mdrun_mpi_d.mpich - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-mdrun - ປະຕິບັດການຈໍາລອງ, ເຮັດການວິເຄາະແບບປົກກະຕິຫຼືການຫຼຸດຜ່ອນພະລັງງານ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [- ຕາ​ຕະ​ລາງ​ [<.xvg>]]
[-tabletf [<.xvg>]] [- ຕາ​ຕະ​ລາງ [<.xvg>]] [- ຕາ​ຕະ​ລາງ [<.xvg>]]
[- ແລ່ນຄືນ [<.xtc/.trr/...>]] [-ອີ [<.edi>]]
[- ຫຼາຍ [ [... ]] [- ສະມາຊິກ [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[- ນ [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-ສະຫນາມ [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[- ສັດທາ [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-ra [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-ຖ້າ [<.xvg>]] [-ແລກປ່ຽນ [<.xvg>]] [-defnm ]
[-xvg ] [-dd ] [-ddorder ]
[-npme ] [- ນ ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-pin ] [- pinoffset ]
[- ຂາງ ] [-gpu_id ] [-[ບໍ່]ddcheck]
[-rdd ] [-rcon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [-[ບໍ່]tunepme]
[-[ບໍ່]v] [-[ບໍ່]ກະທັດຮັດ] [- ກໍາລັງ ] [-[ບໍ່]reprod]
[-cpt ] [-[ບໍ່]cpnum] [-[ບໍ່] ຕື່ມໃສ່] [-nsteps ]
[-ສູງສຸດ ] [- ຫຼາຍ ] [- ຊັບຊ້ອນ ] [- ຕໍ່ໄປ ]
[- ເບ້ຍ ]

ລາຍລະອຽດ

ນີ້ ສະບັບພາສາ of ໄດ້ ໂຄງການ ຈະ ພຽງແຕ່ ແລ່ນ ໃນຂະນະທີ່ ການນໍາໃຊ້ ໄດ້ MPICH ຂະຫນານ ຄອມພິວເຕີ
ຫ້ອງສະຫມຸດ. ເບິ່ງ ໄພຣຸນ(1). ການນໍາໃຊ້ ໄດ້ ປົກກະຕິ gmx(1​) ໂຄງການ ສໍາລັບການ conventional ກະທູ້ດຽວ
ການປະຕິບັດງານ.

gmx mdrun ແມ່ນເຄື່ອງຈັກເຄມີຄອມພິວເຕີຕົ້ນຕໍພາຍໃນ GROMACS. ແນ່ນອນ, ມັນ
ປະຕິບັດການຈໍາລອງ Molecular Dynamics, ແຕ່ມັນຍັງສາມາດປະຕິບັດ Stochastic Dynamics,
ການຫຼຸດຜ່ອນພະລັງງານ, ການໃສ່ອະນຸພາກທົດສອບ ຫຼື (re)ການຄິດໄລ່ພະລັງງານ. ໂໝດປົກກະຕິ
ການວິເຄາະແມ່ນທາງເລືອກອື່ນ. ໃນ​ກໍ​ລະ​ນີ​ນີ້ mdrun ສ້າງມາຕຣິກເບື້ອງ Hessian ຈາກໂສດ
ສອດຄ່ອງ. ສໍາ​ລັບ​ການ​ຄິດ​ໄລ່​ຮູບ​ແບບ​ປົກ​ກະ​ຕິ​ປົກ​ກະ​ຕິ​, ເຮັດ​ໃຫ້​ແນ່​ໃຈວ່​າ​ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ການ​
ສະໜອງໃຫ້ຖືກຫຼຸດພະລັງງານຢ່າງຖືກຕ້ອງ. ມາຕຣິກເບື້ອງທີ່ສ້າງຂຶ້ນສາມາດຖືກຕັດຂວາງໂດຍ gmx
nmeig.

