gdcmimg - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gdcmimg - ຈັດການໄຟລ໌ຮູບພາບ DICOM.

gdcmimg ເປັນ​ເຄື່ອງ​ມື​ໃນ​ລະ​ດັບ​ຕ​່​ໍ​າ​ເພື່ອ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້ de-/encapsulation ຈາກ/to ຮູບ​ພາບ DICOM​. ເຄື່ອງມືນີ້ເຮັດ
ບໍ່ເຂົ້າໃຈ Transfer Syntax conversion. ມັນຈະຫຸ້ມຫໍ່ຂໍ້ມູນດິບຕາມທີ່ເປັນຢູ່. ນີ້
ມີຜົນກະທົບບາງຢ່າງໃນບາງກໍລະນີ, ເບິ່ງຄໍາເຕືອນພິເສດຂ້າງລຸ່ມນີ້.

ມັນເປັນສິ່ງສໍາຄັນທີ່ຈະສັງເກດວ່າ gdcmimg ພຽງແຕ່ສາມາດ encapsulate ໄຟລ໌ input ທີ່ເຫມາະສົມ, ສໍາລັບການຍົກຕົວຢ່າງ
JPG ແລະ ຫຼື JP2 ໄດ້ຮັບການຍອມຮັບນັບຕັ້ງແຕ່ສາມາດພົບເຫັນ Syntax ການໂອນ DICOM ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ.
ແນວໃດກໍ່ຕາມການປ້ອນຂໍ້ມູນເຊັ່ນ TIFF ແລະ/ຫຼື PNG ບໍ່ແມ່ນ, ເພາະວ່າ DICOM ບໍ່ຮອງຮັບສິ່ງເຫຼົ່ານັ້ນ. ເບິ່ງ
ແທນທີ່ຈະເປັນເຄື່ອງມືເຊັ່ນ gdcm2vtk.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gdcmimg [ຕົວເລືອກ] file-in file-out

ລາຍລະອຽດ

ໄດ້ gdcmimg ເຄື່ອງ​ມື​ບັນ​ຊີ​ຄໍາ​ສັ່ງ​ສາ​ມາດ​ນໍາ​ໃຊ້​ໃນ​ສອງ​ແບບ​:

· 1. ແປງ​ຮູບ​ແບບ​ໄຟລ​໌​ທີ່​ຮັບ​ຮູ້​ເຂົ້າ​ໄປ​ໃນ​ຄູ່​ຮ່ວມ​ງານ DICOM encapsulated ຂອງ​ຕົນ​,

· 2. Anonymizing ສ່ວນສີ່ຫລ່ຽມຂອງໄຟລ໌ DICOM.

PARAMETERS

file-input ຊື່ໄຟລ໌ (ບໍ່ແມ່ນ DICOM)

file-out DICOM ຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ

OPTIONS

-i --input ການປ້ອນຂໍ້ມູນຊື່ໄຟລ໌
-o --output ຊື່ໄຟລ໌ Output

ສະເພາະ OPTIONS

--endian %s Endianness (LSB/MSB).
-d --depth %d ຄວາມເລິກ (ທັງ 8/16/32 ຫຼື BitsAllocated ເຊັ່ນ: 12 ເມື່ອຮູ້).
--sign %s ເຊັນ Pixel (0/1).
--spp %d ຕົວຢ່າງຕໍ່ Pixel (1/3).
-s --size %d,%d ຂະໜາດ.
-C --sop-class-uid SOP Class UID (ຊື່ ຫຼືຄ່າ).
-T --study-uid ການສຶກສາ UID.
-S --series-uid Series UID.
--root-uid ຮາກ UID.

ຕື່ມຂໍ້ມູນ OPTIONS

-R --region %d,%d ພາກພື້ນ.
-F --fill %d ຕື່ມດ້ວຍຄ່າ pixels ລວງທີ່ລະບຸໄວ້.

