เบเบตเปเปเบกเปเบเบเปเบฒเบชเบฑเปเบ gt-cds เบเบตเปเบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเปเบเปเปเบ OnWorks เบเบนเปเปเบซเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบเปเบฎเบเบเบดเปเบเบเบฃเบตเปเบเบเปเบเปเบซเบเบถเปเบเปเบเบซเบผเบฒเบเบเปเบญเบเปเบฎเบฑเบเบงเบฝเบเบญเบญเบเปเบฅเบเปเบเบญเบเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒเปเบเบฑเปเบ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator เบซเบผเบท MAC OS online emulator
เปเบเบเบเบฒเบ:
NAME
gt-cds - เปเบเบตเปเบกเบเบธเบเบชเบปเบกเบเบฑเบ CDS (เบฅเบณเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบปเปเบฒเบฅเบฐเบซเบฑเบ) เปเบซเปเบเบฑเบเบเบธเบเบชเบปเบกเบเบฑเบ exon เบเบตเปเปเบซเปเปเบงเปเปเบเปเบเบฅเป GFF3.
เบชเบฐเบซเบผเบธเบเบชเบฑเบเบฅเบงเบก
gt cds [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ ...] [GFF3_file]
เบฅเบฒเบเบฅเบฐเบญเบฝเบ
- minorflen [เบกเบนเบเบเปเบฒ]
เบเปเบฒเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบตเปเบเบญเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเปเบเบตเบ (ORF) เบเปเบญเบเปเบเปเบฎเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบตเปเบกเปเบเบฑเบ CDS
เบเบธเบเบชเบปเบกเบเบฑเบ (เบงเบฑเบเปเบเบเปเบเบญเบฒเบเบดเบ amino) (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: 64)
-startcodon [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
เบเปเบญเบเบเบฒเบเบซเบผเบฒเบเบเปเบงเบฒ ORF เบเบฐเบเปเบญเบเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเบเปเบงเบ codon เปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
-finalstopcodon [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
เบฎเบฝเบเบฎเปเบญเบเปเบซเป ORF เบชเบธเบเบเปเบฒเบเบเปเบญเบเบชเบดเปเบเบชเบธเบเบเปเบงเบ stop codon (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
-seqfile [เบเบทเปโเปเบญโเบเบฐโเบชเบฒเบ]
เบเปเบฒเบเบปเบเปเบเบฅเปเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบเบฐเปเบญเบปเบฒเบฅเปเบฒเบเบฑเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเปเปเบเปเบเปเบฒเบเบปเบ)
- encseq [เบเบทเปโเปเบญโเบเบฐโเบชเบฒเบ]
เบเบฑเปเบเบเบทเปเบเบฑเบเบชเบฐเบเบตเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเปเบเบปเปเบฒเบฅเบฐเบซเบฑเบเปเบงเปเปเบเบทเปเบญเปเบญเบปเบฒเบฅเปเบฒเบเบฑเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ:
เบเปเปเปเบเปเบเปเบฒเบเบปเบ)
-seqfiles
เบเปเบฒเบเบปเบเปเบเบฅเปเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบเบฐเบชเบฐเบเบฑเบเบเบธเบเบชเบปเบกเบเบฑเบเบเบฒเบเบเปเบฒเปเบเป -- เปเบเบทเปเบญเบขเบธเบเบเบฑเบเบเบตเบฅเบฒเบเบเบทเป
เบเบญเบโเปเบเบฅโเปโเบฅเปเบฒโเบเบฑเบโ
-matchdesc [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
เบเบปเปเบเบซเบฒเบเปเบฒเบญเบฐเบเบดเบเบฒเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบ ID เบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบเปเบญเบเบเบฒเบ (เปเบ
GFF3), เบฅเบฒเบเบเบฒเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบเบฑเบเบเบฑเปเบเบเปเบฒเบญเบดเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
-matchdescstart [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
เบเบปเบเบเบฑเบเบเปเบฒเบญเบฐเบเบดเบเบฒเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบเปเบญเบเบเบฒเบ
IDs (เปเบ GFF3) เบเบฒเบเบเบธเบเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเปเบเบซเบฒเบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบเบเปเบฒเบญเบดเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
-usedesc [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
เปเบเปเบเปเบฒเบญเบฐเบเบดเบเบฒเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเปเบเบทเปเบญเปเบฎเบฑเบเปเบเบเบเบตเป ID เบฅเปเบฒเบเบฑเบ (เปเบ GFF3) เบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบปเบงเบเบดเบ
เบฅเบฒเบเบเบฒเบ. เบเปเบฒเบเปเบฒเบญเบฐเบเบดเบเบฒเบเบกเบตเบเปเบงเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ (เปเบเบฑเปเบ: III:1000001..2000000),
เบชเปเบงเบเบเปเบฒเบญเบดเบเปเบกเปเบเปเบเปเปเบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ ID (III) เปเบฅเบฐเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเปเบฅเบเบฐเบเปเบฒเบญเบดเบเปเบเบฑเบเบเบปเบเปเบเบตเบ
(1000001) (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
- เบเบฒเบโเบชเปเบฒเบโเปเบเบโเบเบตเปโเบเบฒเบโเบเบทเปเบโ [string]
เบเบฑเปเบเบเปเบฒเปเบเบฅเปเบเบตเปเบกเบตเบฅเบณเบเบฑเบ-เบเบฒเบเบเบทเปเบเปเบเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเบเปเบเบเบเบตเปเปเบเบฅเปเบฅเปเบฒเบเบฑเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเปเปเบเปเบเบณเบเบปเบ)
-v [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
be verbose (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
-o [เบเบทเปโเปเบญโเบเบฐโเบชเบฒเบ]
เบเปเบฝเบเปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบซเบฒเปเบเบฅเปเบเบตเปเบฅเบฐเบเบธ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเปเปเบเปเบเปเบฒเบเบปเบ)
-gzip [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
เบเบฝเบ gzip เปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบตเปเบเบทเบเบเบตเบเบญเบฑเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
-bzip2 [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
เบเบฝเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบตเปเบเบทเบเบเบตเบเบญเบฑเบ bzip2 (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
- เบเบปเบเบเบฑเบเบเบฑเบเปเบเป [เปเบกเปเบ|เบเปเป]
เบเบฑเบเบเบฑเบเปเบซเปเบเบฝเบเปเบเบฑเบเปเบเบฅเปเบญเบญเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ: เบเปเป)
-เบเปเบงเบ
เบชเบฐเปเบเบเบเบฒเบเบเปเบงเบเปเบซเบผเบทเบญเปเบฅเบฐเบญเบญเบ
-เบเบฒเบเบเปเบฝเบเปเบเบ
เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบชเบฐเบเบฑเบเปเบฅเบฐเบญเบญเบ
เบฎเบนเบเปเบเบเปเบเบฅเปเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ - เบเบฒเบโเบชเปเบฒเบโเปเบเบโเบเบตเปโเบเบฒเบโเบเบทเปเบโ:
เปเบเบฅเปเบเบตเปเบชเบฐเบซเบเบญเบเปเบซเปเบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ -regionmapping เบเปเบฒเบเบปเบ "เปเบเบเบเบตเป". เปเบเบเบเบตเปเบชเปเบฒเบเปเบเบเบเบตเป
เบฅเบฒเบเบเบฒเบเบเบฒเบกเบฅเบณเบเบฑเบเบเบฒเบเบเบทเปเบเบเบตเปเปเบซเปเบขเบนเปเปเบ GFF3_file เปเบเบซเบฒเปเบเบฅเปเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบเบฐเบเบญเบเบเปเบงเบ
เบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบชเบญเบเบเปเบญเบเบเบฑเบ. เปเบเบเบเบตเปเบชเบฒเบกเบฒเบเบเบทเบเบเปเบฒเบเบปเบเบขเบนเปเปเบเบซเบเบถเปเบเปเบเบชเบญเบเบฎเบนเบเปเบเบเบเปเปเปเบเบเบตเป:
เปเบเบเบเบตเป = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
เปเบเบเบเบตเปเบเบฑเบเบเบฑเบ(sequence_region)
เบเบฑเบเบเบทเบ "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
เปเบเบเบญเบเบเปเบฒเบ
เปเบเบเบเบญเบกเบเปเบฒเบญเบดเบเบเปเบฒเบเบปเบ Lua (http://www.lua.org) เบเบฒเบเบฐเบฅเบฒเบเบเบตเปเบกเบตเบเบทเปเบงเปเบฒ "mapping" เปเบเบดเปเบเปเบเบเบเบตเปเปเบเปเบฅเบฐเบเบปเบ
เบเบฒเบเบเบทเปเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเปเบเบซเบฒเปเบเบฅเปเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบชเบญเบเบเปเบญเบเบเบฑเบ. เบญเบฑเบเบเบตเบชเบญเบเบเปเบฒเบเบปเบเบซเบเปเบฒเบเบตเป Lua
"mapping", เปเบเบดเปเบเบเปเบญเบเบเบฑเบเบเบทเบเบเบทเปเปเบเบฅเปเบฅเปเบฒเบเบฑเบเปเบกเบทเปเบญเบกเบฑเบเบเบทเบเปเบญเบตเปเบเบเปเบงเบ
sequence_region เปเบเบฑเบ argument.
เบเบฒเบเบฅเบฒเบเบเบฒเบ เบเบฑเบ
เบฅเบฒเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบซเบฒ[email protected]>.
เปเบเป gt-cds เบญเบญเบเปเบฅเบเปเปเบเบเปเบเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบ onworks.net