ໄດ້ mdrun ໂຄງ​ການ​ອ່ານ​ໄຟລ​໌​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ແລ່ນ (-s) ແລະແຈກຢາຍ topology ໃນໄລຍະການຈັດອັນດັບຖ້າ
ຕ້ອງການ. mdrun ຜະລິດຢ່າງຫນ້ອຍສີ່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ໄຟລ໌ບັນທຶກດຽວ (-g) ຖືກຂຽນໄວ້.
ໄຟລ໌ trajectory (-o), ປະກອບດ້ວຍຈຸດປະສານງານ, ຄວາມໄວແລະກໍາລັງທາງເລືອກ. ໄດ້
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ (-c) ມີຈຸດປະສານງານ ແລະຄວາມໄວຂອງຂັ້ນຕອນສຸດທ້າຍ. ພະລັງງານ
ແຟ້ມ (-e) ປະກອບດ້ວຍພະລັງງານ, ອຸນຫະພູມ, ຄວາມກົດດັນ, ແລະອື່ນໆ, ຫຼາຍສິ່ງເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນ
ຍັງພິມຢູ່ໃນໄຟລ໌ບັນທຶກ. ທາງເລືອກພິກັດສາມາດຖືກຂຽນໃສ່ການບີບອັດ
ໄຟລ໌ trajectory (-x).

ທາງເລືອກ -dhdl ຖືກນໍາໃຊ້ພຽງແຕ່ໃນເວລາທີ່ການຄິດໄລ່ພະລັງງານຟຣີເປີດ.

ແລ່ນ mdrun ທີ່ມີປະສິດທິພາບໃນຂະຫນານແມ່ນຫົວຂໍ້ທີ່ສັບສົນ, ມີຫຼາຍດ້ານ
ກວມເອົາໃນຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ອອນໄລນ໌. ທ່ານຄວນເບິ່ງບ່ອນນັ້ນສໍາລັບຄໍາແນະນໍາພາກປະຕິບັດກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ຈໍານວນຫຼາຍ
ຂອງທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ໃນ mdrun.

ການເກັບຕົວຢ່າງ ED (ນະໂຍບາຍດ້ານທີ່ຈຳເປັນ) ແລະ/ຫຼື ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງໄພນໍ້າຖ້ວມເພີ່ມເຕີມແມ່ນເປີດໂດຍ
ການນໍາໃຊ້ -ອີ ທຸງ​ຕາມ​ດ້ວຍ .edi ແຟ້ມ. ທ .edi ໄຟລ໌ສາມາດໄດ້ຮັບການຜະລິດດ້ວຍ
make_edi ເຄື່ອງມືຫຼືໂດຍໃຊ້ຕົວເລືອກໃນເມນູ essdyn ຂອງໂຄງການ WHAT IF. mdrun
ຜະລິດກ .xvg ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ປະກອບດ້ວຍການຄາດຄະເນຂອງຕໍາແຫນ່ງ, ຄວາມໄວແລະກໍາລັງ
ໃສ່ eigenvectors ທີ່ເລືອກ.

ເມື່ອຟັງຊັນທີ່ເປັນໄປໄດ້ທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້ໄດ້ຖືກເລືອກຢູ່ໃນ .mdp ຍື່ນ - ຕາ​ຕະ​ລາງ​
ທາງເລືອກແມ່ນໃຊ້ເພື່ອຜ່ານ mdrun ຕາ​ຕະ​ລາງ​ທີ່​ມີ​ຮູບ​ແບບ​ທີ່​ມີ​ຫນ້າ​ທີ່​ທີ່​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​. ໄຟລ໌ໄດ້ຖືກອ່ານ
ຈາກໄດເລກະທໍລີປະຈຸບັນຫຼືຈາກ GMXLIB ໄດເລກະທໍລີ. ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ທາງ​ສ່ວນ​ຫນ້າ​ຂອງ​ຮູບ​ແບບ​
ຕາຕະລາງໄດ້ຖືກນໍາສະເຫນີຢູ່ໃນ GMXLIB dir, ສໍາລັບ 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones
ທ່າແຮງກັບ Coulomb ປົກກະຕິ. ເມື່ອການໂຕ້ຕອບຄູ່ມີຢູ່, ຕາຕະລາງແຍກຕ່າງຫາກສໍາລັບ
ຟັງຊັນການໂຕ້ຕອບຄູ່ແມ່ນອ່ານໂດຍໃຊ້ - ຕາ​ຕະ​ລາງ ທາງເລືອກ.

