gt-gff3 - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gt-gff3 - GFF3 ഫയലുകൾ പാഴ്‌സ് ചെയ്യുക, രൂപാന്തരപ്പെടുത്തുക, ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുക.

സിനോപ്സിസ്

gt gff3 [ഓപ്ഷൻ ...] [GFF3_file ...]

വിവരണം

- അടുക്കുക [അതെ|ഇല്ല]
GFF3 സവിശേഷതകൾ അടുക്കുക (മെമ്മറി ഉപഭോഗം ഇൻപുട്ട് ഫയൽ വലുപ്പത്തിന് (ങ്ങൾക്ക്) ആനുപാതികമാണ്)
(സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

- സോർട്ട് ലൈനുകൾ [അതെ|ഇല്ല]
GFF3 സവിശേഷതകൾ കർശനമായ രേഖാടിസ്ഥാനത്തിൽ അടുക്കുക (GenomeTools നിർവചിച്ച പ്രകാരം തരംതിരിച്ചിട്ടില്ല)
(സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-സോർട്ട്നം [അതെ|ഇല്ല]
സീക്വൻസ് മേഖലകൾക്കായി സ്വാഭാവിക സംഖ്യാ ക്രമപ്പെടുത്തൽ പ്രാപ്തമാക്കുക (നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത് പോലെ അടുക്കിയിട്ടില്ല
GenomeTools) (ഡിഫോൾട്ട്: ഇല്ല)

-വൃത്തിയായി [അതെ|ഇല്ല]
പാഴ്‌സിംഗ് സമയത്ത് GFF3 ഫയലുകൾ വൃത്തിയാക്കാൻ ശ്രമിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

- retainids [അതെ|ഇല്ല]
ലഭ്യമാകുമ്പോൾ, ഉറവിട ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന യഥാർത്ഥ ഐഡികൾ ഉപയോഗിക്കുക (മെമ്മറി ഉപഭോഗം
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ വലുപ്പം(കൾ)) ആനുപാതികമാണ് (ഡിഫോൾട്ട്: ഇല്ല)

-ചെക്കിഡുകൾ [അതെ|ഇല്ല]
ഓരോ GFF3_file-ന്റെയും പരിധിയിൽ ആവശ്യാനുസരണം ഐഡി ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ അദ്വിതീയമാണെന്ന് ഉറപ്പാക്കുക
GFF3 സ്പെസിഫിക്കേഷൻ പ്രകാരം (മെമ്മറി ഉപഭോഗം ഇൻപുട്ട് ഫയൽ വലുപ്പത്തിന് (ങ്ങൾക്ക്) ആനുപാതികമാണ്).
ഒരേ പാരന്റ് ആട്രിബ്യൂട്ട് ഉള്ള ഫീച്ചറുകൾ a കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ # GFF3 ലൈൻ ചെയ്യുക
പാർസർ അവയെ ഒരു മൾട്ടി-ലൈൻ ഫീച്ചറായി പരിഗണിക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്നു. ഇതിന് കുറഞ്ഞത് പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ ആവശ്യമാണ്
സീക്വൻസ് ഐഡികളും തരങ്ങളും. (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

- കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു [അതെ|ഇല്ല]
നഷ്ടപ്പെട്ട "##സീക്വൻസ്-മേഖല" വരികൾ സ്വയമേവ ചേർക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: അതെ)

-പ്രദേശ അതിർത്തികൾ പരിഹരിക്കുക [അതെ|ഇല്ല]
"##sequence-region" ലൈനുകൾ അവയുടെ എല്ലാ സവിശേഷതകളും (മെമ്മറി) ഉൾക്കൊള്ളുന്നതിനായി സ്വയമേവ ക്രമീകരിക്കുക
ഉപഭോഗം ഇൻപുട്ട് ഫയൽ വലുപ്പത്തിന് ആനുപാതികമാണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-അഡിൻട്രോണുകൾ [അതെ|ഇല്ല]
നിലവിലുള്ള എക്സോൺ സവിശേഷതകൾക്കിടയിൽ ഇൻട്രോൺ സവിശേഷതകൾ ചേർക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ഓഫ്സെറ്റ് [മൂല്യം]
നൽകിയിരിക്കുന്ന ഓഫ്‌സെറ്റ് ഉപയോഗിച്ച് എല്ലാ സവിശേഷതകളും പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

-ഓഫ്സെറ്റ് ഫയൽ [ഫയലിന്റെ പേര്]
ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ഓഫ്‌സെറ്റുകൾ ഉപയോഗിച്ച് എല്ലാ സവിശേഷതകളും പരിവർത്തനം ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-സെറ്റ് സോഴ്സ് [സ്ട്രിംഗ്]
സജ്ജമാക്കുക ഉറവിടം ഓരോ ഫീച്ചറിന്റെയും മൂല്യം (രണ്ടാമത്തെ കോളം) (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിച്ചിട്ടില്ല)

- ടൈപ്പ് ചെക്ക് [സ്ട്രിംഗ്]
രക്ഷാകർതൃ-കുട്ടി ബന്ധങ്ങൾ സാധൂകരിക്കുന്നതിന് OBO ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ഒരു ഓന്റോളജി ഉപയോഗിക്കുക. അല്ലെങ്കിൽ
ആർഗ്യുമെന്റ് നൽകിയിരിക്കുന്നു, gtdata/obo_files ഡയറക്ടറിയിൽ നിന്നുള്ള sofa.obo ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു. എങ്കിൽ
ഒരു ആർഗ്യുമെന്റ് നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഇത് ഒരു OBO ഫയൽനാമമായി ഉപയോഗിക്കുന്നു. അത്തരമൊരു ഫയൽ ചെയ്യുന്ന സാഹചര്യത്തിൽ
നിലവിലില്ല .ഓബോ ആർഗ്യുമെന്റിലേക്ക് ചേർത്തു, ഫലമായുണ്ടാകുന്ന ഫയലിന്റെ പേര് ലോഡുചെയ്യുന്നു
gtdata/obo_files ഡയറക്ടറി പരീക്ഷിച്ചു. (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കപ്പെട്ടിട്ടില്ല)

-xrfcheck [സ്ട്രിംഗ്]
a അനുസരിച്ച് ശരിയായ വാക്യഘടനയ്ക്കായി Dbxref, Ontology_term ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ പരിശോധിക്കുക
സംക്ഷിപ്ത നിർവചന ഫയൽ. ആർഗ്യുമെന്റ് നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, GO.xrf_abbs ഫയൽ
gtdata/xrf_abbr ഡയറക്ടറി ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഒരു ആർഗ്യുമെന്റ് നൽകിയാൽ, അത് പ്രത്യേകമായി ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഒരു ചുരുക്കെഴുത്തിനുള്ള ഫയലിന്റെ പേര്. അത്തരമൊരു ഫയൽ നിലവിലില്ലെങ്കിൽ,
.xrf_abbr ആർഗ്യുമെന്റിലേക്ക് ചേർത്തു, ഫലമായുണ്ടാകുന്ന ഫയലിന്റെ പേര് ലോഡുചെയ്യുന്നു
gtdata/xrf_abbr ഡയറക്ടറി പരീക്ഷിച്ചു. (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കപ്പെട്ടിട്ടില്ല)

- കാണിക്കുക [അതെ|ഇല്ല]
GFF3 ഔട്ട്പുട്ട് കാണിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: അതെ)

-v [അതെ|ഇല്ല]
വാചാലനായിരിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

- വീതി [മൂല്യം]
ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസ് പ്രിന്റിംഗിനായി ഔട്ട്പുട്ട് വീതി സജ്ജമാക്കുക (0 ഫോർമാറ്റിംഗ് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു) (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0)

-o [ഫയലിന്റെ പേര്]
നിർദ്ദിഷ്ട ഫയലിലേക്ക് ഔട്ട്പുട്ട് റീഡയറക്ട് ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-ജിസിപ്പ് [അതെ|ഇല്ല]
gzip കംപ്രസ് ചെയ്ത ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ എഴുതുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-bzip2 [അതെ|ഇല്ല]
bzip2 കംപ്രസ് ചെയ്ത ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ എഴുതുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ശക്തിയാണ് [അതെ|ഇല്ല]
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിലേക്ക് എഴുതാൻ നിർബന്ധിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ഹെൽപ്പ്
സഹായം പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുക

-പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുക

ഓപ്‌ഷനുള്ള ഫയൽ ഫോർമാറ്റ് -ഓഫ്സെറ്റ് ഫയൽ:

ഫയൽ ഓപ്‌ഷനിലേക്ക് നൽകി -ഓഫ്സെറ്റ് ഫയൽ "ഓഫ്സെറ്റുകൾ" എന്ന് പേരുള്ള ഒരു മാപ്പിംഗ് ടേബിൾ നിർവ്വചിക്കുന്നു. ഇത് മാപ്പ് ചെയ്യുന്നു
ഓഫ്‌സെറ്റുകളിലേക്ക് GFF3_file-ൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന സീക്വൻസ്-റീജിയൻ എൻട്രികൾ. എന്ന് നിർവചിക്കാം
താഴെ:

ഓഫ്സെറ്റുകൾ = {
chr1 = 1000,
chr2 = 500
}

ഈ ഉദാഹരണം ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, seqid “chr1” ഉള്ള എല്ലാ സവിശേഷതകളും 1000 കൊണ്ട് ഓഫ്സെറ്റ് ചെയ്യും
seqid "chr2" ബൈ 500 ഉള്ള സവിശേഷതകൾ.

If -ഓഫ്സെറ്റ് ഫയൽ ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്നു, നൽകിയിരിക്കുന്ന GFF3 ഫയലുകളിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന എല്ലാ സീക്വൻസ് റീജിയണുകളുടെയും ഓഫ്സെറ്റുകൾ
നിർവചിക്കേണ്ടതുണ്ട്.

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ

ബഗുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gt-gff3 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക