bp_hivqp - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

bp_hivq.PL - antara muka baris arahan interaktif ke Bio::DB::HIV dan
Bio::DB::Query::HIVQuery

SINOPSIS

$ perl bp_hivq.PL
hivq> pertanyaan C[subjenis] SI[fenotip]
hivq> prajalan
80 urutan dikembalikan
Pertanyaan: C[subjenis] SI[fenotip]
hivq> outfile csi.fas
hivq> lari
Muat turun selesai.
hivq> outfile dsi.fas
hivq> jalankan D[subjenis] SI[fenotip]
Muat turun selesai.
hivq> kiraan
25 urutan dikembalikan
Pertanyaan: D[subjenis] SI[fenotip]
hivq> keluar
$

DESCRIPTION

Modul BioPerl Bio::DB::HIV dan Bio::DB::Query::HIVQuery bersama-sama membenarkan pertanyaan kelompok
terhadap Pangkalan Data Urutan HIV Makmal Kebangsaan Los Alamos menggunakan pertanyaan mudah
bahasa. "bp_hivq.PL" menyediakan kedua-dua contoh penggunaan modul ini dan a
antara muka baris arahan interaktif kendiri ke LANL HIV DB. Perintah mudah membenarkan
pengguna untuk mendapatkan semula urutan dan anotasi HIV menggunakan bahasa pertanyaan yang dilaksanakan dalam
Bio::DB::Query::HIVQuery. Lawati halaman manual untuk modul tersebut untuk mendapatkan butiran lanjut.

PENGGUNAAN

Jalankan skrip menggunakan "perl bp_hivq.PL" atau, dalam Unix, "./bp_hivq.PL". Anda akan melihat

hivq>

segera. Taip arahan dengan pertanyaan untuk mendapatkan semula data urutan dan anotasi. Lihat
SINOPSIS untuk sesi contoh. Perintah yang tersedia diterangkan di bawah.

TIP
Pangkalan data LANL agak kompleks dan luas. Gunakan kemudahan "cari" untuk meneroka
jadual dan medan pangkalan data yang tersedia. Untuk mengenal pasti alias untuk medan tertentu, gunakan
"cari alias [nama medan]". Sebagai contoh, untuk mencari alias pendek kepada medan yang dinamakan pelik
"seq_sample.ssam_second_receptor", lakukan

hivq> cari alias seq_sample.ssam_second_receptor

yang kembali

coreceptor second_receptor

Sekarang, bukannya pertanyaan berikut

hivq> jalankan C[subjenis] CCR5[seq_sample.ssam_second_receptor]

anda tahu anda boleh lakukan

hivq> jalankan C[subjenis] CCR5[coreceptor]

Gunakan arahan "outfile" untuk menetapkan fail yang menerima urutan yang diambil. Awak boleh
tukar fail output semasa hanya dengan mengeluarkan arahan "outfile" baharu semasa proses
sesi. Fail output lalai kepada output standard.

Gunakan arahan "pertanyaan" untuk mengesahkan pertanyaan tanpa memukul pangkalan data. Gunakan "prerun"
atau arahan "count" untuk mendapatkan kiraan jujukan hits untuk pertanyaan tanpa mendapatkan semula
data. Gunakan "run" atau "do" untuk melaksanakan pertanyaan lengkap, mendapatkan semula data jujukan ke dalam
pada masa ini menetapkan fail output.

Untuk memproses arahan "bp_hivq.PL" dalam kelompok, buat fail teks ("bp_hivq.cmd", sebagai contoh)
mengandungi arahan yang dikehendaki satu setiap baris. Kemudian laksanakan yang berikut dari shell:

$ kucing bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL

PERINTAH

Berikut ialah senarai lengkap arahan. Pilihan dalam kurungan tunggal ("[req_option]") ialah
diperlukan; pilihan dalam kurungan berganda ("[[opt_option]]") adalah pilihan.

mengesahkan : Togol pengesahan interaktif sebelum ini
melaksanakan pertanyaan
keluar : Keluar skrip
find : Terokai skema pangkalan data
cari jadual Paparkan semua jadual pangkalan data
cari medan Paparkan semua medan pangkalan data (lajur)
cari medan [jadual] Paparkan semua medan dalam [jadual]
cari alias [medan] Paparkan alias yang sah untuk [medan]
bantuan [[perintah]] : Tunjukkan bantuan arahan
jika [[perintah]] tidak dinyatakan, senaraikan semua
arahan yang tersedia
id : Paparkan id sesi semasa
outfile [nama fail] : Tetapkan fail untuk mengumpul data yang diambil
ping : Semak sama ada LANL DB tersedia
prerun [[query]] : Jalankan pertanyaan tetapi dapatkan semula jumlah hit sahaja
jika [[query]] tidak dinyatakan, gunakan pertanyaan semasa
query [query] : Sahkan dan tetapkan pertanyaan semasa
jalankan [[query]] : Jalankan pertanyaan dan dapatkan semula data
jika [[query]] tidak dinyatakan, gunakan pertanyaan semasa
keadaan : Paparkan keadaan semasa skrip

bye : Alias ​​untuk 'keluar'
config: Alias ​​untuk 'negeri'
kiraan : Alias ​​untuk 'prerun'
lakukan : Alias ​​untuk 'lari'
keluar : Alias ​​untuk 'outfile'
berhenti : Alias ​​untuk 'keluar'

PILIHAN

-v : verbose; menghidupkan fungsi debug() dalaman

Maklum balas

Mailing senarai
Maklum balas pengguna adalah sebahagian daripada evolusi ini dan modul Bioperl yang lain. Hantar
komen dan cadangan anda sebaiknya ke senarai mel Bioperl. Penyertaan anda
amat dihargai.

[e-mel dilindungi] - Perbincangan umum
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Mengenai senarai mel

laporan bugs
Laporkan pepijat kepada sistem penjejakan pepijat Bioperl untuk membantu kami menjejaki pepijat dan pepijatnya
resolusi. Laporan pepijat boleh diserahkan melalui web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTHOR - Menandakan A. Jensen

Mark A. Jensen[e-mel dilindungi]>

Gunakan bp_hivqp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net