ເມື່ອຟັງຊັນຜູກມັດຕາຕະລາງມີຢູ່ໃນ topology, ຫນ້າທີ່ປະຕິສໍາພັນແມ່ນ
ອ່ານໂດຍໃຊ້ - ຕາ​ຕະ​ລາງ ທາງເລືອກ. ສໍາລັບແຕ່ລະການໂຕ້ຕອບຕາຕະລາງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ພິມຕາຕະລາງ
ຊື່ໄຟລ໌ຖືກດັດແກ້ໃນວິທີທີ່ແຕກຕ່າງກັນ: ກ່ອນທີ່ຈະຂະຫຍາຍໄຟລ໌ມີເຄື່ອງຫມາຍຂີດກ້ອງ
ຕໍ່ທ້າຍ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ a 'b' ສໍາລັບພັນທະບັດ, ເປັນ 'a' ສໍາລັບມຸມຫຼື 'd' ສໍາລັບ dihedrals ແລະສຸດທ້າຍ
ຈໍານວນຕາຕະລາງຂອງປະເພດການໂຕ້ຕອບ.

ທາງເລືອກ -px ແລະ -pf ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການຂຽນດຶງ COM ພິກັດແລະກໍາລັງໃນເວລາທີ່ດຶງ
ຖືກເລືອກໃນ .mdp ຍື່ນ.

ສຸດທ້າຍບາງຂັ້ນຕອນການທົດລອງສາມາດຖືກທົດສອບໄດ້ເມື່ອທາງເລືອກທີ່ເຫມາະສົມ
ມອບໃຫ້. ປະຈຸບັນພາຍໃຕ້ການສືບສວນແມ່ນ: polarizability.

ທາງເລືອກ - ສະມາຊິກ ບໍ່ສິ່ງທີ່ເຄີຍເປັນ g_membed, ie embed ທາດໂປຼຕີນເຂົ້າໄປໃນເຍື່ອ.
ໂມດູນນີ້ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີການຕັ້ງຄ່າຈໍານວນຫນຶ່ງທີ່ສະຫນອງໃຫ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທີ່ເປັນ
ການໂຕ້ຖຽງຂອງທາງເລືອກນີ້. ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມໃນການຝັງເຍື່ອ, ເບິ່ງເອກະສານໃນ
ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້. ທາງເລືອກ - ນ ແລະ -mp ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສະຫນອງດັດສະນີແລະໄຟລ໌ topology
ໃຊ້ສໍາລັບການຝັງ.

ທາງເລືອກ - ກໍາລັງ ເປັນປະໂຫຍດໃນເວລາທີ່ທ່ານສົງໃສວ່າ simulation crashed ເນື່ອງຈາກຂະຫນາດໃຫຍ່ເກີນໄປ
ກໍາລັງ. ດ້ວຍທາງເລືອກນີ້ປະສານງານແລະກໍາລັງຂອງປະລໍາມະນູທີ່ມີຜົນບັງຄັບໃຊ້ຂະຫນາດໃຫຍ່ກວ່າ a
ຄ່າທີ່ແນ່ນອນຈະຖືກພິມໃສ່ stderr.

ຈຸດກວດກາທີ່ບັນຈຸສະພາບຄົບຖ້ວນຂອງລະບົບແມ່ນຂຽນເປັນໄລຍະປົກກະຕິ
(ທາງເລືອກ -cpt) ກັບ​ໄຟລ​໌​ -cpo, ເວັ້ນເສຍແຕ່ທາງເລືອກ -cpt ຖືກຕັ້ງເປັນ -1. ດ່ານ​ຜ່ານ​ມາ
ຖືກ​ສໍາ​ຮອງ​ຂໍ້​ມູນ​ເຖິງ​ state_prev.cpt ເພື່ອໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າສະຖານະທີ່ຜ່ານມາຂອງລະບົບແມ່ນສະເຫມີໄປ
ສາມາດໃຊ້ໄດ້, ເຖິງແມ່ນວ່າການຈໍາລອງຖືກຢຸດໃນຂະນະທີ່ຂຽນຈຸດກວດກາ. ກັບ -cpnum
ໄຟລ໌ດ່ານທັງໝົດຖືກເກັບໄວ້ ແລະຕໍ່ທ້າຍດ້ວຍໝາຍເລກຂັ້ນຕອນ. ການຈໍາລອງສາມາດເປັນ
ສືບຕໍ່ໂດຍການອ່ານສະຖານະເຕັມຈາກໄຟລ໌ທີ່ມີທາງເລືອກ -cpi. ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນສະຫລາດ
ໃນທາງທີ່ຖ້າບໍ່ພົບໄຟລ໌ຈຸດກວດກາ, GROMACS ພຽງແຕ່ຖືວ່າການແລ່ນປົກກະຕິແລະ
ເລີ່ມຕົ້ນຈາກຂັ້ນຕອນທໍາອິດຂອງການ .tpr ໄຟລ໌. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຜົນຜະລິດຈະຖືກຕໍ່ທ້າຍ
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ມີຢູ່. ໄຟລ໌ checkpoint ປະກອບມີ checksums ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທັງຫມົດ,
ດັ່ງ​ນັ້ນ​ທ່ານ​ຈະ​ບໍ່​ມີ​ການ​ສູນ​ເສຍ​ຂໍ້​ມູນ​ໃນ​ເວ​ລາ​ທີ່​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ຈໍາ​ນວນ​ຫນຶ່ງ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ແກ້​ໄຂ​, ເສຍ​ຫາຍ​ຫຼື​
ເອົາອອກ. ມີສາມສະຖານະການທີ່ມີ -cpi:

* ບໍ່ມີໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ກົງກັນ: ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດໃຫມ່ຖືກຂຽນ

* ໄຟລ໌ທັງຫມົດແມ່ນມີຊື່ແລະ checksums ທີ່ກົງກັບທີ່ເກັບໄວ້ໃນດ່ານ
ໄຟລ໌: ໄຟລ໌ຖືກຕໍ່ທ້າຍ

* ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນບໍ່ມີໄຟລ໌ໃດຖືກແກ້ໄຂ ແລະເກີດຄວາມຜິດພາດຮ້າຍແຮງຂຶ້ນ

ກັບ - noappend ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໃຫມ່​ໄດ້​ຖືກ​ເປີດ​ແລະ​ຈໍາ​ນວນ​ພາກ​ສ່ວນ​ຈໍາ​ລອງ​ແມ່ນ​ໄດ້​ເພີ່ມ​ໃສ່​ທັງ​ຫມົດ​
ອອກຊື່ໄຟລ໌. ໃຫ້ສັງເກດວ່າໃນທຸກກໍລະນີໄຟລ໌ checkpoint ຕົວຂອງມັນເອງບໍ່ໄດ້ຖືກປ່ຽນຊື່ແລະ
ຈະຖືກຂຽນທັບ, ເວັ້ນເສຍແຕ່ຊື່ຂອງມັນບໍ່ກົງກັບ -cpo ທາງເລືອກ.

ດ້ວຍການກວດກາເບິ່ງຜົນຜະລິດຈະຖືກຄັດຕິດໃສ່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຂຽນໄວ້ໃນເມື່ອກ່ອນ, ເວັ້ນເສຍແຕ່
- noappend ຖືກນໍາໃຊ້ຫຼືບໍ່ມີໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຜ່ານມາ (ຍົກເວັ້ນໄຟລ໌
ໄຟລ໌ດ່ານ). ຄວາມສົມບູນຂອງໄຟລ໌ທີ່ຈະຖືກຄັດຕິດຖືກກວດສອບໂດຍໃຊ້ checksums
ເຊິ່ງຖືກເກັບໄວ້ໃນໄຟລ໌ດ່ານ. ນີ້ຮັບປະກັນວ່າຜົນຜະລິດບໍ່ສາມາດປະສົມຂຶ້ນຫຼື
ເສຍຫາຍເນື່ອງຈາກໄຟລ໌ຕໍ່ທ້າຍ. ເມື່ອມີພຽງແຕ່ບາງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຜ່ານມາ,
ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ທີ່​ຮ້າຍ​ແຮງ​ແມ່ນ​ການ​ຜະ​ລິດ​ແລະ​ບໍ່​ມີ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ເກົ່າ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ແລະ​ບໍ່​ມີ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໃຫມ່​
ຖືກເປີດ. ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີການຕໍ່ທ້າຍຈະຄືກັນກັບການແລ່ນຄັ້ງດຽວ. ໄດ້
ເນື້ອໃນຈະຄືກັນສອງເທົ່າ, ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າທ່ານໃຊ້ຕົວເລກ ຫຼື dynamic ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ການດຸ່ນດ່ຽງການໂຫຼດຫຼືຫ້ອງສະຫມຸດ FFT ໃຊ້ການເພີ່ມປະສິດທິພາບໂດຍຜ່ານການກໍານົດເວລາ.

ມີທາງເລືອກ -ສູງສຸດ ການຈຳລອງຖືກຢຸດຕິ ແລະໄຟລ໌ດ່ານຖືກຂຽນໄວ້ໃນຕອນທຳອິດ
ຂັ້ນຕອນການຄົ້ນຫາໃກ້ຄຽງທີ່ເວລາແລ່ນເກີນ -ສູງສຸດ*0.99 ຊົ່ວ​ໂມງ​. ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນ
ໂດຍສະເພາະທີ່ເປັນປະໂຫຍດໃນການປະສົມປະສານກັບການຕັ້ງຄ່າ nsteps ເຖິງ -1 ບໍ່ວ່າຈະຢູ່ໃນ mdp ຫຼືການນໍາໃຊ້
ຕົວເລືອກເສັ້ນຄໍາສັ່ງທີ່ມີຊື່ຄ້າຍຄືກັນ. ອັນນີ້ສົ່ງຜົນໃຫ້ແລ່ນບໍ່ມີຂອບເຂດ, ຢຸດພຽງແຕ່
ໃນເວລາທີ່ກໍານົດເວລາກໍານົດໂດຍ -ສູງສຸດ ມາຮອດ (ຖ້າມີ) ຫຼືເມື່ອໄດ້ຮັບສັນຍານ.

ເມື່ອ​ໃດ​ mdrun ໄດ້ຮັບສັນຍານ TERM, ມັນຈະກໍານົດ nsteps ກັບຂັ້ນຕອນປະຈຸບັນບວກຫນຶ່ງ. ເມື່ອ​ໃດ​
mdrun ໄດ້ຮັບສັນຍານ INT (ເຊັ່ນ: ເມື່ອ ctrl+C ຖືກກົດ), ມັນຈະຢຸດຫຼັງຈາກຕໍ່ໄປ
ຂັ້ນຕອນການຄົ້ນຫາໃກ້ຄຽງ (ກັບ nstlist=0 ໃນຂັ້ນຕອນຕໍ່ໄປ). ໃນທັງສອງກໍລະນີແມ່ນປົກກະຕິ
ຜົນຜະລິດຈະຖືກຂຽນໃສ່ໄຟລ໌. ເມື່ອແລ່ນກັບ MPI, ສັນຍານໄປຫາຫນຶ່ງໃນ mdrun ອັນດັບ
ແມ່ນພຽງພໍ, ສັນຍານນີ້ບໍ່ຄວນຖືກສົ່ງໄປຫາ mpirun ຫຼື mdrun ຂະບວນການນັ້ນແມ່ນ
ພໍ່ແມ່ຂອງຄົນອື່ນ.

ການເຄື່ອນໄຫວໂມເລກຸນແບບໂຕ້ຕອບ (IMD) ສາມາດເປີດໃຊ້ໄດ້ໂດຍການໃຊ້ຢ່າງຫນ້ອຍຫນຶ່ງໃນສາມ
ສະຫຼັບ IMD: ໄດ້ - imdterm switch ອະນຸຍາດໃຫ້ຫນຶ່ງເພື່ອຢຸດການຈໍາລອງຈາກ
ຕົວເບິ່ງໂມເລກຸນ (ຕົວຢ່າງ: VMD). ກັບ - imdwait, mdrun ຢຸດຊົ່ວຄາວທຸກຄັ້ງທີ່ບໍ່ມີລູກຄ້າ IMD ຢູ່
ເຊື່ອມຕໍ່. ການດຶງຈາກຣີໂມດ IMD ສາມາດເປີດໄດ້ -imdpull. ທ່າເຮືອ mdrun
ຟັງສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ - ການ​ນໍາ​ເຂົ້າ​.ໄຟລ໌ທີ່ຊີ້ໄປໂດຍ -ຖ້າ ປະກອບດ້ວຍຕົວຊີ້ວັດອະຕອມແລະ
ບັງຄັບຖ້າການດຶງ IMD ຖືກໃຊ້.

ເມື່ອ​ໃດ​ mdrun ແມ່ນເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ MPI, ມັນບໍ່ໄດ້ດໍາເນີນການງາມໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ

-cpi [<.cpt>] (state.cpt) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດ່ານ

- ຕາ​ຕະ​ລາງ​ [<.xvg>] (ຕາຕະລາງ.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ຕາ​ຕະ​ລາງ [<.xvg>] (tablet.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ຕາ​ຕະ​ລາງ [<.xvg>] (ຕາຕະລາງ.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ແລ່ນຄືນ [<.xtc/.trr/...>] (rerun.xtc) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-ອີ [<.edi>] (sam.edi) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ການປ້ອນຂໍ້ມູນການເກັບຕົວຢ່າງ ED

- ຫຼາຍ [ [... ] (rundir) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ດໍາເນີນການໄດເລກະທໍລີ

- ສະມາຊິກ [<.dat>] (membed.dat) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທົ່ວໄປ

-mp [<.top>] (membed.top) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ Topology

- ນ [<.ndx>] (membed.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງທີ່ຖືກບີບອັດ (ຮູບແບບ tng ຫຼືຮູບແບບ xdr ແບບເຄື່ອນທີ່)

-cpo [<.cpt>] (state.cpt) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດ່ານ

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
ໄຟລ໌ພະລັງງານ

-g [<.log>] (md.log)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ສະຫນາມ [<.xvg>] (field.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ສັດທາ [<.xvg>] (deviatie.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (rotation.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ra [<.log>] (rotangles.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-rt [<.log>] (rottorque.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
Hessian matrix

-dn [<.ndx>] (dipole.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

-ຖ້າ [<.xvg>] (imdforces.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ແລກປ່ຽນ [<.xvg>] (swapions.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

ທາງເລືອກອື່ນ:

-defnm
ຕັ້ງຊື່ໄຟລ໌ເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບຕົວເລືອກໄຟລ໌ທັງໝົດ

