເລີຍເວັ້ນເສຍແຕ່
- ຜະລິດຕະພັນໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.
- ບໍ່ກົງກັນ float
ນີ້ລະບຸອັດຕາສ່ວນບໍ່ກົງກັນທີ່ຈະໃຊ້ໃນການຄິດໄລ່ (ມັນຖືກລະເລີຍເວັ້ນເສຍແຕ່
- ຜະລິດຕະພັນໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.
-prodlen integer
ນີ້ລະບຸຄວາມຍາວຂອງຜະລິດຕະພັນທີ່ຈະໃຊ້ໃນການຄິດໄລ່ (ມັນຖືກລະເລີຍເວັ້ນເສຍແຕ່
- ຜະລິດຕະພັນໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: $(windowsize)
ອຸນຫະພູມ ທາງເລືອກໃນການ
- ອຸນຫະພູມ toggle
ສົ່ງຄ່າ DeltaG, DeltaH ແລະ DeltaS ຂອງປ່ອງຢ້ຽມລໍາດັບໄປຫາຂໍ້ມູນຜົນຜະລິດ
ຍື່ນ.
- ອຸນຫະພູມ float
ຖ້າ -thermo ໄດ້ຖືກລະບຸໄວ້, ນີ້ກໍານົດອຸນຫະພູມທີ່ຈະ
ຄິດໄລ່ຄ່າ DeltaG, DeltaH ແລະ DeltaS. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 25.
ແບບພິເສດ ສ່ວນ
-rna ປຸ້ຍ
ນີ້ລະບຸວ່າລໍາດັບແມ່ນລໍາດັບ RNA ແລະບໍ່ແມ່ນລໍາດັບ DNA.
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
- ດິນຕອນ toggle
ຖ້າຫາກວ່ານີ້ບໍ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ຫຼັງຈາກນັ້ນໄຟລ໌ຂອງຂໍ້ມູນຜົນຜະລິດແມ່ນຜະລິດ, ອື່ນເປັນດິນຕອນຂອງ
ຈຸດ melting ຕາມລໍາດັບແມ່ນຜະລິດ.
- mintemp float
ໃສ່ຄ່າຕໍ່າສຸດສຳລັບຂະໜາດອຸນຫະພູມ (ແກນ y) ຂອງແຜນຜັງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
55.
-ວັກ xygraph
-outfile ບົດລາຍງານ
ຖ້າດິນຕອນບໍ່ຖືກຜະລິດ, ຂໍ້ມູນຈຸດລະລາຍແລະອື່ນໆໃນແຕ່ລະປ່ອງຢ້ຽມ
ຕາມລໍາດັບແມ່ນຜົນຜະລິດໄປຫາໄຟລ໌.
ໃຊ້ dane ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