ທົ່ວໄປ OPTIONS

-h --help
ພິມຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ

-v --ເວີຊັ່ນ
ພິມຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ

-V --verbose
ຮູບແບບ verbose (ເຕືອນ+ຄວາມຜິດພາດ).

-W --ເຕືອນ
ຮູບ​ແບບ​ການ​ເຕືອນ​ໄພ​, ພິມ​ຂໍ້​ມູນ​ການ​ເຕືອນ​ໄພ​

-E - ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​
ຮູບແບບຄວາມຜິດພາດ, ຂໍ້ມູນຄວາມຜິດພາດການພິມ

-D --debug
ໂໝດດີບັກ, ພິມຂໍ້ມູນດີບັກ

ENVIRONMENT ຄວາມເປັນໄປໄດ້

GDCM_ROOT_UID Root UID

ສະ ໜັບ ສະ ໜູນ ເອກະສານ ຮູບແບບ (ເໝາະສົມ ເອກະສານ ສ່ວນຂະຫຍາຍ)

gdcmimg ຈະອີງໃສ່ຂະບວນການປ່ຽນໃຈເຫລື້ອມໃສຂອງມັນໂດຍອີງໃສ່ການຂະຫຍາຍໄຟລ໌. ປະຕິບັດຕາມບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ
ການຂະຫຍາຍໄຟລ໌ທີ່ຮັບຮູ້. ເມື່ອບໍ່ພົບສ່ວນຂະຫຍາຍ, ໄຟລ໌ DICOM ແມ່ນສົມມຸດ.

ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ

* RAW (ດິບ, ຫຍໍ້, ສີເທົາ, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()

ຮູບແບບຜົນຜະລິດ:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()

ສໍາລັບຮູບແບບໄຟລ໌ RAW, ທ່ານຄວນເອົາໃຈໃສ່ເປັນພິເສດຂອງທາງເລືອກ –endian. ສໍາລັບ (ເກົ່າ)
ຮູບ​ແບບ​ໄຟລ​໌ JPEG​, ທັງ​ສອງ​ຮູບ​ແບບ lossy ແລະ lossless ສະ​ຫນັບ​ສະ​ຫນູນ​, ຜູ້​ໃຊ້​ຄວນ​ຈະ​ຈ່າຍ​ເງິນ​
ເອົາໃຈໃສ່ທາງເລືອກ -sign. ສໍາລັບຮູບແບບໄຟລ໌ເຊັ່ນ RLE ຫຼື RAW, ຜູ້ໃຊ້ຄາດວ່າຈະ
ຕື່ມຂໍ້ມູນທີ່ຈໍາເປັນເພື່ອຊອກຫາຂະຫນາດແລະປະເພດຂອງຂໍ້ມູນການປ້ອນຂໍ້ມູນຍ້ອນວ່າບໍ່ມີ
ວິທີການອື່ນເພື່ອຊອກຫາຂໍ້ມູນນີ້. ສໍາລັບຮູບແບບໄຟລ໌ອື່ນໆທັງຫມົດ, ຄຸນສົມບັດແມ່ນມາຈາກ
ຈາກຮູບແບບໄຟລ໌ຕົວມັນເອງ.

ໄຟລ໌ PNM ຄວນຈະເປັນ endian ໃຫຍ່ (ທີ່ສໍາຄັນສໍາລັບຄວາມເລິກ> 8)

ປະເພດ ການນໍາໃຊ້

ເອົາ a ສີ່ຫລ່ຽມ ສ່ວນ of ໄດ້ ຮູບພາບເລັກນ້ອຍ
ເພື່ອຕື່ມພື້ນທີ່ [0,100]x[0,100] ຂອງຮູບພາບ DICOM ພຽງແຕ່ເຮັດ:

$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

ຄໍາເຕືອນ: ຖ້າຂໍ້ມູນ Pixel ຖືກບີບອັດ, ຮູບພາບຈະຖືກບີບອັດກ່ອນເພື່ອວ່າ pixels ລວງ
ສາມາດຕັ້ງເປັນ 0, ແຕ່ມັນບໍ່ໄດ້ຖືກບີບອັດຄືນໃໝ່.

