เด‡เด‚เด—เตเดฒเต€เดทเตเดซเตเดฐเดžเตเดšเตเดธเตเดชเดพเดจเดฟเดทเต

Ad


OnWorks เดซเต†เดตเดฟเด•เตเด•เต‹เตบ

เดฒเดฟเตปเดธเดฟ - เด•เตเดฒเต—เดกเดฟเตฝ เด“เตบเดฒเตˆเดจเดฟเตฝ

เด‰เดฌเตเดฃเตเดŸเต เด“เตบเดฒเตˆเตป, เดซเต†เดกเต‹เดฑ เด“เตบเดฒเตˆเตป, เดตเดฟเตปเดกเต‹เดธเต เด“เตบเดฒเตˆเตป เดŽเดฎเตเดฒเต‡เดฑเตเดฑเตผ เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ MAC OS เด“เตบเดฒเตˆเตป เดŽเดฎเตเดฒเต‡เดฑเตเดฑเตผ เดŽเดจเตเดจเดฟเดตเดฏเดฟเดฒเต‚เดŸเต† OnWorks เดธเต—เดœเดจเตเดฏ เดนเต‹เดธเตเดฑเตเดฑเดฟเด‚เด—เต เดชเตเดฐเตŠเดตเตˆเดกเดฑเดฟเตฝ เดฒเดฟเตปเดธเดฟ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเด•เตเด•เตเด•

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ MAC OS เด“เตบเดฒเตˆเตป เดŽเดฎเตเดฒเต‡เดฑเตเดฑเตผ เดŽเดจเตเดจเดฟเด™เตเด™เดจเต†เดฏเตเดณเตเดณ เดžเด™เตเด™เดณเตเดŸเต† เด’เดจเตเดจเดฟเดฒเดงเดฟเด•เด‚ เดธเต—เดœเดจเตเดฏ เด“เตบเดฒเตˆเตป เดตเตผเด•เตเด•เตเดธเตเดฑเตเดฑเต‡เดทเดจเตเด•เดณเดฟเดฒเตŠเดจเตเดจเต เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเต OnWorks เดธเต—เดœเดจเตเดฏ เดนเต‹เดธเตเดฑเตเดฑเดฟเด‚เด—เต เดฆเดพเดคเดพเดตเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเด•เตเด•เดพเดตเตเดจเตเดจ เด•เดฎเดพเตปเดกเต เดฒเดฟเตปเดธเดฟเดฏเดพเดฃเดฟเดคเต.

เด‰เดฌเตเดฃเตเดŸเตเดตเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเด•เตเด•เตเด• เดซเต†เดกเต‹เดฑเดฏเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเด•เตเด•เตเด• เดตเดฟเตปเดกเต‹เดธเต เดธเดฟเดฎเตเดฎเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเด•เตเด•เตเด• MACOS เดธเดฟเดฎเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเด•เตเด•เตเด•

เดชเดŸเตเดŸเดฟเด•:

NAME


mafft - เด…เดฎเดฟเดจเต‹ เด†เดธเดฟเดกเต เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ เดจเตเดฏเต‚เด•เตเดฒเดฟเดฏเต‹เดŸเตˆเดกเต เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เดพเดฏเตเดณเตเดณ เด’เดจเตเดจเดฟเดฒเดงเดฟเด•เด‚ เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธ เดชเดฐเดฟเดชเดพเดŸเดฟ

เดธเดฟเดจเต‹เดชเตเดธเดฟเดธเต


เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต [เด“เดชเตเดทเดจเตเด•เตพ] เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เดฒเดฟเตปเดธเดฟ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เดœเดฟเตปเดธเดฟ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เดเตปเดธเดฟ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

fftnsi เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

fftns เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

nwns เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

nwnsi เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

mafft-เดชเตเดฐเตŠเดซเตˆเตฝ เด—เตเดฐเตŠเด‰เดชเตเด•เตเดธเดจเตเดฎเตเด•เตเดธ เด—เตเดฐเตŠเด‰เดชเตเด•เตเดธเดจเตเดฎเตเด•เตเดธ [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต, เด—เตเดฐเตŠเด‰เดชเตเด•เตเดธเดจเตเดฎเตเด•เตเดธ เด’เดชเตเดชเด‚ เด—เตเดฐเตŠเด‰เดชเตเด•เตเดธเดจเตเดฎเตเด•เตเดธ เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑ เดซเต‹เตผเดฎเดพเดฑเตเดฑเดฟเตฝ เด†เดฏเดฟเดฐเดฟเด•เตเด•เดฃเด‚.

เดตเดฟเดตเดฐเดฃเด‚


MAFFT unix เดชเต‹เดฒเตเดณเตเดณ เด“เดชเตเดชเดฑเต‡เดฑเตเดฑเดฟเด‚เด—เต เดธเดฟเดธเตเดฑเตเดฑเด™เตเด™เตพเด•เตเด•เดพเดฏเตเดณเตเดณ เด’เดฐเต เดฎเตพเดŸเตเดŸเดฟเดชเตเดชเดฟเตพ เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเต เดชเตเดฐเต‹เด—เตเดฐเดพเดฎเดพเดฃเต. เด‡เดคเต เดตเดพเด—เตเดฆเดพเดจเด‚ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต
เด’เดจเตเดจเดฟเดฒเดงเดฟเด•เด‚ เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธ เดฐเต€เดคเดฟเด•เดณเตเดŸเต† เด’เดฐเต เดถเตเดฐเต‡เดฃเดฟ.

