ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ infernal ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
Infernal - ການວິເຄາະລໍາດັບໂດຍໃຊ້ໂປຣໄຟລ໌ຂອງລໍາດັບ RNA ແລະໂຄງສ້າງຮອງ
consensus
ສະຫຼຸບສັງລວມ
cmalign
ຈັດລຽງລຳດັບກັບຕົວແບບຄວາມແປປວນ
cmbuild
ສ້າງແບບຈໍາລອງຄວາມຜັນຜວນຈາກໂຄງສ້າງ RNA ຫຼາຍລໍາດັບ
ການຈັດວາງ
cmcalibrate
ພໍດີກັບຫາງ exponential ສຳລັບການກຳນົດແບບຈຳລອງຄວາມຜັນແປ E-value
cmconvert
ແປງໄຟລ໌ຕົວແບບຂອງ Infernal covariance
cmemit
ລຳດັບຕົວຢ່າງຈາກຕົວແບບການປຽບທຽບ
cmfetch
ດຶງຂໍ້ມູນແບບຈໍາລອງທີ່ແຕກຕ່າງກັນຈາກໄຟລ໌
ບີບອັດ
ກະກຽມຖານຂໍ້ມູນແບບຈໍາລອງຂອງຄູ່ສໍາລັບ cmscan
cmscan
ລຳດັບການຄົ້ນຫາຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນແບບຈຳລອງທີ່ແຕກຕ່າງ
cmsearch
ຄົ້ນຫາແບບຈໍາລອງຄວາມແຕກຕ່າງກັນກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ
cmstat
ສະຖິຕິສະຫຼຸບສໍາລັບໄຟລ໌ຕົວແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ລາຍລະອຽດ
Infernal ແມ່ນຊຸດຂອງຫຼາຍໆໂຄງການສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ RNA ໂຄງສ້າງແລະຖານຂໍ້ມູນ
ການຄົ້ນຫາ homology. ມັນໃຊ້ຕົວແບບ probabilistic ເອີ້ນວ່າ "ຮູບແບບ covariance" (CMs) ກັບ
ເປັນຕົວແທນຂອງ homologs evolutionary ອາດຈະສອດຄ່ອງຫຼາຍ (ຫຼືລໍາດັບດຽວ) ຂອງ
ຄອບຄົວລໍາດັບ RNA ໂຄງສ້າງ.
ຄຽງຄູ່ກັບຖານຂໍ້ມູນ Rfam ຂອງຄອບຄົວ RNA ແລະ CMs ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອ annotate homologs ຂອງໂຄງສ້າງທີ່ຮູ້ຈັກ
ຄອບຄົວ RNA ໃນ genomes.
Infernal ແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດກັບຊຸດຊອບແວ HMMER ສໍາລັບການວິເຄາະຄອບຄົວຕາມລໍາດັບ
ໂປຣໄຟລ໌ HMMs (http://hmmer.org), ແຕ່ຖືກອອກແບບໂດຍສະເພາະສໍາລັບລໍາດັບ RNA ໂຄງສ້າງ
ຄອບຄົວ. ນອກເໜືອໄປຈາກການສ້າງແບບຈໍາລອງການອະນຸລັກຂອງຄອບຄົວດັ່ງທີ່ HMMs ໂປຣໄຟລ໌ເຮັດ,
CMs ສ້າງແບບຈໍາລອງໂຄງສ້າງຮອງຂອງຄອບຄົວທີ່ຖືກອະນຸລັກ, ຮັງດີ (ບໍ່ແມ່ນ pseudoknotted) ເປັນ
ດີ. ດັ່ງນັ້ນ, ການຄົ້ນຫາ CM ແລະວິທີການຈັດລໍາດັບແມ່ນຂ້ອນຂ້າງຂ້ອນຂ້າງ
ແພງ. Infernal ໃຊ້ HMMs ໂປຼໄຟລ໌ເປັນຕົວກອງແລະສໍາລັບການມາຂໍ້ຈໍາກັດເພື່ອເຮັດໃຫ້
ວິທີການ CM ປະຕິບັດໄດ້ຫຼາຍຂຶ້ນ.
Infernal ຖືກນໍາໃຊ້ໃນສາມທິບາຍຮູບແບບຕົ້ນຕໍ: ເພື່ອຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບສໍາລັບການ homologs ໃຫມ່
ຄອບຄົວ RNA (ຫຼືຫຍໍ້ມາຈາກ homologs ໃນ genome); ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນ CM (ເຊັ່ນ Rfam) ເພື່ອຊອກຫາ
ຄອບຄົວໃດທີ່ຮູ້ຈັກ ລຳດັບການສອບຖາມເປັນຂອງ; ແລະອັດຕະໂນມັດການກໍ່ສ້າງຂະຫນາດໃຫຍ່
ການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນ (ເຊັ່ນ: ມີຈໍານວນລໍາດັບທີ່ບໍ່ຈໍາກັດຢ່າງມີປະສິດທິພາບ) ໂດຍໃຊ້ CM
ຕົວແທນຂອງຄອບຄົວລໍາດັບ.
ສົມມຸດວ່າເຈົ້າມີການຈັດລຽງລຳດັບຫຼາຍອັນທີ່ລະບຸໄວ້ໃນໂຄງສ້າງຂອງລຳດັບ RNA
ຄອບຄົວທີ່ມີຄວາມສົນໃຈ, ແລະທ່ານຕ້ອງການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບສໍາລັບ homologs ເພີ່ມເຕີມ.
ໄດ້ cmbuild ໂຄງການສ້າງຕົວແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ (s) ຈາກການຈັດຕັ້ງຫຼາຍ (s) ແລະ cmcalibrate
ກໍານົດຕົວກໍານົດການທີ່ສໍາຄັນສໍາລັບການປະເມີນຄວາມສໍາຄັນທາງສະຖິຕິຂອງຖານຂໍ້ມູນ
hits ກັບຕົວແບບໃນການຄົ້ນຫາຕໍ່ໄປ.
ໄດ້ cmsearch ໂຄງການຄົ້ນຫາ CM(s) ຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ.
ສົມມຸດວ່າທ່ານມີລໍາດັບທີ່ທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະວິເຄາະໂດຍໃຊ້ຖານຂໍ້ມູນ CM ທີ່ອີງໃສ່ Infernal
ຄື Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk) The ບີບອັດ ໂຄງການຈັດຮູບແບບການປ່ຽນແປງຮູບແບບ
(ເຊັ່ນໄຟລ໌ທີ່ເຈົ້າຈະດາວໂຫລດຈາກ Rfam) ເຂົ້າໄປໃນຖານຂໍ້ມູນຖານສອງ Infernal. ໄດ້
cmscan ໂປຣແກຣມຊອກຫາລໍາດັບຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນນັ້ນ.
ສົມມຸດວ່າທ່ານຕ້ອງການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ. ທ່ານສາມາດສ້າງຂະຫນາດນ້ອຍທີ່ສາມາດຈັດການໄດ້
ການຈັດວາງໂຄງສ້າງຂອງຊຸດຕົວແທນຂອງລໍາດັບ, ການກໍ່ສ້າງ CM ກັບ cmbuild, ແລະ
ການນໍາໃຊ້ cmalign ໂຄງການເພື່ອຈັດລຽງລໍາດັບຈໍານວນໃດຫນຶ່ງກັບ CM ນັ້ນ.
Infernal ຍັງປະກອບມີບາງເຄື່ອງມືຊ່ວຍສໍາລັບການເຮັດວຽກກັບຖານຂໍ້ມູນ CM ຂະຫນາດໃຫຍ່. cmfetch
ດຶງເອົາໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍ CMs ຈາກຖານຂໍ້ມູນ. cmstat ພິມສະຖິຕິສະຫຼຸບກ່ຽວກັບ CM
ຍື່ນ.
ສໍາລັບຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ກັບສະບັບທີ່ຜ່ານມາຂອງ Infernal, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບ HMMER, ໄດ້ cmconvert
ໂຄງການຈະປ່ຽນໄຟລ໌ CM ເປັນຮູບແບບອື່ນໆຈໍານວນຫນຶ່ງ.
ໄດ້ cmemit ໂຄງການສ້າງ (ຈໍາລອງ) ລໍາດັບ "homologous" ໂດຍການເກັບຕົວຢ່າງຈາກ CM. ມັນ
ຍັງສາມາດສ້າງລໍາດັບ "ຄວາມເຫັນດີນໍາ".
ແຕ່ລະໂຄງການມີຫນ້າຜູ້ຊາຍຂອງຕົນເອງ.
ໃຊ້ infernal ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
