നരകം - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഇൻഫേർണൽ - ആർഎൻഎ സീക്വൻസിന്റെയും ദ്വിതീയ ഘടനയുടെയും പ്രൊഫൈലുകൾ ഉപയോഗിച്ചുള്ള അനുക്രമ വിശകലനം
സമവായമുണ്ടാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

cmalign
ഒരു കോവേരിയൻസ് മോഡലിലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുക

cmbuild
ഘടനാപരമായി വ്യാഖ്യാനിച്ച RNA മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസിൽ നിന്ന് കോവേരിയൻസ് മോഡൽ(കൾ) നിർമ്മിക്കുക
വിന്യാസം(കൾ)

cmcalibrate
കോവേരിയൻസ് മോഡൽ ഇ-വാല്യൂ നിർണ്ണയത്തിനായി എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ടെയിൽസ് ഫിറ്റ് ചെയ്യുക

സെന്റീമീറ്റർ
Infernal covariance മോഡൽ ഫയലുകൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

cmemit
ഒരു കോവേറിയൻസ് മോഡലിൽ നിന്നുള്ള സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകൾ

cmfetch
ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന് കോവേരിയൻസ് മോഡൽ(കൾ) വീണ്ടെടുക്കുക

cmpress
cmscan-നായി ഒരു covariance model ഡാറ്റാബേസ് തയ്യാറാക്കുക

cmscan
ഒരു കോവേരിയൻസ് മോഡൽ ഡാറ്റാബേസിനെതിരെയുള്ള സീക്വൻസ്(കൾ) തിരയുക

സെമീ സെർച്ച്
ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ കോവേരിയൻസ് മോഡൽ(കൾ) തിരയുക

cmstat
ഒരു കോവേരിയൻസ് മോഡൽ ഫയലിനായുള്ള സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ

വിവരണം

സ്ട്രക്ചറൽ ആർഎൻഎ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റിനും ഡാറ്റാബേസിനും വേണ്ടിയുള്ള നിരവധി പ്രോഗ്രാമുകളുടെ ഒരു സ്യൂട്ടാണ് ഇൻഫെർണൽ.
ഹോമോളജി തിരയൽ. ഇത് "കോവേറിയൻസ് മോഡലുകൾ" (CMs) എന്ന് വിളിക്കുന്ന പ്രോബബിലിസ്റ്റിക് മോഡലുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഒന്നിലധികം വിന്യാസത്തിന്റെ (അല്ലെങ്കിൽ ഒറ്റ ശ്രേണിയുടെ) സാധ്യതയുള്ള പരിണാമ ഹോമോലോഗുകളെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു
ഒരു ഘടനാപരമായ RNA സീക്വൻസ് കുടുംബം.

ആർ‌എൻ‌എ കുടുംബങ്ങളുടെയും അനുബന്ധ മുഖ്യമന്ത്രിമാരുടെയും Rfam ഡാറ്റാബേസിനൊപ്പം
(http://rfam.sanger.ac.uk), അറിയപ്പെടുന്ന ഘടനാപരമായ ഹോമോലോഗുകൾ വ്യാഖ്യാനിക്കാൻ ഇൻഫേർണൽ ഉപയോഗിക്കാം
ജീനോമുകളിലെ ആർഎൻഎ കുടുംബങ്ങൾ.

സീക്വൻസ് ഫാമിലി അനാലിസിസ് ഉപയോഗിക്കുന്നതിനുള്ള HMMER സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ സ്യൂട്ടുമായി ഇൻഫെർണൽ അടുത്ത ബന്ധമുള്ളതാണ്
പ്രൊഫൈൽ HMMs (http://hmmer.org), എന്നാൽ ഘടനാപരമായ RNA ക്രമത്തിന് വേണ്ടി പ്രത്യേകം രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിട്ടുള്ളതാണ്
കുടുംബങ്ങൾ. പ്രൊഫൈൽ HMM-കൾ ചെയ്യുന്നതുപോലെ ഒരു കുടുംബത്തിന്റെ സംരക്ഷിത ശ്രേണിയെ മാതൃകയാക്കുന്നതിനു പുറമേ,
മുഖ്യമന്ത്രിമാർ കുടുംബത്തിന്റെ സംരക്ഷിത, നന്നായി-നെസ്റ്റഡ് (നോൺ-സെഡോക്നോട്ടഡ്) ദ്വിതീയ ഘടനയെ മാതൃകയാക്കുന്നു
നന്നായി. തൽഫലമായി, CM തിരയലും വിന്യാസ രീതികളും താരതമ്യേന കണക്കുകൂട്ടലിലാണ്
ചെലവേറിയ. ഇൻഫെർണൽ പ്രൊഫൈൽ HMM-കൾ ഫിൽട്ടറുകളായും നിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള നിയന്ത്രണങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കുന്നതിനും ഉപയോഗിക്കുന്നു
മുഖ്യമന്ത്രി രീതികൾ കൂടുതൽ പ്രായോഗികമാണ്.