เด•เตƒเดคเตเดฏเดค-เด…เดงเดฟเดทเตเด เดฟเดค เดฐเต€เดคเดฟเด•เตพ:
ยท L-INS-i (เด’เดฐเตเดชเด•เตเดทเต‡ เดเดฑเตเดฑเดตเตเด‚ เด•เตƒเดคเตเดฏเดฎเดพเดฃเต; <200 เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เต เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต; เด†เดตเตผเดคเตเดคเดจ เดชเดฐเดฟเดทเตเด•เดฐเดฃเด‚
เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝ เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเต เดตเดฟเดตเดฐเด™เตเด™เตพ เด‰เตพเด•เตเด•เตŠเดณเตเดณเตเดจเตเดจ เดฐเต€เดคเดฟ):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝ เดชเต†เดฏเตผ --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 1000 เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เดฒเดฟเตปเดธเดฟ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

ยท G-INS-i (เดธเดฎเดพเดจ เดฆเตˆเตผเด˜เตเดฏเดฎเตเดณเตเดณ เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เต เด…เดจเตเดฏเต‹เดœเตเดฏเด‚; <200 เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เต เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต;
เด†เด—เต‹เดณ เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเต เดตเดฟเดตเดฐเด™เตเด™เตพ เด‰เตพเด•เตเด•เตŠเดณเตเดณเตเดจเตเดจ เด†เดตเตผเดคเตเดคเดจ เดชเดฐเดฟเดทเตเด•เดฐเดฃ เดฐเต€เดคเดฟ):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เด—เตเดฒเต‹เดฌเตฝ เดชเต†เดฏเตผ --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 1000 เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เดœเดฟเตปเดธเดฟ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

ยท E-INS-i (เดตเดฒเดฟเดฏ เดตเดฟเดจเตเดฏเดธเดฟเด•เตเด•เดพเดจเดพเดตเดพเดคเตเดค เดชเตเดฐเดฆเต‡เดถเด™เตเด™เตพ เด…เดŸเด™เตเด™เดฟเดฏ เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เต เด…เดจเตเดฏเต‹เดœเตเดฏเด‚; เด‡เดคเดฟเดจเดพเดฏเดฟ เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต
<200 เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพ):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดŽเดชเตเดชเดฟ 0 --genafpair --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 1000 เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เดเตปเดธเดฟ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

E-INS-i-เดจเต, the --เดŽเดชเตเดชเดฟ 0 เดตเดฒเดฟเดฏ เดตเดฟเดŸเดตเตเด•เตพ เด…เดจเตเดตเดฆเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเดคเดฟเดจเต เด“เดชเตเดทเตป เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต.

เดธเตเดชเต€เดกเต-เด“เดฑเดฟเดฏเดจเตเดฑเดกเต เดฐเต€เดคเดฟเด•เตพ:
ยท FFT-NS-i (เด†เดตเตผเดคเตเดคเดจ เดชเดฐเดฟเดทเตเด•เดฐเดฃ เดฐเต€เดคเดฟ; เดฐเดฃเตเดŸเต เดธเตˆเด•เตเด•เดฟเดณเตเด•เตพ เดฎเดพเดคเตเดฐเด‚):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดฑเดฟเดŸเตเดฐเต€ 2 --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 2 เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

fftnsi เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

ยท FFT-NS-i (เด†เดตเตผเดคเตเดคเดจ เดชเดฐเดฟเดทเตเด•เดฐเดฃ เดฐเต€เดคเดฟ; เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 1000 เด†เดตเตผเดคเตเดคเดจเด™เตเด™เตพ):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดฑเดฟเดŸเตเดฐเต€ 2 --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 1000 เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

ยท FFT-NS-2 (เดตเต‡เด—เดคเดฏเตเดณเตเดณ; เดชเตเดฐเต‹เด—เดฎเดจ เดฐเต€เดคเดฟ):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดฑเดฟเดŸเตเดฐเต€ 2 --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 0 เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

fftns เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

ยท FFT-NS-1 (เดตเดณเดฐเต† เดตเต‡เด—เดคเตเดคเดฟเตฝ; 2000 เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เต เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต; เดชเดฐเตเด•เตเด•เตป เดฐเต€เดคเดฟเดฏเดฟเดฒเตเดณเตเดณ เดชเตเดฐเต‹เด—เดฎเดจ เดฐเต€เดคเดฟ
เดตเดดเดฟเด•เดพเดŸเตเดŸเดฟ เดตเตƒเด•เตเดทเด‚):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดฑเดฟเดŸเตเดฐเต€ 1 --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 0 เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

ยท NW-NS-i (FFT เดเด•เดฆเต‡เดถเด‚ เด‡เดฒเตเดฒเดพเดคเต† เด†เดตเตผเดคเตเดคเดจ เดชเดฐเดฟเดทเตเด•เดฐเดฃ เดฐเต€เดคเดฟ; เดฐเดฃเตเดŸเต เดธเตˆเด•เตเด•เดฟเดณเตเด•เตพ เดฎเดพเดคเตเดฐเด‚):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดฑเดฟเดŸเตเดฐเต€ 2 --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 2 --เดจเต‹เดซเต เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

nwnsi เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

ยท NW-NS-2 (FFT เดเด•เดฆเต‡เดถเด‚ เด‡เดฒเตเดฒเดพเดคเต† เดตเต‡เด—เดคเดฏเตเดณเตเดณ; เดชเตเดฐเต‹เด—เดฎเดจ เดฐเต€เดคเดฟ):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดฑเดฟเดŸเตเดฐเต€ 2 --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 0 --เดจเต‹เดซเต เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

nwns เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

ยท NW-NS-PartTree-1 (~10,000 เดฎเตเดคเตฝ ~50,000 เดตเดฐเต† เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เต เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต; เดชเตเดฐเต‹เด—เดฎเดจ เดฐเต€เดคเดฟ
PartTree เด…เตฝเด—เต‹เดฐเดฟเดคเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเต):

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดฑเดฟเดŸเตเดฐเต€ 1 --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 0 --เดจเต‹เดซเต --เดชเดพเตผเดŸเตเดŸเตเดŸเตเดฐเต€ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต-เดŸเต-เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเด™เตเด™เตพ

mafft-เดชเตเดฐเตŠเดซเตˆเตฝ เด—เตเดฐเตŠเด‰เดชเตเด•เตเดธเดจเตเดฎเตเด•เตเดธ เด—เตเดฐเตŠเด‰เดชเตเด•เตเดธเดจเตเดฎเตเด•เตเดธ [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เด…เดฅเดตเดพ:

