cmcalibrate - Dalam talian dalam Awan

JADUAL:

NAMA

cmcalibrate - muatkan ekor eksponen untuk penentuan nilai E model kovarians

SINOPSIS

cmcalibrate [pilihan] cmfile

DESCRIPTION

cmcalibrate menentukan parameter ekor eksponen untuk penentuan nilai E dengan menjana
urutan rawak, mencarinya dengan CM dan mengumpul markah yang terhasil
hits. Histogram bagi skor bit hits sesuai dengan ekor eksponen, dan
parameter ekor yang dipasang disimpan ke fail CM. Parameter ekor eksponen
kemudiannya digunakan untuk menganggarkan kepentingan statistik hits yang ditemui dalam cmsearch and
cmscan.

Fail CM mesti ditentukur dengan cmcalibrate sebelum ia boleh digunakan dalam cmsearch or cmscan,
dengan satu pengecualian: tidak perlu menentukur fail CM yang termasuk sahaja
model dengan pasangan asas sifar sebelum dijalankan cmsearch.

cmcalibrate adalah sangat perlahan. Ia mengambil masa beberapa jam untuk menentukur satu saiz purata
CM pada satu CPU. cmcalibrate akan berjalan selari pada semua teras yang ada jika Infernal
telah dibina pada sistem yang menyokong penjalinan POSIX (lihat bahagian Pemasangan pada
panduan pengguna untuk maklumat lanjut). menggunakan teras akan terhasil secara kasar -Kali ganda
pecutan berbanding CPU tunggal. MPI (Message Passing Interface) juga boleh digunakan untuk
keselarian dengan --mpi pilihan jika Infernal dibina dengan MPI didayakan, tetapi menggunakan
lebih daripada 161 pemproses tidak disyorkan kerana peningkatan melepasi 161 tidak akan mempercepatkan
penentukuran. Lihat bahagian Pemasangan panduan pengguna untuk maklumat lanjut.

. --ramalan pilihan boleh digunakan untuk menganggarkan berapa lama program akan dijalankan untuk a
diberikan cmfile pada mesin semasa. Untuk meramalkan masa berjalan dihidupkan pemproses dengan
MPI, sebagai tambahan menggunakan --nramalan pilihan.

Urutan rawak dicari dalam cmcalibrate dijana oleh HMM yang telah dilatih
jujukan genomik sebenar dengan pelbagai kandungan GC. Matlamatnya adalah untuk mempunyai pengedaran GC
dalam jujukan rawak adalah serupa dengan jujukan genomik sebenar.

Empat pusingan carian dan padanan ekor eksponen berikutnya dilakukan, setiap satu untuk
empat algoritma CM berbeza yang boleh digunakan dalam cmsearch and cmscan: CYK glokal,
Dalaman glokal, CYK tempatan dan Dalam tempatan.

Parameter nilai-E ditentukan oleh cmcalibrate hanya digunakan oleh cmsearch and cmscan
program. Jika anda tidak akan menggunakan program ini maka jangan buang masa untuk menentukur
model anda.

PILIHAN

-h Bantuan; mencetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan pilihan yang tersedia.

-L Tetapkan jumlah panjang jujukan rawak untuk dicari megabases (Mb). Oleh
lalai, is 1.6 Mb. Bertambah akan menjadikan ekor eksponen lebih sesuai
tepat dan nilai-E lebih tepat, tetapi akan mengambil masa yang lebih lama (menggandakan akan secara kasarnya
dua kali ganda masa larian). Menurun tidak disyorkan kerana ia akan membuat
muat kurang tepat dan nilai-E kurang tepat.

PILIHAN UNTUK MERAMAL DIKEHENDAKI MASA DAN MEMORY

--ramalan
Ramalkan masa berjalan penentukuran bagi cmfile (dengan pilihan yang disediakan) pada
mesin semasa dan keluar. Penentukuran tidak dilakukan. Ramalan
harus dianggap anggaran kasar. Jika multithreading didayakan (lihat
Bahagian pemasangan panduan pengguna), masa akan mengambil kira nombor
daripada teras yang tersedia.

--nramalan
Dengan --ramalan, nyatakan itu pemproses akan digunakan untuk penentukuran.
Ini mungkin berguna untuk meramalkan masa berjalan MPI dijalankan dengan
pemproses.

--memreq
Ramalkan jumlah memori yang diperlukan untuk penentukuran cmfile (dengan disediakan
pilihan) pada mesin semasa dan keluar. Penentukuran tidak dilakukan.

PILIHAN MENGAWAL EKSPONENSI TELUR FITS

--gtailn
muatkan ekor eksponen untuk glokal Dalam dan glokal CYK ke markah tertinggi
dalam ekor histogram, di mana is kali bilangan Mb yang dicari. The
nilai lalai bagi ialah 250. Nilai 250 dipilih kerana ia berfungsi dengan baik
secara empirik berbanding nilai lain.

--ltailn
muatkan ekor eksponen untuk Dalam tempatan dan CYK tempatan kepada markah tertinggi
dalam ekor histogram, di mana is kali bilangan Mb yang dicari. The
nilai lalai bagi ialah 750. Nilai 750 dipilih kerana ia berfungsi dengan baik
secara empirik berbanding nilai lain.

--ekor
Abaikan --gtailn and --ltailn pilihan awalan dan sesuai dengan ekor pecahan daripada
histogram kepada ekor eksponen, untuk semua mod carian.