ປ່ຽນແປງ RAW to DICOM
ສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ຖືກຮັບຮູ້ແມ່ນ .raw, .rawl, .grey ຫຼື .rgb (ຕົວພິມນ້ອຍໃຫຍ່ບໍ່ອ່ອນໄຫວ)

$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

ຮູບ​ພາບ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​ການ​ຈັບ​ຮອງ​.

ເມື່ອ​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ແມ່ນ 3 ອົງ​ປະ​ກອບ​, ຫນຶ່ງ​ຈໍາ​ເປັນ​ຕ້ອງ​ລະ​ບຸ​ຢ່າງ​ຊັດ​ເຈນ​ຂອງ​ຕົວ​ຢ່າງ​ຕໍ່ Pixel​:

$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

ເມື່ອຊື່ໄຟລ໌ມີ .rgb ເປັນຜົນຜະລິດການຂະຫຍາຍໄຟລ໌ຈະຖືກຮັບຮູ້ໂດຍອັດຕະໂນມັດເປັນ
RGB ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງລະບຸ -spp

$ gdcmimg --size 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

ທ່ານສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້ dd ແຖວ cmd ເພື່ອຂ້າມສ່ວນຫົວໃດນຶ່ງທີ່ເຈົ້າຕ້ອງການຖິ້ມ, ຕົວຢ່າງ, ຖ້າ
ທ່ານຕ້ອງການຂ້າມ 108 bytes ທໍາອິດ, ພຽງແຕ່ເຮັດ:

$ dd ຂ້າມ=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw

ສ່ວນຂະຫຍາຍ .raw ແລະ .rawl ແມ່ນທຽບເທົ່າ. ທ່ານ ຈຳ ເປັນຕ້ອງ ກຳ ນົດຄວາມສິ້ນສຸດຢ່າງຈະແຈ້ງ
ດ້ວຍຕົນເອງ:

$ gdcmimg --endian MSB --size 512,512 --depth 16 --i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 --depth 16 --i input.raw -o output.dcm

ປ່ຽນແປງ PGM/PNM/PPM to DICOM
ສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ຮັບຮູ້ແມ່ນ .pgm, .pnm, .ppm (ຕົວພິມນ້ອຍໃຫຍ່ບໍ່ອ່ອນໄຫວ)

$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm

ຮູບ​ພາບ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​ການ​ຈັບ​ຮອງ​

ປ່ຽນແປງ RLE to DICOM
ສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ຮັບຮູ້ແມ່ນ .rle (ຕົວພິມນ້ອຍໃຫຍ່ບໍ່ອ່ອນໄຫວ)

$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm

ຮູບ​ພາບ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​ການ​ຈັບ​ຮອງ​

ປ່ຽນແປງ JPEG to DICOM
ສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ຮັບຮູ້ແມ່ນ .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (ຕົວພິມນ້ອຍໃຫຍ່ບໍ່ລະອຽດອ່ອນ)

$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm

ຮູບ​ພາບ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​ການ​ຈັບ​ຮອງ​

ປ່ຽນແປງ J2K to DICOM
ສ່ວນຂະຫຍາຍທີ່ຮັບຮູ້ແມ່ນ .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (ຕົວພິມນ້ອຍໃຫຍ່ບໍ່ອ່ອນໄຫວ)

$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm

ຮູບ​ພາບ​ທີ່​ຈະ​ເປັນ​ການ​ຈັບ​ຮອງ​.

ຂໍ້ມູນ Pixel ທັງໝົດ (Bits Stored/Allocated...) ຈະມາຈາກຮູບຂອງມັນເອງ,
ແລະບໍ່ແມ່ນຈາກຕົວເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງ.