เดฎเดพเดซเตเดฑเตเดฑเต --เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ 1000 --เดตเดฟเดคเตเดคเต เด—เตเดฐเตŠเด‰เดชเตเด•เตเดธเดจเตเดฎเตเด•เตเดธ --เดตเดฟเดคเตเดคเต เด—เตเดฐเตŠเด‰เดชเตเด•เตเดธเดจเตเดฎเตเด•เตเดธ /dev/null [> เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต]

เด“เดชเตเดทเดจเตเด•เตพ


เด…เตฝเด—เต‡เดพเดฐเดฟเดคเด‚
--เด“เดŸเตเดŸเต‹
L-INS-i, FFT-NS-i, FFT-NS-2 เดŽเดจเตเดจเดฟเดตเดฏเดฟเตฝ เดจเดฟเดจเตเดจเต เด…เดจเตเดฏเต‹เดœเตเดฏเดฎเดพเดฏ เด’เดฐเต เดคเดจเตเดคเตเดฐเด‚ เดฏเดพเดจเตเดคเตเดฐเดฟเด•เดฎเดพเดฏเดฟ เดคเดฟเดฐเดžเตเดžเต†เดŸเตเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต,
เดกเดพเดฑเตเดฑ เดตเดฒเดฟเดชเตเดชเด‚ เด…เดจเตเดธเดฐเดฟเดšเตเดšเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต (เดŽเดฒเตเดฒเดพเดฏเตโ€Œเดชเตเดชเต‹เดดเตเด‚ FFT-NS-2)

--6 เดฎเต†เตผเดชเต†เดฏเตผ
เดชเด™เตเด•เดฟเดŸเตเดŸ 6เดฎเต†เดฑเตเด•เดณเตเดŸเต† เดŽเดฃเตเดฃเดคเตเดคเต† เด…เดŸเดฟเดธเตเดฅเดพเดจเดฎเดพเด•เตเด•เดฟเดฏเดพเดฃเต เดฆเต‚เดฐเด‚ เด•เดฃเด•เตเด•เดพเด•เตเด•เตเดจเตเดจเดคเต. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: เด“เตบ

--เด—เตเดฒเต‹เดฌเตฝ เดชเต†เดฏเตผ
เดŽเดฒเตเดฒเดพ เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเตเด•เดณเตเด‚ เดจเต€เดกเดฟเตฝเดฎเดพเตป-เดตเตเตบเดทเต เด…เตฝเด—เต‹เดฐเดฟเดคเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเดพเดฃเต เด•เดฃเด•เตเด•เดพเด•เตเด•เตเดจเตเดจเดคเต. เด•เต‚เดŸเตเดคเตฝ
เด•เตƒเดคเตเดฏเดตเตเด‚ เดŽเดจเตเดจเดพเตฝ เดตเต‡เด—เดค เด•เตเดฑเดžเตเดžเดคเตเด‚ --6merpair. เด†เด—เต‹เดณเดคเดฒเดคเตเดคเดฟเตฝ เดตเดฟเดจเตเดฏเดธเดฟเด•เตเด•เดพเดตเตเดจเตเดจ เด’เดฐเต เด•เต‚เดŸเตเดŸเดคเตเดคเดฟเดจเต เด…เดจเตเดฏเต‹เดœเตเดฏเด‚
เด•เตเดฐเดฎเด™เตเด™เตพ. ~200 เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพ เดตเดฐเต† เดฌเดพเดงเด•เดฎเดพเดฃเต. --maxiterate 1000 เดฎเดพเดฏเดฟ เด’เดฐเต เด•เต‹เดฎเตเดชเดฟเดจเต‡เดทเตป
เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต (G-INS-i). เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต (6 เดฎเต€เดฑเตเดฑเตผ เดฆเต‚เดฐเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต)

--เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝ เดชเต†เดฏเตผ
เดŽเดฒเตเดฒเดพ เดœเต‹เดกเดฟ เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเตเด•เดณเตเด‚ เดธเตเดฎเดฟเดคเตเดคเต-เดตเดพเดŸเตเดŸเตผเดฎเดพเตป เด…เตฝเด—เต‹เดฐเดฟเดคเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเดพเดฃเต เด•เดฃเด•เตเด•เดพเด•เตเด•เตเดจเตเดจเดคเต. เด•เต‚เดŸเตเดคเตฝ เด•เตƒเดคเตเดฏเดค
เดŽเดจเตเดจเดพเตฝ --6merpair-เดจเต‡เด•เตเด•เดพเตพ เดตเต‡เด—เดค เด•เตเดฑเดตเดพเดฃเต. เดชเตเดฐเดพเดฆเต‡เดถเดฟเด•เดฎเดพเดฏเดฟ เดตเดฟเดจเตเดฏเดธเดฟเด•เตเด•เดพเดตเตเดจเตเดจ เด’เดฐเต เด•เต‚เดŸเตเดŸเด‚ เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เต เด…เดจเตเดฏเต‹เดœเตเดฏเด‚.
~200 เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพ เดตเดฐเต† เดฌเดพเดงเด•เดฎเดพเดฃเต. --maxiterate 1000 เดŽเดจเตเดจเดคเตเดฎเดพเดฏเตเดณเตเดณ เดธเด‚เดฏเต‹เดœเดจเดฎเดพเดฃเต
เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดคเดคเต (L-INS-i). เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต (6 เดฎเต€เดฑเตเดฑเตผ เดฆเต‚เดฐเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต)

--genafpair
เดŽเดฒเตเดฒเดพ เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเตเด•เดณเตเด‚ เดธเดพเดฎเดพเดจเตเดฏเดตเตฝเด•เตเด•เดฐเดฟเดšเตเดš เด’เดฐเต เดชเตเดฐเดพเดฆเต‡เดถเดฟเด• เด…เตฝเด—เต‹เดฐเดฟเดคเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเดพเดฃเต เด•เดฃเด•เตเด•เดพเด•เตเด•เตเดจเตเดจเดคเต
เด…เดซเตˆเตป เดตเดฟเดŸเดตเต เดšเต†เดฒเดตเต (Altschul 1998). --6merpair-เดจเต‡เด•เตเด•เดพเตพ เด•เต‚เดŸเตเดคเตฝ เด•เตƒเดคเตเดฏเดคเดฏเตเดณเตเดณเดคเตเด‚ เดŽเดจเตเดจเดพเตฝ เดตเต‡เด—เดค เด•เตเดฑเดžเตเดžเดคเตเดฎเดพเดฃเต. เด…เดจเตเดฏเต‹เดœเตเดฏเด‚
เดตเดฒเดฟเดฏ เด†เดจเตเดคเดฐเดฟเด• เดตเดฟเดŸเดตเตเด•เตพ เดชเตเดฐเดคเต€เด•เตเดทเดฟเด•เตเด•เตเดฎเตเดชเต‹เตพ. ~200 เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพ เดตเดฐเต† เดฌเดพเดงเด•เดฎเดพเดฃเต. เดŽ
--maxiterate 1000 เดŽเดจเตเดจเดคเตเดฎเดพเดฏเตเดณเตเดณ เดธเด‚เดฏเต‹เดœเดจเดฎเดพเดฃเต เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเดคเต (E-INS-i). เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต (6 เดฎเดฟ
เดฆเต‚เดฐเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต)

--เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑเดชเต†เดฏเตผ
เดŽเดฒเตเดฒเดพ เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเตเด•เดณเตเด‚ เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑ (เดชเดฟเดฏเต‡เดดเตเดธเดฃเตเด‚ เดฒเดฟเดชเตเดฎเดพเดจเตเด‚ 1988) เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเต เด•เดฃเด•เตเด•เดพเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต. เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑ เด†เดฃเต
เด†เดตเดถเตเดฏเดฎเดพเดฃเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต (6 เดฎเต€เดฑเตเดฑเตผ เดฆเต‚เดฐเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต)

--เดตเต†เดฏเตเดฑเตเดฑเดฟ เด…เด•เตเด•เด‚
เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเตเด•เดณเดฟเตฝ เดจเดฟเดจเตเดจเต เด•เดฃเด•เตเด•เดพเด•เตเด•เดฟเดฏ เดธเตเดฅเดฟเดฐเดค เด•เดพเดฒเดพเดตเดงเดฟเด•เตเด•เตเดณเตเดณ เดตเต†เดฏเตเดฑเตเดฑเดฟเด‚เด—เต เด˜เดŸเด•เด‚. เดธเดพเดงเตเดตเดพเดฃเต
เดŽเดชเตเดชเต‹เตพ --เด—เตเดฒเต‹เดฌเตฝเดชเต†เดฏเตผ, --เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝเดชเต†เดฏเตผ, --เดœเต†เดจเดพเดซเตเดชเต†เดฏเตผ, --เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑเดชเต†เดฏเตผ เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ --เดฌเตเดฒเดพเดธเตเดฑเตเดฑเตเดชเต†เดฏเตผ
เดคเดฟเดฐเดžเตเดžเต†เดŸเตเดคเตเดคเต. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 2.7

--เดฑเดฟเดŸเตเดฐเต€ เด…เด•เตเด•เด‚
เด—เตˆเดกเต เดŸเตเดฐเต€ เดจเดฟเตผเดฎเตเดฎเดฟเดšเตเดšเดฟเดฐเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต เด…เด•เตเด•เด‚ เดชเตเดฐเต‹เด—เดฎเดจ เด˜เดŸเตเดŸเดคเตเดคเดฟเดฒเต† เดธเดฎเดฏเด‚. 6 เดฎเต€เดฑเตเดฑเตผ เดฆเต‚เดฐเดคเตเดคเดฟเตฝ เดธเดพเดงเตเดคเดฏเตเดฃเตเดŸเต.
เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 2

--เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ เด…เด•เตเด•เด‚
เด…เด•เตเด•เด‚ เด†เดตเตผเดคเตเดคเดจ เดถเตเดฆเตเดงเต€เด•เดฐเดฃ เดšเด•เตเดฐเด™เตเด™เตพ เดจเดŸเดคเตเดคเตเดจเตเดจเต. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 0

--ft
เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต-เดŸเต-เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเดคเตเดคเดฟเตฝ FFT เดเด•เดฆเต‡เดถเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเด•. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: เด“เตบ

--เดจเต‹เดซเต
เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต-เดŸเต-เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเดคเตเดคเดฟเตฝ FFT เดเด•เดฆเต‡เดถเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เดฐเตเดคเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต

--เดจเต‹เดธเตเด•เต‹เตผ
เด†เดตเตผเดคเตเดคเดจ เดชเดฐเดฟเดทเตเด•เดฐเดฃ เด˜เดŸเตเดŸเดคเตเดคเดฟเตฝ เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเต เดธเตเด•เต‹เตผ เดชเดฐเดฟเดถเต‹เดงเดฟเดšเตเดšเดฟเดŸเตเดŸเดฟเดฒเตเดฒ. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: เด“เดซเต (เดธเตเด•เต‹เตผ
เดชเดฐเดฟเดถเต‹เดงเดฟเดšเตเดšเต)

--เดฎเต†เด‚เดธเต†เดตเต
Myers-Miller (1988) เด…เตฝเด—เต‹เดฐเดฟเดคเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเด•. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: เดŽเดชเตเดชเต‹เตพ เดฏเดพเดจเตเดคเตเดฐเดฟเด•เดฎเดพเดฏเดฟ เด“เดฃเดพเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต
เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธ เดฆเตˆเตผเด˜เตเดฏเด‚ 10,000 (aa/nt) เด•เดตเดฟเดฏเตเดจเตเดจเต.

--เดชเดพเตผเดŸเตเดŸเตเดŸเตเดฐเต€
2007 เดฎเต€เดฑเตเดฑเตผ เดฆเต‚เดฐเดคเตเดคเดฟเตฝ เดตเต‡เด—เดคเตเดคเดฟเตฝ เดŸเตเดฐเต€-เดจเดฟเตผเดฎเตเดฎเดพเดฃ เดฐเต€เดคเดฟ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเด• (PartTree, Katoh and Toh 6).
เด’เดฐเต เดตเดฒเดฟเดฏ เดŽเดฃเตเดฃเด‚ (> ~10,000) เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต เดšเต†เดฏเตเดฏเดพเตป เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต

--dpparttree
เดกเดฟเดชเดฟเดฏเต† เด…เดŸเดฟเดธเตเดฅเดพเดจเดฎเดพเด•เตเด•เดฟเดฏเตเดณเตเดณ เดฆเต‚เดฐเด™เตเด™เตพเด•เตเด•เตŠเดชเตเดชเด‚ PartTree เด…เตฝเด—เต‹เดฐเดฟเดคเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต. เด•เตเดฑเดšเตเดšเตเด•เต‚เดŸเดฟ เด•เตƒเดคเตเดฏเดตเตเด‚
--parttree-เดจเต‡เด•เตเด•เดพเตพ เดชเดคเตเด•เตเด•เต†. เด’เดฐเต เดตเดฒเดฟเดฏ เดธเด‚เด–เตเดฏ (> ~10,000) เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เดพเดฏเดฟ เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต
เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต

--เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑเตเดชเดพเตผเดŸเตเดŸเตเดŸเตเดฐเต€
เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑเดฏเต† เด…เดŸเดฟเดธเตเดฅเดพเดจเดฎเดพเด•เตเด•เดฟเดฏเตเดณเตเดณ เดฆเต‚เดฐเด™เตเด™เตพเด•เตเด•เตŠเดชเตเดชเด‚ PartTree เด…เตฝเด—เต‹เดฐเดฟเดคเด‚ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต. เด•เตเดฑเดšเตเดšเตเด•เต‚เดŸเดฟ เด•เตƒเดคเตเดฏเดค
--parttree-เดจเต‡เด•เตเด•เดพเตพ เดตเต‡เด—เดค เด•เตเดฑเดตเดพเดฃเต. เด’เดฐเต เดตเดฒเดฟเดฏ เดธเด‚เด–เตเดฏ (> ~10,000) เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพเด•เตเด•เดพเดฏเดฟ เดถเตเดชเดพเตผเดถ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต
เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต เด†เด•เตเดจเตเดจเต. เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑ เด†เดตเดถเตเดฏเดฎเดพเดฃเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต

--partsize เด…เด•เตเด•เด‚
PartTree เด…เตฝเด—เต‹เดฐเดฟเดคเดคเตเดคเดฟเดฒเต† เดชเดพเตผเดŸเตเดŸเต€เดทเดจเตเด•เดณเตเดŸเต† เดŽเดฃเตเดฃเด‚. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 50

--เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเตเดธเตˆเดธเต เด…เด•เตเด•เด‚
เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเต เดตเดฒเตเดคเดพเด•เตเด•เดฐเตเดคเต เด…เด•เตเด•เด‚ เด•เตเดฐเดฎเด™เตเด™เตพ. --*เดชเดพเตผเดŸเตเดŸเตเดŸเตเดฐเต€เดฏเตโ€Œเด•เตเด•เต เดฎเดพเดคเตเดฐเดฎเต‡ เดธเดพเดงเตเดคเดฏเตเดณเตเดณเต‚
เด“เดชเตเดทเดจเตเด•เตพ. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เดณเตเดŸเต† เดŽเดฃเตเดฃเด‚

เดชเดพเดฐเดพเดฎเต€เดฑเตเดฑเตผ
--op เด…เด•เตเด•เด‚
เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต-เดŸเต-เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเดคเตเดคเดฟเตฝ เด—เตเดฏเดพเดชเตเดชเต เด“เดชเตเดชเดฃเดฟเด‚เด—เต เดชเต†เดจเดพเตฝเดฑเตเดฑเดฟ. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 1.53

--เดŽเดชเตเดชเดฟ เด…เด•เตเด•เด‚
เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต-เดŸเต-เด—เตเดฐเต‚เดชเตเดชเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเดฟเดจเดพเดฏเดฟ, เด—เตเดฏเดพเดชเตเดชเต เดŽเด•เตเดธเตเดฑเตเดฑเตปเดทเตป เดชเต†เดจเดพเตฝเดฑเตเดฑเดฟ เดชเต‹เดฒเต† เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจ เด“เดซเตเดธเต†เดฑเตเดฑเต เดฎเต‚เดฒเตเดฏเด‚.
เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 0.123

--เดฒเต‹เดชเตเดชเต เด…เด•เตเด•เด‚
เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝ เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเดฟเตฝ เด—เตเดฏเดพเดชเตเดชเต เด“เดชเตเดชเดฃเดฟเด‚เด—เต เดชเต†เดจเดพเตฝเดฑเตเดฑเดฟ. --เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝเดชเต†เดฏเตผ เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ
--genafpair เด“เดชเตเดทเตป เดคเดฟเดฐเดžเตเดžเต†เดŸเตเดคเตเดคเต. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: -2.00

--เดฒเต†เดชเต เด…เด•เตเด•เด‚
เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝ เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเดฟเตฝ เด“เดซเตเดธเต†เดฑเตเดฑเต เดฎเต‚เดฒเตเดฏเด‚. --localpair เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ --genafpair เด†เดฏเดฟเดฐเดฟเด•เตเด•เตเดฎเตเดชเต‹เตพ เดธเดพเดงเตเดคเดฏเตเดฃเตเดŸเต
เด“เดชเตเดทเตป เดคเดฟเดฐเดžเตเดžเต†เดŸเตเดคเตเดคเต. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 0.1

--lexp เด…เด•เตเด•เด‚
เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝ เดชเต†เดฏเตผเดตเตˆเดธเต เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเดฟเตฝ เด—เตเดฏเดพเดชเตเดชเต เดŽเด•เตเดธเตเดฑเตเดฑเตปเดทเตป เดชเต†เดจเดพเตฝเดฑเตเดฑเดฟ. --เดฒเต‹เด•เตเด•เตฝเดชเต†เดฏเตผ เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ
--genafpair เด“เดชเตเดทเตป เดคเดฟเดฐเดžเตเดžเต†เดŸเตเดคเตเดคเต. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: -0.1

--LOP เด…เด•เตเด•เด‚
เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเต เด’เดดเดฟเดตเดพเด•เตเด•เดพเดจเตเดณเตเดณ เด—เตเดฏเดพเดชเตเดชเต เด“เดชเตเดชเดฃเดฟเด‚เด—เต เดชเต†เดจเดพเตฝเดฑเตเดฑเดฟ. --genafpair เด“เดชเตเดทเตป เด†เดฏเดฟเดฐเดฟเด•เตเด•เตเดฎเตเดชเต‹เตพ เดธเดพเดงเตเดคเดฏเตเดฃเตเดŸเต
เดคเดฟเดฐเดžเตเดžเต†เดŸเตเดคเตเดคเต. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: -6.00

--เดฒเต†เด•เตเดธเตเดชเดฟ เด…เด•เตเด•เด‚
เด…เดฒเตˆเตปเดฎเต†เดจเตเดฑเต เด’เดดเดฟเดตเดพเด•เตเด•เดพเดจเตเดณเตเดณ เด—เตเดฏเดพเดชเตเดชเต เดŽเด•เตเดธเตเดฑเตเดฑเตปเดทเตป เดชเต†เดจเดพเตฝเดฑเตเดฑเดฟ. --genafpair เด“เดชเตเดทเตป เด†เดฏเดฟเดฐเดฟเด•เตเด•เตเดฎเตเดชเต‹เตพ เดธเดพเดงเตเดคเดฏเตเดฃเตเดŸเต
เดคเดฟเดฐเดžเตเดžเต†เดŸเตเดคเตเดคเต. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 0.00

--bl เด…เด•เตเด•เด‚
เดฌเตเดฒเต‹เดธเด‚ เด…เด•เตเด•เด‚ เดฎเดพเดŸเตเดฐเดฟเด•เตเดธเต (Henikoff and Henikoff 1992) เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต. เด…เด•เตเด•เด‚=30, 45, 62 เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ 80.
เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 62

--jtt เด…เด•เตเด•เด‚
JTT PAM เด…เด•เตเด•เด‚ (Jones et al. 1992) เดฎเดพเดŸเตเดฐเดฟเด•เตเดธเต เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต. เด…เด•เตเด•เด‚>0. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: BLOSUM62

--เดŸเดฟเดŽเด‚ เด…เด•เตเด•เด‚
เดŸเตเดฐเดพเตปเดธเตเดฎเต†เด‚เดฌเตเดฐเต†เตป PAM เด…เด•เตเด•เด‚ (Jones et al. 1994) เดฎเดพเดŸเตเดฐเดฟเด•เตเดธเต เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต. เด…เด•เตเด•เด‚>0. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต:
BLOSUM62

--เด…เดฎเดพเดŸเตเดฐเดฟเด•เตเดธเต เดฎเดพเดŸเตเดฐเดฟเด•เตเดธเต เดซเดฏเตฝ
เด‰เดชเดฏเต‹เด•เตเดคเดพเดตเต เดจเดฟเตผเดตเดšเดฟเดšเตเดš AA เดธเตโ€Œเด•เต‹เดฑเดฟเด‚เด—เต เดฎเดพเดŸเตเดฐเดฟเด•เตโ€Œเดธเต เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเด•. เดŽเดจเตเดจ เดซเต‹เตผเดฎเดพเดฑเตเดฑเต เดฎเดพเดŸเตเดฐเดฟเด•เตเดธเต เดซเดฏเตฝ เดŽเดจเตเดจเดคเดฟเดจเต เดธเดฎเดพเดจเดฎเดพเดฃเต
เดธเตเดซเต‹เดŸเดจเด‚. เดจเตเดฏเต‚เด•เตเดฒเดฟเดฏเต‹เดŸเตˆเดกเต เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพ เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดฎเตเดชเต‹เตพ เด…เดตเด—เดฃเดฟเด•เตเด•เดชเตเดชเต†เดŸเตเด‚. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: BLOSUM62

--fmodel
เดธเตโ€Œเด•เต‹เดฑเดฟเด‚เด—เต เดฎเดพเดŸเตเดฐเดฟเด•เตโ€Œเดธเดฟเตฝ AA/nuc เด•เต‹เดฎเตเดชเต‹เดธเดฟเดทเตป เดตเดฟเดตเดฐเด™เตเด™เตพ เด‰เตพเดชเตเดชเต†เดŸเตเดคเตเดคเตเด•. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต

เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต
--เด•เตเดฒเดธเตเดฑเตเดฑเดฒเต—เดŸเตเดŸเต
เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต เดซเต‹เตผเดฎเดพเดฑเตเดฑเต: เด•เตเดฒเดธเตเดฑเตเดฑเตฝ เดซเต‹เตผเดฎเดพเดฑเตเดฑเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต (เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑ เดซเต‹เตผเดฎเดพเดฑเตเดฑเต)

--เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเตผเดกเตผ
เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต เด“เตผเดกเตผ: เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต เดชเต‹เดฒเต† เดคเดจเตเดจเต†. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: เด“เตบ

--เดชเตเดจเดƒเด•เตเดฐเดฎเต€เด•เดฐเดฟเด•เตเด•เตเด•
เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต เด“เตผเดกเตผ: เดตเดฟเดจเตเดฏเดธเดฟเดšเตเดšเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต (เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเตเด“เตผเดกเตผ)