PILIHAN OUTPUT FILES

--hfile
Simpan histogram muat ke fail . Format fail ini ialah dua ruang
lajur terhad bagi setiap baris. Lajur pertama ialah nilai paksi-x bagi skor bit
setiap tong sampah. Lajur kedua ialah nilai paksi-y bilangan hits setiap tong. setiap satu
siri dibatasi oleh baris dengan satu aksara "&". Fail akan mengandungi
satu siri untuk setiap empat ekor eksponen sesuai dalam susunan berikut:
CYK glokal, Dalaman glokal, CYK tempatan dan Dalam tempatan.

--sfile
Simpan maklumat plot survival ke fail . Format fail ini ialah dua ruang
lajur terhad bagi setiap baris. Lajur pertama ialah nilai paksi-x bagi skor bit
setiap tong sampah. Lajur kedua ialah nilai paksi-y bagi pecahan hits yang memenuhi atau
melebihi markah bagi setiap tong sampah. Setiap siri dibatasi oleh satu baris dengan satu
watak "&". Fail itu akan mengandungi tiga siri data untuk setiap empat CM
mod carian dalam susunan berikut: glokal CYK, glokal Dalam, CYK tempatan dan
tempatan Dalam. Siri pertama ialah plot survival empirikal daripada histogram
daripada hits kepada urutan rawak. Siri kedua ialah ekor eksponen yang sesuai dengan
taburan empirikal. Siri ketiga ialah muat ekor eksponen jika lambda
telah ditetapkan dan ditetapkan sebagai log semula jadi 2 (0.691314718).

--qqfile
Simpan maklumat plot kuantil-kuantil ke fail . Format fail ini ialah
dua lajur dihadkan ruang setiap baris. Lajur pertama ialah nilai paksi-x, dan
lajur kedua ialah nilai paksi-y. Jarak mata dari
garis identiti (y=x) ialah ukuran sejauh mana kesesuaian ekor eksponen adalah
semakin dekat titik dengan garis identiti, lebih baik ia sesuai. Setiap siri adalah
dibatasi oleh baris dengan satu aksara "&". Fail itu akan mengandungi satu siri
data empirikal bagi setiap empat ekor eksponen sesuai dengan yang berikut
pesanan: glokal CYK, glokal Dalam, CYK tempatan dan Dalam tempatan.

--fail
Jimat ruang statistik terhad ekor eksponen berbeza padan ke fail .
Fail akan mengandungi nilai lambda dan mu untuk ekor eksponen yang sesuai dengannya
ekor histogram dengan saiz yang berbeza. Medan dalam fail dilabelkan
secara bermaklumat.

--xfile
Simpan senarai skor dalam setiap ekor histogram yang sesuai untuk difailkan . Setiap baris
fail ini akan mempunyai skor yang berbeza yang menunjukkan satu hit wujud dalam ekor dengan
markah itu. Setiap siri dihadkan oleh baris dengan satu aksara "&". The
fail akan mengandungi satu siri untuk setiap empat ekor eksponen yang sesuai dalam
tertib berikut: CYK glokal, Dalaman glokal, CYK tempatan, dan Dalam tempatan.

LAIN PILIHAN

--benih
Benih penjana nombor rawak dengan , integer >= 0. Jika adalah bukan sifar,
simulasi stokastik akan boleh dihasilkan semula; arahan yang sama akan memberikan yang sama
keputusan. Jika ialah 0, penjana nombor rawak disemai secara sewenang-wenangnya, dan
simulasi stokastik akan berbeza dari larian ke larian arahan yang sama. lalai
biji ialah 181.

--beta
Secara lalai pembanding bergantung kepada pertanyaan (QDB) digunakan untuk mempercepatkan carian CM
algoritma dengan kebarangkalian kehilangan ekor beta 1E-15. Nilai beta ini boleh
ditukar menjadi bersama --beta . Parameter beta ialah jumlah kebarangkalian
jisim dikecualikan semasa pengiraan jalur, nilai beta yang lebih tinggi memberikan kelajuan yang lebih besar
tetapi mengorbankan lebih ketepatan daripada nilai yang lebih rendah. Nilai lalai yang digunakan ialah 1E-15.
(Untuk maklumat lanjut tentang QDB lihat Nawrocki dan Eddy, PLoS Computational Biology
3(3): e56.)

--tidak berjalur
Matikan QDB semasa penentukuran nilai E. Ini akan melambatkan penentukuran.

--nonull3
Matikan model null tambahan post hoc null3. Ini tidak disyorkan melainkan
anda merancang untuk menggunakan pilihan yang sama untuk cmsearch dan / atau cmscan.

--rawak
Sebaliknya, gunakan model nol latar belakang CM untuk menjana jujukan rawak
daripada HMM yang lebih realistik. Melainkan CM dibina menggunakan --null pilihan untuk
cmbuild, model nol latar belakang ialah 25% setiap satu A, C, G dan U.

--gc
Hasilkan jujukan rawak menggunakan taburan nukleotida daripada jujukan
fail .

--CPU
Nyatakan bahawa pekerja CPU selari digunakan. Jika ditetapkan sebagai "0", kemudian
program akan dijalankan dalam mod bersiri, tanpa menggunakan benang. Anda juga boleh mengawal
nombor ini dengan menetapkan pembolehubah persekitaran, INFERNAL_NCPU. Pilihan ini akan
hanya tersedia jika mesin di mana Infernal dibina mampu digunakan
Benang POSIX (lihat bahagian Pemasangan panduan pengguna untuk maklumat lanjut
maklumat).

--mpi Jalankan sebagai program selari MPI. Pilihan ini hanya akan tersedia jika Infernal ada
telah dikonfigurasikan dan dibina dengan bendera "--enable-mpi" (lihat bahagian Installation
bahagian panduan pengguna untuk maklumat lanjut).

Gunakan cmcalibrate dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net