ഇൻഫെർണൽ മൂന്ന് പ്രധാന മോഡുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു: പുതിയ ഹോമോലോഗുകൾക്കായി ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് തിരയാൻ
RNA കുടുംബം (അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ജീനോമിലെ ഹോമോലോഗുകൾ വ്യാഖ്യാനിക്കുക); ഒരു CM ഡാറ്റാബേസ് തിരയാൻ (Rfam പോലെ) കണ്ടെത്തുന്നതിന്
ഏത് കുടുംബത്തിൽ പെട്ടതാണ് ഒരു അന്വേഷണ ക്രമം; സ്വയമേവ വലുതായി നിർമ്മിക്കാനും
ഒരു CM ഉപയോഗിച്ച് ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ (അതായത്, പരിധിയില്ലാത്ത എണ്ണം ക്രമങ്ങളോടെ).
ഒരു സീക്വൻസ് കുടുംബത്തിന്റെ പ്രതിനിധി.

നിങ്ങൾക്ക് ഒരു ആർഎൻഎ ശ്രേണിയുടെ ഘടനാപരമായി വ്യാഖ്യാനിച്ച ഒന്നിലധികം ശ്രേണി വിന്യാസം ഉണ്ടെന്ന് കരുതുക.
താൽപ്പര്യമുള്ള കുടുംബം, അധിക ഹോമോലോഗുകൾക്കായി നിങ്ങൾ ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് തിരയാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു.
ദി cmbuild മൾട്ടിപ്പിൾ അലൈൻമെന്റ്(കളിൽ) നിന്നും കോവേറിയൻസ് മോഡൽ(കൾ) പ്രോഗ്രാം നിർമ്മിക്കുന്നു cmcalibrate
ഡാറ്റാബേസിന്റെ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ പ്രാധാന്യം കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള പ്രധാന പാരാമീറ്ററുകൾ നിർണ്ണയിക്കുന്നു
തുടർന്നുള്ള തിരയലുകളിൽ മോഡലിലേക്ക് ഹിറ്റുകൾ.

ദി സെമീ സെർച്ച് പ്രോഗ്രാം ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ CM(കൾ) തിരയുന്നു.

ഇൻഫെർണൽ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള CM ഡാറ്റാബേസ് ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് വിശകലനം ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന സീക്വൻസ്(കൾ) ഉണ്ടെന്ന് കരുതുക
Rfam പോലെ (http://rfam.sanger.ac.uk). എസ് cmpress പ്രോഗ്രാം ഒരു കോവേരിയൻസ് മോഡൽ ഫോർമാറ്റ് ചെയ്യുന്നു
(നിങ്ങൾ Rfam-ൽ നിന്ന് ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുന്ന ഫയൽ പോലുള്ളവ) ഒരു ഇൻഫെർണൽ ബൈനറി ഡാറ്റാബേസിലേക്ക്. ദി
cmscan പ്രോഗ്രാം ആ ഡാറ്റാബേസിനെതിരായ ക്രമം(കൾ) തിരയുന്നു.

നിങ്ങൾക്ക് ധാരാളം സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കണമെന്ന് കരുതുക. നിങ്ങൾക്ക് കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ കഴിയുന്ന ഒരു ചെറിയ ഭാഗം നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും
ഒരു പ്രാതിനിധ്യ സീക്വൻസുകളുടെ ഘടനാപരമായ വിന്യാസം, ഒരു മുഖ്യമന്ത്രി നിർമ്മിക്കുക സെന്റീമീറ്റർ ബിൽഡ്, ഒപ്പം
ഉപയോഗിക്കുക cmalign ആ മുഖ്യമന്ത്രിയുമായി എത്ര സീക്വൻസുകൾ വേണമെങ്കിലും വിന്യസിക്കുന്നതിനുള്ള പ്രോഗ്രാം.

വലിയ CM ഡാറ്റാബേസുകളിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നതിനുള്ള ചില സഹായ ഉപകരണങ്ങളും Infernal ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. cmfetch
ഒരു ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് ഒന്നോ അതിലധികമോ മുഖ്യമന്ത്രിമാരെ ലഭ്യമാക്കുന്നു. cmstat ഒരു മുഖ്യമന്ത്രിയെക്കുറിച്ചുള്ള സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ അച്ചടിക്കുന്നു
ഫയൽ.

Infernal-ന്റെ മുൻ പതിപ്പുകളുമായും അതുപോലെ HMMER-മായും അനുയോജ്യതയ്ക്കായി സെന്റീമീറ്റർ
പ്രോഗ്രാം CM ഫയലുകളെ മറ്റ് ചില ഫോർമാറ്റുകളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു.

ദി cmemit ഒരു CM-ൽ നിന്ന് സാമ്പിൾ ചെയ്യുന്നതിലൂടെ പ്രോഗ്രാം "ഹോമോലോഗസ്" സീക്വൻസുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു (അനുകരിക്കുന്നു). അത്
ഒരു "സമവായ" ക്രമം സൃഷ്ടിക്കാനും കഴിയും.

ഓരോ പ്രോഗ്രാമിനും അതിന്റേതായ മാൻ പേജ് ഉണ്ട്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഇൻഫെർണൽ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക