mhap - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

mhap - ລໍາດັບ probabilistic ທັບຊ້ອນກັນ

ລາຍລະອຽດ

ກະລຸນາຕັ້ງ -s ຫຼື -p ທາງເລືອກ. ເບິ່ງຕົວເລືອກຂ້າງລຸ່ມນີ້: MHAP: MinHash Alignment Protocol.
ເຄື່ອງ​ມື​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຊອກ​ຫາ​ການ​ທັບ​ຊ້ອນ​ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ການ​ອ່ານ​ຍາວ (ເຊັ່ນ PacBio ຫຼື Nanopore​) ໃນ
ຊີວະວິທະຍາ.

ເວີຊັນ: 1.6, ເວລາສ້າງ: 09/12/2015 11:46 PM ການນໍາໃຊ້ 1 (ປະຕິບັດໂດຍກົງ): java
server -Xmx - ກະປ໋ອງ -s[-ກ
file>] [-f ] ການນໍາໃຊ້ 2 (ສ້າງ precomputed
binaries): java server -Xmx - ກະປ໋ອງ -p
-q [-f ]

--ການຈັດວາງ, default = false
ທາງເລືອກໃນການທົດລອງ.

--alignment-offset, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = -0.535
ຄ່າຊົດເຊີຍເພື່ອບັນຊີສໍາລັບຄວາມແຕກຕ່າງໃນຄະແນນກົງກັນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.

--alignment-ຄະແນນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1.0E-6
ຄະ​ແນນ​ຕັດ​ອອກ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ແຂ່ງ​ຂັນ​.

--filter-threshold, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1.0E-5
[double], ການຕັດອອກທີ່ k-mer ໃນໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ k-mer ຖືກພິຈາລະນາ
ຊ້ຳໆ. ຄ່ານີ້ສໍາລັບ k-mer ສະເພາະແມ່ນລະບຸໄວ້ໃນຖັນທີສອງໃນ
ໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ. ຖ້າບໍ່ມີໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງໃຫ້, ທາງເລືອກນີ້ຈະຖືກລະເລີຍ.

- ຊ່ວຍ, default = false
ສະແດງເມນູຊ່ວຍເຫຼືອ.

--max-shift, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.2
[double], ຂະຫນາດຂອງພາກພື້ນໄປທາງຊ້າຍແລະຂວາຂອງການທັບຊ້ອນທີ່ຄາດຄະເນ, ຕາມທີ່ໄດ້ມາ
ຈາກການປ່ຽນແປງປານກາງ ແລະຄວາມຍາວຂອງລຳດັບ, ບ່ອນທີ່ການຈັບຄູ່ k-mer ຍັງຢູ່
ຖືວ່າຖືກຕ້ອງ. ການກັ່ນຕອງຂັ້ນຕອນທີສອງເທົ່ານັ້ນ.

--min-store-length, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0
[int], ຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດທີ່ອ່ານຖືກເກັບໄວ້ໃນກ່ອງ. ໃຊ້ເພື່ອກັ່ນຕອງອອກ
ອ່ານສັ້ນຈາກໄຟລ໌ FASTA.

--nanopore-ໄວ, default = false
ກໍານົດພາລາມິເຕີທັງຫມົດສໍາລັບການຕັ້ງຄ່າໄວ Nanopore. ນີ້ແມ່ນດີທີ່ສຸດໃນປະຈຸບັນ
ການຊີ້ນໍາ, ແລະສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ທຸກເວລາໂດຍບໍ່ມີການເຕືອນ.

--ບໍ່ມີຕົວຕົນ, default = false
ຢ່າຄິດໄລ່ການທັບຊ້ອນກັນລະຫວ່າງລໍາດັບພາຍໃນກ່ອງ. ຄວນຖືກນໍາໃຊ້ໃນເວລາທີ່
ໄປຫາແລະຈາກລໍາດັບແມ່ນມາຈາກໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

--num-hashes, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 512
[int], ຈໍານວນ min-mers ທີ່ຈະໃຊ້ໃນ MinHashing.

--num-min-ກົງກັນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 3
[int], ຕໍາ່ສຸດທີ່ # min-mer ທີ່ຕ້ອງຖືກແບ່ງປັນກ່ອນທີ່ຈະຄິດໄລ່ການກັ່ນຕອງຂັ້ນຕອນທີສອງ.
ລຳດັບໃດໆກໍຕາມທີ່ຕ່ຳກວ່າຄ່ານັ້ນແມ່ນຖືວ່າບໍ່ທັບຊ້ອນກັນ.

--num-threads, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 12
[int], ຈໍານວນຂອງກະທູ້ທີ່ຈະໃຊ້ສໍາລັບການຄິດໄລ່. ໂດຍປົກກະຕິແລ້ວຕັ້ງເປັນ 2 x #cores.

--pacbio-ໄວ, default = false
ກໍານົດພາລາມິເຕີທັງຫມົດສໍາລັບການຕັ້ງຄ່າໄວ PacBio. ນີ້ແມ່ນດີທີ່ສຸດໃນປະຈຸບັນ
ການຊີ້ນໍາ, ແລະສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ທຸກເວລາໂດຍບໍ່ມີການເຕືອນ.

--pacbio-sensitive, default = false
ກໍານົດພາລາມິເຕີທັງຫມົດສໍາລັບການຕັ້ງຄ່າທີ່ລະອຽດອ່ອນ PacBio. ນີ້ແມ່ນດີທີ່ສຸດໃນປະຈຸບັນ
ການຊີ້ນໍາ, ແລະສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ທຸກເວລາໂດຍບໍ່ມີການເຕືອນ.

--store-full-id, default = false
ເກັບຮັກສາ ID ເຕັມທີ່ເຫັນຢູ່ໃນໄຟລ໌ FASTA, ແທນທີ່ຈະເກັບຮັກສາພຽງແຕ່ລໍາດັບ
ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ໃນ​ໄຟລ​໌​. ບາງໄຟລ໌ FASTA ມີ IDS ຍາວ, ເຮັດໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບຊ້າລົງ.
ຕົວເລືອກນີ້ຖືກລະເລີຍເມື່ອໃຊ້ຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ຖືກບີບອັດ.

-- ເກນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.04
[double], ຂອບເຂດຄວາມຄ້າຍຄືກັນຂອງຄະແນນຕັດອອກສໍາລັບຂັ້ນຕອນທີສອງການຈັດລຽງ - merge
ການກັ່ນຕອງ. ນີ້ແມ່ນອີງໃສ່ຕົວເລກສະເລ່ຍຂອງ k-mers ທີ່ກົງກັນໃນການທັບຊ້ອນກັນ
ພາກພື້ນ.

- ການປ່ຽນແປງ, default = false
ສະແດງສະບັບແລະເວລາສ້າງ.

-- ນໍ້າໜັກ, default = false
ປະຕິບັດ MinHashing ນ້ໍາຫນັກ.

-f, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ""
ໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ k-mer ທີ່ໃຊ້ສໍາລັບການກັ່ນຕອງອອກ k-mers ຊ້ໍາຊ້ອນສູງ. ຕ້ອງໄດ້ຮັບການຈັດຮຽງ
ໃນລໍາດັບ descending ຂອງຄວາມຖີ່ (ຖັນທີສອງ).

-h, default = false
ສະແດງເມນູຊ່ວຍເຫຼືອ.

-k, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 16
[int], ຂະຫນາດ k-mer ໃຊ້ສໍາລັບ MinHashing. ຂະຫນາດ k-mer ສໍາລັບການກັ່ນຕອງຂັ້ນຕອນທີສອງແມ່ນ
ແຍກຕ່າງຫາກ, ແລະບໍ່ສາມາດແກ້ໄຂໄດ້.

-p, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ""
ໃຊ້ 2 ເທົ່ານັ້ນ. ໄດເລກະທໍລີທີ່ມີໄຟລ໌ FASTA ທີ່ຄວນຈະຖືກປ່ຽນເປັນ
ຮູບແບບຖານສອງສໍາລັບການເກັບຮັກສາ.

-q, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ""
ການ​ນໍາ​ໃຊ້ 1​: ໄຟລ​໌ FASTA ຂອງ​ການ​ອ່ານ​, ຫຼື​ລະ​ບົບ​ຂອງ​ໄຟລ​໌​, ທີ່​ຈະ​ຖືກ​ປຽບ​ທຽບ​ກັບ​
ຊຸດອ່ານຢູ່ໃນກ່ອງ (ເບິ່ງ -s). ການນໍາໃຊ້ 2: ໄດເລກະທໍລີຜົນຜະລິດສໍາລັບຖານສອງ
ຟໍແມັດໄຟລ໌ dat.

-s, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ""
ໃຊ້ 1 ເທົ່ານັ້ນ. ໄຟລ໌ FASTA ຫຼື binary dat (ເບິ່ງການນໍາໃຊ້ 2) ຂອງການອ່ານທີ່ຈະເປັນ
ເກັບໄວ້ໃນກ່ອງຫນຶ່ງ, ແລະການອ່ານຕໍ່ໄປທັງຫມົດຈະຖືກປຽບທຽບກັບ.

ໃຊ້ mhap ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net