Ini ialah arahan cdhit-454 yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
cd-hit-454 - urutan kumpulan dengan cepat, dioptimumkan untuk 454 data
SINOPSIS
chit-454 [Pilihan]
DESCRIPTION
====== CD-HIT versi 4.6 (dibina pada 23 Jan 2016) ======
Pilihan
-i masukkan nama fail dalam format fasta, diperlukan
-o nama fail keluaran, diperlukan
-c ambang identiti jujukan, lalai 0.98 ini ialah "identiti jujukan global"
dikira sebagai : bilangan asid amino yang sama dalam penjajaran dibahagikan dengan penuh
panjang jujukan + jurang yang lebih pendek
-b lebar jalur penjajaran, lalai 10
-M had memori (dalam MB) untuk program, lalai 800; 0 untuk tidak terhad;
-T bilangan utas, lalai 1; dengan 0, semua CPU akan digunakan
-n word_length, lalai 10, lihat panduan pengguna untuk memilihnya
-aL liputan penjajaran untuk urutan yang lebih panjang, lalai 0.0 jika ditetapkan kepada 0.9, yang
penjajaran mesti meliputi 90% daripada jujukan
-AL kawalan liputan penjajaran untuk jujukan yang lebih panjang, lalai 99999999 jika ditetapkan kepada 60,
dan panjang jujukan ialah 400, maka penjajaran mestilah >= 340 (400-60)
residu
-aS liputan penjajaran untuk jujukan yang lebih pendek, lalai 0.0 jika ditetapkan kepada 0.9, yang
penjajaran mesti meliputi 90% daripada jujukan
-AS kawalan liputan penjajaran untuk jujukan yang lebih pendek, lalai 99999999 jika ditetapkan kepada 60,
dan panjang jujukan ialah 400, maka penjajaran mestilah >= 340 (400-60)
residu
-B 1 atau 0, lalai 0, secara lalai, jujukan disimpan dalam RAM jika ditetapkan kepada 1, jujukan
disimpan pada cakera keras adalah disyorkan untuk digunakan -B 1 untuk pangkalan data yang besar
-g 1 atau 0, lalai 0 oleh algoritma lalai cd-hit, urutan dikelompokkan ke
kelompok pertama yang memenuhi ambang (kelompok cepat). Jika ditetapkan kepada 1, program akan
kelompokkannya ke dalam kelompok yang paling serupa yang memenuhi ambang (tepat tetapi perlahan
mod) tetapi sama ada 1 atau 0 tidak akan menukar wakil kluster akhir
-D saiz maksimum setiap indel, lalai 1
-perlawanan skor sepadan, lalai 2
-tidak sepadan
skor tidak sepadan, lalai -1
-jurang skor pembukaan jurang, lalai -3
-gap-ext
skor sambungan jurang, lalai -1
-bak tulis fail kluster sandaran (1 atau 0, lalai 0)
-h cetak bantuan ini
Soalan, pepijat, hubungi Weizhong Li di [e-mel dilindungi]
Jika anda mendapati cd-hit berguna, sila sebutkan:
"Pengumpulan urutan yang sangat homolog untuk mengurangkan saiz protein besar
pangkalan data", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Bioinformatik, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: program pantas untuk mengelompok dan membandingkan set besar
urutan protein atau nukleotida", Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatics, (2006)
22:1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun dan Weizhong Li. Buatan dan
pendua semula jadi dalam bacaan pyrosequencing data metagenomik. BMC Bioinformatik
(2010) 11 pagi
Gunakan cdhit-454 dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
