ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ libscane ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
libscan - ຄົ້ນຫາການວິນິດໄສສໍາລັບຄອບຄົວທາດໂປຼຕີນ.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
libscan -ຮູບແບບການ ບັນຊີລາຍຊື່ - ຈີ່ ປຸ້ຍ -ເຮນິກ ປຸ້ຍ - ຫືມ ປຸ້ຍ - ສົມ ປຸ້ຍ -psm ປຸ້ຍ
-sig ປຸ້ຍ -hmpath string -hmextn string -hmoutpath string -hmoutextn string
- ສົມຈິດ string - ດຽວກັນ string -samoutpath string -samoutextn string
-pssmpath string -pssmextn string -niter integer - ຟາດ float - ສູງສຸດ integer
-pssmoutpath string -psmoutextn string -gbvpath string -gbvextn string
-gbvgapo float -gbvgape float -gbvoutpath string -gbvoutextn string
-hnfpath string -hnfextn string -hnfgapo float -hnfgape float -hnfoutpath string
-hnfoutextn string -sigpath string -sigextn string -nterm ບັນຊີລາຍຊື່ -ຍ່ອຍ ມາຕຣິກເບື້ອງ
-siggapo float -siggape float -sigoutpath string -sigoutextn string -db seqset
-scopf infile
libscan -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
libscan ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Protein: 3D Structure".
OPTIONS
-ຮູບແບບການ ບັນຊີລາຍຊື່
libscan ແລ່ນຢູ່ໃນຫນຶ່ງໃນສອງໂຫມດບໍ່ວ່າຈະ (i) ຮູບແບບການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນຫຼື (ii) ຫ້ອງສະຫມຸດ
ໂໝດໜ້າຈໍ. ໃນຮູບແບບການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນ libscan ອ່ານຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍລະບົບແຕ່ລະຄົນ
ປະກອບດ້ວຍອົງປະກອບຈໍາແນກປະເພດດຽວ, ປະເພດທີ່ໄດ້ຮັບອະນຸຍາດແມ່ນ sparse
ລາຍເຊັນຕາມລໍາດັບ, ໂປຣໄຟລ໌ Gribskov, ໂປຣໄຟລ໌ Henikoff ຫຼືຕົວແບບ Markov ທີ່ເຊື່ອງໄວ້. ໃນ
ຮູບແບບຫນ້າຈໍຫ້ອງສະຫມຸດ, libscan ອ່ານຊຸດລໍາດັບ, ຫນ້າຈໍແຕ່ລະລໍາດັບຕໍ່ກັບ
ຫໍສະຫມຸດ (ລາຍການຂອງອົງປະກອບຈໍາແນກ) ແລະຂຽນໄຟລ໌ສະແກນຫ້ອງສະຫມຸດ (ຂອງ
ຄອບຄົວທີ່ມີຄະແນນສູງສຸດ) ສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 2
- ຈີ່ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
-ເຮນິກ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- ຫືມ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
- ສົມ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
-psm ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y
-sig ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
-hmpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./lib/
-hmextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .hmm
-hmoutpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-hmoutextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .hmout
- ສົມຈິດ string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
- ດຽວກັນ string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .mod
-samoutpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-samoutextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .samout
-pssmpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: /data/structure/lib/psm/
-pssmextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .chk
-niter integer
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1
- ຟາດ float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100
- ສູງສຸດ integer
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000
-pssmoutpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-psmoutextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .pssmout
-gbvpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-gbvextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .grib
-gbvgapo float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10.0
-gbvgape float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.5
-gbvoutpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-gbvoutextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .gribout
-hnfpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-hnfextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .henik
-hnfgapo float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10.0
-hnfgape float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.5
-hnfoutpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-hnfoutextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .henikout
-sigpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-sigextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .sig
-nterm ບັນຊີລາຍຊື່
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1
-ຍ່ອຍ ມາຕຣິກເບື້ອງ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: EBLOSUM62
-siggapo float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10.0
-siggape float
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.5
-sigoutpath string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ./
-sigoutextn string
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .sigout
-db seqset
ໃນຮູບແບບການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນ libscan ສະແກນແຕ່ລະອົງປະກອບຈໍາແນກຕໍ່ລໍາດັບ
ຕັ້ງ. ໃນໂຫມດຫນ້າຈໍຫ້ອງສະຫມຸດ, libscan ອ່ານຊຸດລໍາດັບແລະຫນ້າຈໍແຕ່ລະລໍາດັບ
ຕໍ່ກັບຫ້ອງສະໝຸດ (ໄດເລກະທໍລີຂອງອົງປະກອບທີ່ແຍກແຍະ) ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 49142.vdhf
-scopf infile
ໃນທັງສອງຮູບແບບ, 'ໄຟລ໌ການຈັດປະເພດ scop' ແມ່ນຕ້ອງການເປັນແຫຼ່ງຂອງຄອບຄົວ
ຂໍ້ມູນການຈັດປະເພດ. ໄຟລ໌ການຈັດປະເພດ scop ມີການຈັດປະເພດ ແລະຂໍ້ມູນອື່ນໆ
ສໍາລັບໂດເມນຈາກຖານຂໍ້ມູນ scop. ໄຟລ໌ແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບທີ່ຄ້າຍຄືກັບ embl ແລະຖືກສ້າງຂື້ນ
ໂດຍ scopparse. ຂໍ້ມູນລໍາດັບໂດເມນສາມາດຖືກເພີ່ມໃສ່ໄຟລ໌ໂດຍໃຊ້ scopseqs.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf
ໃຊ້ libscane ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