ການລະບຸ a SOP ລະດັບ UID
ແທນທີ່ຈະເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງການເກັບຮັກສາຮູບພາບຮອງຮອງ, ຫນຶ່ງອາດຈະຕ້ອງການທີ່ຈະລະບຸ, ເວົ້າວ່າ VL
ການເກັບຮັກສາຮູບພາບການຖ່າຍຮູບ.

$gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm

ຫຼາຍຢ່າງ ເອກະສານ

gdcmimg ຈັດການຊຸດໄຟລ໌ທີ່ດີ (ຕົວຢ່າງ jpeg):

$gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm .

ມັນເປັນສິ່ງສໍາຄັນທີ່ຈະລະບຸ SOP Class ທີ່ສະຫນັບສະຫນູນຮູບພາບຫຼາຍເຟຣມຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ
gdcmimg ຈະລົ້ມເຫລວ.

START OFFSET

ໃນບາງກໍລະນີ, ຄົນເຮົາອາດຈະຕ້ອງການສ້າງ 2D ຈາກປະລິມານທີ່ມັກ (ຕົວຢ່າງ: 3D). ໃນ
ກໍລະນີໃດ -offset ກາຍເປັນປະໂຫຍດ:

$ gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

ຄໍາເຕືອນ

ມີສອງບັນຫາກັບການປະຕິບັດ gdcmimg:

ສໍາລັບໄຟລ໌ RAW, ຫນຶ່ງຄວນເອົາໃຈໃສ່ວ່າໃນເວລາທີ່ການນໍາໃຊ້ -endian MSB ຂໍ້ມູນ Pixel ຈະເປັນ
encapsulated ດັ່ງ​ທີ່​ເປັນ (ບໍ່​ໄດ້​ສໍາ​ພັດ​ໂດຍ gdcmimg​)​. ດັ່ງນັ້ນ syntax ການໂອນທີ່ເປັນໄປໄດ້ພຽງແຕ່
ມີໃຫ້ແມ່ນ Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM ຈັດການສ່ວນຕົວນີ້
ໂອນ Syntax. ດັ່ງນັ້ນຖ້າທ່ານຕ້ອງການປ່ຽນ Syntax Transfer ນີ້ໄປຫາອັນອື່ນ (ແລະອະນຸຍາດໃຫ້
ການຈັດການຂໍ້ມູນ Pixel), ທ່ານສາມາດນໍາໃຊ້:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

ສໍາລັບໄຟລ໌ JFIF ແລະໄຟລ໌ JP2 (ມີ header) header ໄດ້ຖືກຄັດລອກເຂົ້າໄປໃນອົງປະກອບ Pixel Data
ເຊິ່ງຜິດກົດໝາຍສຳລັບ JP2. ໃຊ້ gdcmconv ເພື່ອເຂົ້າລະຫັດໄຟລ໌ JP2/JFIF ຄືນໃໝ່ໃຫ້ເປັນ J2K/JPG ຢ່າງຖືກຕ້ອງ.

$gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm

ສໍາລັບໄຟລ໌ RLE, ບໍ່ມີການກວດສອບໃດໆທີ່ເຮັດສໍາລັບການຂ້າມຊາຍແດນແຖວ. ມັນແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້
gdcmconv –rle ເພື່ອເຂົ້າລະຫັດຄືນໃໝ່ເຂົ້າໄປໃນໄຟລ໌ RLE ທີ່ຖືກຕ້ອງໃນກໍລະນີທີ່ສົງໃສ.

ແນ່ນອນຖ້າການບີບອັດບໍ່ຖືກກັບການຕິດຕັ້ງຂອງເຈົ້າ, ເຈົ້າສາມາດ de-encapsulated ໄດ້ຕະຫຼອດເວລາ
ໄຟລ໌ DICOM (ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວ JPEG) ເປັນຮູບແບບທີ່ບໍ່ມີການຫຸ້ມຫໍ່, ໂດຍໃຊ້ gdcmconv:

$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm

ໃຊ້ gdcmimg ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net