--เดŸเตเดฐเต€เด”เดŸเตเดŸเต
เด—เตˆเดกเต เดŸเตเดฐเต€ เด”เดŸเตเดŸเตเดชเตเดŸเตเดŸเต เด†เดฃเต เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต.เดŸเตเดฐเต€ เดซเดฏเตฝ. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต

--เดจเดฟเดถเดฌเตเดฆเดฎเดพเดฏเดฟ
เดชเตเดฐเต‹เด—เดคเดฟ เดฑเดฟเดชเตเดชเต‹เตผเดŸเตเดŸเต เดšเต†เดฏเตเดฏเดฐเตเดคเต. เดกเดฟเดซเต‹เตพเดŸเตเดŸเต: เด“เดซเต

เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต
--nuc
เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพ เดจเตเดฏเต‚เด•เตเดฒเดฟเดฏเต‹เดŸเตˆเดกเต เด†เดฃเต†เดจเตเดจเต เด•เดฐเตเดคเตเด•. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: เด“เดŸเตเดŸเต‹

--เด…เดฎเดฟเดจเต‹
เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เตพ เด…เดฎเดฟเดจเต‹ เด†เดธเดฟเดกเต เด†เดฃเต†เดจเตเดจเต เด•เดฐเตเดคเตเด•. เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: เด“เดŸเตเดŸเต‹

--เดตเดฟเดคเตเดคเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเด‚1 [--เดตเดฟเดคเตเดคเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเด‚2 --เดตเดฟเดคเตเดคเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเด‚3 ...]
เดตเดฟเดคเตเดคเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเด‚ เดจเตฝเด•เดฟเดฏเดฟเดฐเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเด‚_n (เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑ เดซเต‹เตผเดฎเดพเดฑเตเดฑเต) เดธเต€เด•เตเดตเตปเดธเตเด•เดณเตเดฎเดพเดฏเดฟ เดตเดฟเดจเตเดฏเดธเดฟเดšเตเดšเดฟเดฐเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเต
เด‡เตปเดชเตเดŸเตเดŸเต. เด“เดฐเต‹ เดตเดฟเดคเตเดคเดฟเดจเด•เดคเตเดคเตเด‚ เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเด‚ เดธเด‚เดฐเด•เตเดทเดฟเด•เตเด•เดชเตเดชเต†เดŸเตเดจเตเดจเต.

onworks.net เดธเต‡เดตเดจเด™เตเด™เตพ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเต เดฒเดฟเตปเดธเดฟ เด“เตบเดฒเตˆเดจเดพเดฏเดฟ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเด•เตเด•เตเด•


เดธเต—เดœเดจเตเดฏ เดธเต†เตผเดตเดฑเตเด•เดณเตเด‚ เดตเตผเด•เตเด•เตเดธเตเดฑเตเดฑเต‡เดทเดจเตเด•เดณเตเด‚

Windows & Linux เด†เดชเตเดชเตเด•เตพ เดกเต—เตบเดฒเต‹เดกเต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเด•