-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ

-dd (0 0 0)
ຕາໜ່າງ decomposition ໂດເມນ, 0 ແມ່ນ optimize

-ddorder (ແຊກແຊງ)
DD rank order: interleave, pp_pme, cartesian

-npme (-1)
ຈໍານວນອັນດັບແຍກຕ່າງຫາກທີ່ຈະໃຊ້ສໍາລັບ PME, -1 ແມ່ນການຄາດເດົາ

- ນ (0​)
ຈໍາ​ນວນ​ທັງ​ຫມົດ​ຂອງ​ກະ​ທູ້​ທີ່​ຈະ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ (0 ແມ່ນ​ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​)

-ntmpi (0​)
ຈຳນວນຂອງ thread-MPI threads ທີ່ຈະເລີ່ມຕົ້ນ (0 ແມ່ນເດົາ)

-ntomp (0​)
ຈໍາ​ນວນ OpenMP ກະ​ທູ້​ຕໍ່​ອັນ​ດັບ MPI ທີ່​ຈະ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ (0 ແມ່ນ​ການ​ເດົາ​)

-ntomp_pme (0​)
ຈໍາ​ນວນ OpenMP threads ຕໍ່​ອັນ​ດັບ MPI ທີ່​ຈະ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ (0 ແມ່ນ -ntomp​)

-pin (ອັດຕະໂນມັດ)
ບໍ່ວ່າ mdrun ຄວນພະຍາຍາມຕັ້ງຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຂອງຫົວຂໍ້: ອັດຕະໂນມັດ, ເປີດ, ປິດ

- pinoffset (0​)
ຕົວເລກຫຼັກເຫດຜົນຕໍ່າສຸດທີ່ mdrun ຄວນປັກໝຸດຫົວຂໍ້ທຳອິດ

- ຂາງ (0​)
ການປັກໝຸດໄລຍະຫ່າງໃນຫຼັກເຫດຜົນສຳລັບກະທູ້, ໃຊ້ 0 ເພື່ອຫຼຸດຈຳນວນຂອງ
ກະທູ້ຕໍ່ຫຼັກທາງກາຍະພາບ

-gpu_id
ລາຍຊື່ອຸປະກອນ GPU id-s ທີ່ຈະໃຊ້, ລະບຸອັນດັບ PP ຕໍ່ໂນດຕໍ່ກັບການສ້າງແຜນທີ່ GPU

-[ບໍ່]ddcheck (ແມ່ນແລ້ວ)
ກວດເບິ່ງການໂຕ້ຕອບທີ່ຜູກມັດທັງຫມົດກັບ DD

-rdd (0​)
ໄລຍະຫ່າງສູງສຸດສໍາລັບການພົວພັນຜູກມັດກັບ DD (nm), 0 ແມ່ນກໍານົດຈາກ
ພິກັດເບື້ອງຕົ້ນ

-rcon (0​)
ໄລຍະທາງສູງສຸດສໍາລັບ P-LINCS (nm), 0 ແມ່ນການຄາດຄະເນ

-dlb (ອັດຕະໂນມັດ)
ການດຸ່ນດ່ຽງການໂຫຼດແບບໄດນາມິກ (ກັບ DD): ອັດຕະໂນມັດ, ບໍ່, ແມ່ນ

-dds (0.8​)
ເສດສ່ວນໃນ (0,1) ໂດຍທີ່ຕ່າງກັນ ຂະໜາດຂອງເຊລ DD ເບື້ອງຕົ້ນຈະຖືກເພີ່ມຂຶ້ນໃນ
ເພື່ອສະຫນອງຂອບທີ່ການດຸ່ນດ່ຽງການໂຫຼດແບບເຄື່ອນໄຫວສາມາດປະຕິບັດໃນຂະນະທີ່ຮັກສາໄວ້
ຂະຫນາດຂອງເຊນຕໍາ່ສຸດທີ່.

-gcom (-1)
ຄວາມຖີ່ຂອງການສື່ສານທົ່ວໂລກ

-nb (ອັດຕະໂນມັດ)
ຄິດ​ໄລ່​ການ​ໂຕ້​ຕອບ​ທີ່​ບໍ່​ແມ່ນ​ຜູກ​ມັດ​ກ່ຽວ​ກັບ​ການ​: ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​, cpu​, gpu​, gpu_cpu​

-nstlist (0​)
ຕັ້ງ nstlist ເມື່ອໃຊ້ Verlet buffer tolerance (0 ແມ່ນການຄາດເດົາ)

-[ບໍ່]tunepme (ແມ່ນແລ້ວ)
ເພີ່ມປະສິດທິພາບການໂຫຼດ PME ລະຫວ່າງອັນດັບ PP/PME ຫຼື GPU/CPU

-[ບໍ່]v (ບໍ່ມີ)
ດັງ ແລະ ສຽງດັງ

-[ບໍ່]ກະທັດຮັດ (ແມ່ນແລ້ວ)
ຂຽນໄຟລ໌ບັນທຶກທີ່ຫນາແຫນ້ນ

- ກໍາລັງ (-1)
ພິມກຳລັງທັງໝົດທີ່ໃຫຍ່ກວ່ານີ້ (kJ/mol nm)

-[ບໍ່]reprod (ບໍ່ມີ)
ພະຍາຍາມຫຼີກເວັ້ນການເພີ່ມປະສິດທິພາບທີ່ມີຜົນກະທົບຕໍ່ການສືບພັນຂອງຄູ່

-cpt (15​)
ຊ່ວງເວລາດ່ານ (ນາທີ)

-[ບໍ່]cpnum (ບໍ່ມີ)
ເກັບຮັກສາແລະຈໍານວນໄຟລ໌ດ່ານ

-[ບໍ່] ຕື່ມໃສ່ (ແມ່ນແລ້ວ)
ຕື່ມໃສ່ກັບໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຜ່ານມາເມື່ອສືບຕໍ່ຈາກຈຸດກວດກາແທນທີ່ຈະເພີ່ມ
ຈໍາ​ນວນ​ພາກ​ສ່ວນ​ຈໍາ​ລອງ​ກັບ​ຊື່​ໄຟລ​໌​ທັງ​ຫມົດ​

-nsteps (-2)
ດໍາເນີນການຈໍານວນຂັ້ນຕອນນີ້, overrides ທາງເລືອກໄຟລ໌ .mdp (-1 ຫມາຍຄວາມວ່າບໍ່ມີຂອບເຂດ, -2 ຫມາຍຄວາມວ່າ
ໃຊ້ທາງເລືອກ mdp, ຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າບໍ່ຖືກຕ້ອງ)

-ສູງສຸດ (-1)
ຢຸດຫຼັງຈາກ 0.99 ເວລານີ້ (ຊົ່ວໂມງ)

- ຫຼາຍ (0​)
ເຮັດຫຼາຍໆ simulations ໃນຂະຫນານ

- ຊັບຊ້ອນ (0​)
ພະຍາຍາມແລກປ່ຽນແບບຈໍາລອງແຕ່ລະໄລຍະກັບໄລຍະເວລານີ້ (ຂັ້ນຕອນ)

- ຕໍ່ໄປ (0​)
ຈໍານວນການແລກປ່ຽນແບບສຸ່ມເພື່ອປະຕິບັດແຕ່ລະໄລຍະການແລກປ່ຽນ (N^3 ແມ່ນຫນຶ່ງ
ຄໍາແນະນໍາ). -nex zero ຫຼືບໍ່ໄດ້ລະບຸໃຫ້ການແລກປ່ຽນແບບຈໍາລອງຂອງເພື່ອນບ້ານ.

- ເບ້ຍ (-1)
ແກ່ນສໍາລັບການແລກປ່ຽນແບບຈໍາລອງ, -1 ແມ່ນສ້າງເມັດພັນ

ໃຊ້ mdrun_mpi_d.mpich ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ການບໍລິການ onworks.net