เบเบตเปเปเบกเปเบเบเปเบฒเบชเบฑเปเบ idba_hybrid เบเบตเปเบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเปเบเปเปเบ OnWorks เบเบนเปเปเบซเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบเปเบฎเบเบเบดเปเบเบเบฃเบตเปเบเบเปเบเปเบซเบเบถเปเบเปเบเบซเบผเบฒเบเปเบเปเบญเบเปเบฎเบฑเบเบงเบฝเบเบญเบญเบเปเบฅเบเปเบเบญเบเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒเปเบเบฑเปเบ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator เบซเบผเบท MAC OS online emulator
เปเบเบเบเบฒเบ:
NAME
idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเปเบเบเบเบฐเบชเบปเบก
เบชเบฐเบซเบผเบธเบเบชเบฑเบเบฅเบงเบก
idba_hybrid -r read.fa -o output_dir [--เบญเปเบฒเบเบญเบตเบ ref.fa]
เบฅเบฒเบเบฅเบฐเบญเบฝเบ
IDBA-Tran เปเบกเปเบเบเบปเบงเบเบฐเบเบญเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบชเบฑเปเบ De Bruijn Graph De Novo เบเปเปเบฒเบเบทเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบ transcriptome.
เบกเบฑเบเปเบกเปเบเบเบปเบงเบเบฐเบเบญเบ novo เบขเปเบฒเบเปเบเปเบเบดเบเปเบเบเบญเบตเบเปเบชเปเบเบฝเบเปเบเปเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ RNA. IDBA-Tran เปเบเปเบเปเบญเบเบเบดเปเบ
เบเบฒเบเบเบฐเบเบญเบเปเบเบทเปเบญเบเบทเปเบเบเบน k-mers เบเบตเปเบเบฒเบเบซเบฒเบเปเบเปเบเบเปเปเบเบงเบฒเบกเบเบตเปเบชเบฐเปเบเบเบญเบญเบเบเปเปเบฒเปเบฅเบฐเบซเบผเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเปเบเปเบเปเบงเบฝเบ.
เบเบฒเบเบเบฑเบเบญเบญเบเปเบเบเบเปเบฒเบง เปเปเบฒ เปเบ contigs เปเบเบทเปเบญเปเบเบเปเบชเบฑเปเบเบชเบฐเปเบเบเบญเบญเบเปเบเบฑเบเบชเปเบงเบเบเบฐเบเบญเบ. เปเบเปเบฅเบฐเบญเบปเบเบเบฐเบเบญเบ
เบเบปเบเบเบฑเบเบเบฑเบ gene เบซเบเบถเปเบเปเบเบเปเบฅเบฐเบเบตเบซเบผเบฒเบเบเบตเปเบชเบธเบ เปเบฅเบฐเบเปเปเบกเบตเบเปเปเบเบงเบฒเบกเบเบญเบเบเบฒเบเบชเบฝเบเบซเบผเบฒเบ. เปเบเบฑเบ heuristic
algorithm เปเบเบเบญเบตเบเปเบชเปเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบเบนเปเบชเบธเบเบเปเบฒเบเปเบกเปเบเปเบเปเปเบเบทเปเบญเบเบญเบเบซเบฒ isoforms.
OPTIONS
-o, --เบญเบญเบ arg (=out)
เปเบเปเบฅเบเบฐเบเปเบฅเบตเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ
-r, --เบญเปเบฒเบ arg
เปเบเบฅเปเบญเปเบฒเบ fasta (<=128)
--read_level_2 arg
paired-end เบญเปเบฒเบ fasta เบชเปเบฒเบฅเบฑเบ scaffolds เบฅเบฐเบเบฑเบเบเบตเบชเบญเบ
--read_level_3 arg
paired-end เบญเปเบฒเบ fasta เบชเปเบฒเบฅเบฑเบ scaffolds เบฅเบฐเบเบฑเบเบเบตเบชเบฒเบก
--read_level_4 arg
paired-end เบญเปเบฒเบ fasta เบชเปเบฒเบฅเบฑเบ scaffolds เบฅเบฐเบเบฑเบเบชเบตเป
--read_level_5 arg
paired-end เบญเปเบฒเบ fasta เบชเปเบฒเบฅเบฑเบ scaffolds เบฅเบฐเบเบฑเบเบซเปเบฒ
-l, --long_read arg
เปเบเบฅโเป fasta เบญเปเบฒเบโเบเบฒเบง (>128โ)
--เบญเปเบฒเบเบญเบตเบ arg
genome เบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
--mink arg (=20)
เบเปเบฒเบเปเปเบฒเบชเบธเบ k (<=124)
--maxk arg (=100)
เบเปเบฒ k เบชเบนเบเบชเบธเบ (<=124)
-- เบเบฑเปเบโเบเบญเบโ arg (=20)
เปเบเบตเปเบกเบเบถเปเบเบเบญเบ k-mer เบเบญเบเปเบเปเบฅเบฐ iteration
--inner_mink arg (=10)
เบเปเบฒ k เบเปเปเบฒเบชเบธเบเบเบฒเบเปเบ
--inner_step arg (=5)
เปเบเบตเปเบกเบเบถเปเบเบเบฒเบเปเบเบเบญเบ k-mer
-- เบเปเบฒเบเปเบฒเบซเบเปเบฒ arg (=3)
เบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบญเบเบเปเบฒเบเปเบฒเบซเบเปเบฒเบเบตเปเปเบเปเปเบเบทเปเบญเบชเปเบฒเบเบเบฒเบเบฐเบฅเบฒเบเบเปเบญเบ k-mer
--min_count arg (=2)
เบเบงเบฒเบกเบเบนเบเบเบฑเปเบเบเปเปเบฒเบชเบธเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเปเบเบเบญเบ k-mer เปเบกเบทเปเบญเบชเปเบฒเบเบเบฒเบ
--min_support arg (=1)
เบชเบฐเบซเบเบฑเบเบชเบฐเบซเบเบนเบเบเบฑเปเบเบเปเปเบฒเปเบเปเบเปเบฅเบฐ iteration
--num_threads arg (=0)
เบเปเบฒเบเบงเบเบเบญเบเบเบฐเบเบนเป
--seed_kmer arg (=30)
เบเบฐเบซเบเบฒเบเบเบญเบเปเบเปเบเบเบญเบเปเบกเบฑเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบ
--min_contig arg (=200)
เบเบฐโเบซเบเบฒเบโเบเปเบฒโเปโเบชเบธเบโเบเบตเปโเบเบญเบ contigโ
--min_region arg (=500)
เบเบฐเบซเบเบฒเบเบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบตเปเบเบญเบเบเบฒเบเบเบทเปเบเปเบ genome เบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
--เบเปเบฒเบเบเบทเบเบฑเบ arg (=0.95)
เบเบงเบฒเบกเบเปเบฒเบเบเบทเบเบฑเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเปเบญเบ
--max_mismatch arg (=3)
เบเบฒเบเปเบเปเปเบเบเบงเบฒเบกเบเบดเบเบเบฒเบเบชเบนเบเบชเบธเบเบเปเปเบเบปเบเบเบฑเบ
--min_pairs arg (=3)
เบเปเบฒเบเบงเบเบเบนเปเบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบตเป
--max_gap arg (=50)
เบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบเบชเบนเบเบชเบธเบเปเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
--no_local
เบขเปเบฒเปเบเปเปเบเบทเปเบญเบเบเบฐเบเบญเบเบเปเบญเบเบเบดเปเบ
--no_ coverage
เบขเปเบฒเปเบฎเบฑเบเบเปเบณเปเบเบเบฒเบเบเบธเปเบกเบเบญเบ
--no_เบเบทเบเบเปเบญเบ
เบขเปเบฒเปเบฎเบฑเบเบเบฒเบเปเบเปเปเบ
--pre_correction
เบเบฐเบเบดเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเปเปเบเบเปเบญเบเบเบฒเบเบเบฐเบเบญเบ
เปเบเป idba_hybrid เบญเบญเบเปเบฅเบเปเปเบเบเปเบเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบ onworks.net