  • 1
    เดซเดธเตผ
    เดซเดธเตผ
    เดซเต‡เดธเตผ เดตเต‡เด—เดคเดฏเต‡เดฑเดฟเดฏเดคเตเด‚ เดธเต—เดœเดจเตเดฏเดตเตเด‚ เดฐเดธเด•เดฐเดตเตเดฎเดพเดฏ เด“เดชเตเดชเตบ เด†เดฃเต
    เดชเตเดฐเดฆเดพเดจเด‚ เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจ เด‰เดฑเดตเดฟเดŸ HTML5 เด—เต†เดฏเดฟเด‚ เดšเดŸเตเดŸเด•เตเด•เต‚เดŸเต
    WebGL, Canvas เดŽเดจเตเดจเดฟเดต เด‰เดŸเดจเต€เดณเด‚ เดฑเต†เตปเดกเดฑเดฟเด‚เด—เต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต
    เดกเต†เดธเตเด•เตเดŸเต‹เดชเตเดชเต, เดฎเตŠเดฌเตˆเตฝ เดตเต†เดฌเต เดฌเตเดฐเต—เดธเดฑเตเด•เตพ. เด—เต†เดฏเดฟเดฎเตเด•เตพ
    เดธเดนเด•เดฐเดฟเด•เตเด•เดพเด‚...
    เดซเต‡เดธเตผ เดกเต—เตบเดฒเต‹เดกเต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเด•
  • 2
    เดตเดธเตเดธเตฝ เดŽเดžเตเดšเดฟเตป
    เดตเดธเตเดธเตฝ เดŽเดžเตเดšเดฟเตป
    เดธเตƒเดทเตเดŸเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเดคเดฟเดจเตเดณเตเดณ เด’เดฐเต เด—เต†เดฏเดฟเด‚ เดŽเดžเตเดšเดฟเดจเดพเดฃเต เดตเดพเดธเตเดธเตฝ
    เดชเดฐเดฎเตเดชเดฐเดพเด—เดค เดฌเต‹เตผเดกเดฟเดจเตเดฑเต† เด‡เดฒเด•เตเดŸเตเดฐเต‹เดฃเดฟเด•เต เดชเดคเดฟเดชเตเดชเตเด•เตพ
    เด•เดพเตผเดกเต เด—เต†เดฏเดฟเดฎเตเด•เดณเตเด‚. เด‡เดคเต เดชเดฟเดจเตเดคเตเดฃ เดจเตฝเด•เตเดจเตเดจเต
    เด—เต†เดฏเดฟเด‚ เดชเต€เดธเต เดฑเต†เตปเดกเดฑเดฟเด‚เด—เตเด‚ เด‡เดŸเดชเต†เดŸเดฒเตเด‚,
    เด’เดชเตเดชเด‚...
    เดตเดพเดธเตเดธเตฝ เดŽเดžเตเดšเดฟเตป เดกเต—เตบเดฒเต‹เดกเต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเด•
  • 3
    OpenPDF - iText เดจเตเดฑเต† เดซเต‹เตผเด•เตเด•เต
    OpenPDF - iText เดจเตเดฑเต† เดซเต‹เตผเด•เตเด•เต
    OpenPDF เดธเตƒเดทเตเดŸเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจเดคเดฟเดจเตเดณเตเดณ เด’เดฐเต เดœเดพเดต เดฒเตˆเดฌเตเดฐเดฑเดฟเดฏเดพเดฃเต
    เด•เต‚เดŸเดพเดคเต† เด’เดฐเต เดŽเตฝเดœเดฟเดชเดฟเดŽเตฝ เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเต PDF เดซเดฏเดฒเตเด•เตพ เดŽเดกเดฟเดฑเตเดฑเตเดšเต†เดฏเตเดฏเตเดจเตเดจเต
    MPL เด“เดชเตเดชเตบ เดธเต‹เดดเตเดธเต เดฒเตˆเดธเตปเดธเต. OpenPDF เด†เดฃเต
    iText-เดจเตเดฑเต† LGPL/MPL เด“เดชเตเดชเตบ เดธเต‹เดดเตเดธเต เดชเดฟเตปเด—เดพเดฎเดฟ,
    a ...
    OpenPDF - เดซเต‹เตผเด•เตเด•เต เด“เดซเต iText เดกเต—เตบเดฒเต‹เดกเต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเด•
  • 4
    เดธเดพเด— เดœเดฟ.เด.เดŽเดธเต
    เดธเดพเด— เดœเดฟ.เด.เดŽเดธเต
    SAGA - เด“เดŸเตเดŸเต‹เดฎเต‡เดฑเตเดฑเดกเต เดธเดฟเดธเตเดฑเตเดฑเด‚
    เดœเดฟเดฏเต‹เดธเดฏเดจเตเดฑเดฟเดซเดฟเด•เต เด…เดจเดฒเตˆเดธเตเด•เตพ - เด’เดฐเต เดญเต‚เดฎเดฟเดถเดพเดธเตเดคเตเดฐเดชเดฐเดฎเดพเดฃเต
    เด‡เตปเดซเตผเดฎเต‡เดทเตป เดธเดฟเดธเตเดฑเตเดฑเด‚ (เดœเดฟเดเดŽเดธเต) เดธเต‹เดซเตโ€Œเดฑเตเดฑเตโ€Œเดตเต†เดฏเตผ
    เดœเดฟเดฏเต‹เดกเดพเดฑเตเดฑเดฏเตเด•เตเด•เตเดณเตเดณ เด…เดชเดพเดฐเดฎเดพเดฏ เด•เดดเดฟเดตเตเด•เตพ
    เดชเตเดฐเต‹เดธเดธเตเดธเดฟเด‚เด—เตเด‚ เด…เดจ...
    SAGA GIS เดกเต—เตบเดฒเต‹เดกเต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเด•
  • 5
    Java/JTOpen เดจเดพเดฏเตเดณเตเดณ เดŸเต‚เตพเดฌเต‹เด•เตเดธเต
    Java/JTOpen เดจเดพเดฏเตเดณเตเดณ เดŸเต‚เตพเดฌเต‹เด•เตเดธเต
    Java / JTOpen เดจเดพเดฏเตเดณเตเดณ IBM เดŸเต‚เตพเดฌเต‹เด•เตเดธเต a
    เดชเดฟเดจเตเดคเตเดฃเดฏเตเด•เตเด•เตเดจเตเดจ เดœเดพเดต เด•เตเดฒเดพเดธเตเด•เดณเตเดŸเต† เดฒเตˆเดฌเตเดฐเดฑเดฟ
    เด•เตเดฒเดฏเดจเตเดฑเต/เดธเต†เตผเดตเตผ, เด‡เดจเตเดฑเตผเดจเต†เดฑเตเดฑเต เดชเตเดฐเต‹เด—เตเดฐเดพเดฎเดฟเด‚เด—เต
    OS/400 เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจ เดธเดฟเดธเตเดฑเตเดฑเดคเตเดคเดฟเดฒเต‡เด•เตเด•เตเดณเตเดณ เดฎเต‹เดกเดฒเตเด•เตพ,
    i5/OS, เด’...
    Java/JTOpen เดจเดพเดฏเตเดณเตเดณ เดŸเต‚เตพเดฌเต‹เด•เตเดธเต เดกเต—เตบเดฒเต‹เดกเต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเด•
  • 6
    D3.js
    D3.js
    D3.js (เด…เดฒเตเดฒเต†เด™เตเด•เดฟเตฝ เดกเดพเดฑเตเดฑเดพเดงเดฟเดทเตเด เดฟเดค เดชเตเดฐเดฎเดพเดฃเด™เตเด™เตพเด•เตเด•เตเดณเตเดณ D3)
    เดจเดฟเด™เตเด™เดณเต† เด…เดจเตเดตเดฆเดฟเด•เตเด•เตเดจเตเดจ เด’เดฐเต JavaScript เดฒเตˆเดฌเตเดฐเดฑเดฟเดฏเดพเดฃเต
    เดšเดฒเดจเดพเดคเตเดฎเด•เดตเตเด‚ เดธเด‚เดตเต‡เดฆเดจเดพเดคเตเดฎเด•เดตเตเดฎเดพเดฏ เดกเดพเดฑเตเดฑ เดจเดฟเตผเดฎเตเดฎเดฟเด•เตเด•เดพเตป
    เดตเต†เดฌเต เดฌเตเดฐเต—เดธเดฑเตเด•เดณเดฟเดฒเต† เดฆเตƒเดถเตเดฏเดตเตฝเด•เตเด•เดฐเดฃเด‚. D3 เด‰เดชเดฏเต‹เด—เดฟเดšเตเดšเต
    เดจเต€...
    D3.js เดกเต—เตบเดฒเต‹เดกเต เดšเต†เดฏเตเดฏเตเด•
  • เด•เต‚เดŸเตเดคเตฝ "

เดฒเดฟเดจเด•เตเดธเต เด•เดฎเดพเตปเดกเตเด•เตพ

Ad