gmx-സ്പേഷ്യൽ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-സ്പേഷ്യൽ - സ്പേഷ്യൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ഫംഗ്ഷൻ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx സ്പേഷ്യൽ [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-[ഇല്ല]pbc]
[-[ഇല്ല] ഡിവി] [-ign ] [-ബിൻ ] [-നബ് ]

വിവരണം

gmx സ്പാഷ്യൽ സ്പേഷ്യൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ഫംഗ്‌ഷൻ കണക്കാക്കുകയും അത് കഴിയുന്ന ഒരു രൂപത്തിൽ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
Gaussian98 ക്യൂബ് ഫോർമാറ്റായി VMD വായിക്കും. 32,000 ആറ്റങ്ങളും ഒരു 50 എൻ.എസ്
പാത, ഏകദേശം 30 മിനിറ്റിനുള്ളിൽ SDF സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും, കൂടുതൽ സമയവും നീക്കിവച്ചിരിക്കുന്നു
രണ്ടിലേക്ക് trjconv എല്ലാം ശരിയായി കേന്ദ്രീകരിക്കാൻ അത് ആവശ്യമാണ്. ഈ
ഒരു കൂട്ടം സ്ഥലവും എടുക്കുന്നു (ട്രാജക്ടറി ഫയലിന്റെ 3 പകർപ്പുകൾ). എന്നിട്ടും ചിത്രങ്ങൾ
ഘടിപ്പിച്ച തിരഞ്ഞെടുപ്പ് ശരിയായി നടത്തുമ്പോൾ മനോഹരവും വളരെ വിജ്ഞാനപ്രദവുമാണ്. 3-4 ആറ്റങ്ങൾ
വ്യാപകമായി മൊബൈൽ ഗ്രൂപ്പ് (ലായനിയിൽ ഒരു സ്വതന്ത്ര അമിനോ ആസിഡ് പോലെ) നന്നായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു, അല്ലെങ്കിൽ തിരഞ്ഞെടുക്കുക
ലായകത്തിന്റെ SDF ലഭിക്കുന്നതിന് സ്ഥിരതയുള്ള മടക്കിയ ഘടനയിലുള്ള പ്രോട്ടീൻ നട്ടെല്ല്
സമയ-ശരാശരി പരിഹാര ഷെൽ. ഈ പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് എസ്ഡിഎഫ് സൃഷ്ടിക്കാനും സാധിക്കും
ചില അനിയന്ത്രിതമായ കാർട്ടീഷ്യൻ കോർഡിനേറ്റ് അടിസ്ഥാനമാക്കി. അത് ചെയ്യുന്നതിന്, പ്രിലിമിനറി ഒഴിവാക്കുക gmx
trjconv ഘട്ടങ്ങൾ.

ഉപയോഗം:

1. ഉപയോഗിക്കുക gmx make_ndx നിങ്ങൾക്ക് SDF ആവശ്യമുള്ള ആറ്റങ്ങൾ അടങ്ങിയ ഒരു ഗ്രൂപ്പ് സൃഷ്ടിക്കാൻ

2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -ബോക്സ്സെന്റർ ട്രിക്ക് -നമ്മുടെ ഒതുക്കമുള്ള -pbc ആരും

3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng - അനുയോജ്യം ചെംചീയൽ+ട്രാൻസ്

4. ഓടുക gmx സ്പാഷ്യൽ ന് c.tng ഘട്ടം #3 ന്റെ ഔട്ട്പുട്ട്.

5. ലോഡ് ഗ്രിഡ്.ക്യൂബ് വിഎംഡിയിലേക്ക് ഒരു ഐസോസർഫേസ് ആയി കാണുക.

കുറിപ്പ് മൈക്കലുകൾ പോലുള്ള സംവിധാനങ്ങൾ ആവശ്യമായി വരും gmx trjconv -pbc ക്ലസ്റ്റർ 1 ഘട്ടങ്ങൾക്കിടയിൽ
ഒപ്പം 2.

മുന്നറിയിപ്പുകൾ
പൂജ്യമല്ലാത്ത എല്ലാ ബിന്നുകളും അടങ്ങുന്ന ഒരു ക്യൂബിനായി SDF ജനറേറ്റുചെയ്യും
താമസം. എന്നിരുന്നാലും, തയ്യാറെടുപ്പ് - അനുയോജ്യം ചെംചീയൽ+ട്രാൻസ് ഓപ്ഷൻ gmx trjconv അത് സൂചിപ്പിക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ സിസ്റ്റം ബഹിരാകാശത്ത് കറങ്ങുകയും വിവർത്തനം ചെയ്യുകയും ചെയ്യും (തിരഞ്ഞെടുത്ത ഗ്രൂപ്പ് ക്രമത്തിൽ
ഇല്ല). അതിനാൽ തിരികെ നൽകുന്ന മൂല്യങ്ങൾ ചില പ്രദേശങ്ങൾക്ക് മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ
നിങ്ങളുടെ സെൻട്രൽ ഗ്രൂപ്പിന് ചുറ്റും/കോർഡിനേറ്റ് മുഴുവനായും സിസ്റ്റം വോളിയവുമായി പൂർണ്ണമായി ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്നു
പാതയുടെ ഗതിയിൽ മുഴുവൻ വിവർത്തനം ചെയ്ത/ഭ്രമണം ചെയ്ത സിസ്റ്റം. വരെ ആണ്
ഇത് അങ്ങനെയാണെന്ന് ഉറപ്പാക്കാൻ ഉപയോക്താവ്.

അപകടസാധ്യത ഓപ്ഷനുകൾ
ആവശ്യമായ സ്ഥലത്തിന്റെയും സമയത്തിന്റെയും അളവ് കുറയ്ക്കുന്നതിന്, നിങ്ങൾക്ക് കോർഡുകൾ മാത്രമേ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യാൻ കഴിയൂ
ആദ്യത്തേതും തുടർന്നുള്ളതുമായ ഓട്ടത്തിൽ ഉപയോഗിക്കാൻ പോകുന്നു gmx trjconv. എന്നിരുന്നാലും, ഉറപ്പാക്കുക
സജ്ജമാക്കുക -നബ് ക്യൂബ് ബിന്നുകൾക്ക് മെമ്മറി അനുവദിച്ചിരിക്കുന്നതിനാൽ ആവശ്യത്തിന് ഉയർന്ന മൂല്യമുള്ള ഓപ്ഷൻ
പ്രാരംഭ കോർഡിനേറ്റുകൾ അടിസ്ഥാനമാക്കി -നബ് ഓപ്ഷൻ മൂല്യം.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-[ഇല്ല]pbc (അല്ല)
ദൂരങ്ങൾ കണക്കാക്കുന്നതിന് ആനുകാലിക അതിർത്തി വ്യവസ്ഥകൾ ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] ഡിവി (അതെ)
ആറ്റങ്ങൾ/മിനിമൽ ക്യൂബ് അടിസ്ഥാനമാക്കി ബിൻ ഒക്യുപൻസികൾക്കായി ഡിവൈസർ കണക്കാക്കി പ്രയോഗിക്കുക
വലിപ്പം. ദൃശ്യവൽക്കരണത്തിനായി TRUE ആയും FALSE ആയും സജ്ജമാക്കുക (-നോഡിവ്) കൃത്യമായ കണക്കുകൾ ലഭിക്കുന്നതിന്
ഓരോ ഫ്രെയിമിനും

-ign (-ക്സനുമ്ക്സ)
പുറം ക്യൂബുകളുടെ ഈ എണ്ണം പ്രദർശിപ്പിക്കരുത് (പോസിറ്റീവ് മൂല്യങ്ങൾ അതിർത്തി കുറച്ചേക്കാം
പുള്ളികൾ; -1 പുറം ഉപരിതലം ദൃശ്യമാണെന്ന് ഉറപ്പാക്കുന്നു)

-ബിൻ (0.05)
ബിന്നുകളുടെ വീതി (nm)

-നബ് (4)
ശരിയായ മെമ്മറി അലോക്കേഷൻ ഉറപ്പാക്കാൻ അധിക ബിന്നുകളുടെ എണ്ണം

അറിയപ്പെടുന്നത് ISSUES

· അനുവദിച്ച മെമ്മറി വേണ്ടത്ര വലുതല്ലെങ്കിൽ, ഒരു സെഗ്മെന്റേഷൻ തകരാർ സംഭവിക്കാം. ഇതാണ്
സാധാരണയായി കണ്ടെത്തി, ഒരു മുന്നറിയിപ്പ് പ്രദർശിപ്പിക്കുമ്പോൾ പിശകിന് മുമ്പ് പ്രോഗ്രാം നിർത്തുന്നു
ഉപയോഗം നിർദ്ദേശിക്കുന്ന സന്ദേശം -നബ് (അധിക ബിന്നുകളുടെ എണ്ണം) ഓപ്ഷൻ. എന്നിരുന്നാലും, ദി
പ്രോഗ്രാം അത്തരം സംഭവങ്ങളെല്ലാം കണ്ടെത്തുന്നില്ല. നിങ്ങൾ ഒരു സെഗ്മെന്റേഷൻ തകരാർ നേരിടുകയാണെങ്കിൽ, അത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക
വീണ്ടും വർദ്ധിച്ചു -നബ് മൂല്യം.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-സ്പേഷ്യൽ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക