Ini ialah arahan cmtk-epiunwarp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
epiunwarp - Unwarp Imej Planar Gema
SINOPSIS
epiunwarp InputImage1 InputImage2 OutputImage1 OutputImage2 OutputDFfieldRev
DESCRIPTION
Betulkan herotan akibat ketidakhomogenan medan B0 dalam Imej Echo Planar (cth, resapan-
imej berwajaran) menggunakan dua imej yang diperoleh dengan arah pengekodan fasa bertentangan.
PILIHAN
Global Toolkit Pilihan (ini adalah dikongsi by semua CMTK alatan)
- membantu
Tulis senarai pilihan baris arahan asas kepada output standard.
--bantu-semua
Tulis senarai lengkap pilihan baris perintah asas dan lanjutan kepada output standard.
--wiki
Tulis senarai pilihan baris arahan kepada output standard dalam penanda MediaWiki.
--lelaki
Tulis sumber halaman manual dalam penanda 'nroff' kepada output standard.
--versi
Tulis versi kit alat kepada output standard.
--gema
Tulis baris arahan semasa kepada output standard.
--peringkat-verbose
Tetapkan tahap verbositi.
--verbose, -v
Naikkan tahap verbositi sebanyak 1 (ditamatkan; disokong untuk keserasian ke belakang).
--benang
Tetapkan bilangan maksimum utas selari (untuk utas POSIX dan OpenMP).
Input Image Parameter
--fasa-kod
Tentukan arah koordinat imej berkod fasa. Nilai yang disokong: "fasa-
encode-ap", "phase-encode-is", "phase-encode-lr", dengan lalainya ialah "phase-encode-
ap", atau gunakan salah satu daripada yang berikut:
--phase-encode-ap, -y
Pengekodan fasa anterior/posterior (ini adalah kes yang paling biasa) [Ini is yang
lalai]
--phase-encode-is, -z
Pengekodan fasa atas/bawah (ini jarang berlaku)
--phase-encode-lr, -x
Pengekodan fasa sisi, kiri/kanan (ini sangat jarang berlaku)
--tidak-terbalik
Gunakan suis ini ialah imej berkod fasa terbalik tidak perlu diterbalikkan terlebih dahulu
untuk membongkar. Jika imej berkod fasa biasa dan terbalik dipaparkan dalam kasar yang sama
orientasi dalam 'triplanar', maka flipping tidak perlu dan mesti dimatikan
menggunakan suis ini.
Pengoptimuman Parameter
--no-init-shift-com
Lumpuhkan permulaan unwarping dengan mengalihkan setiap baris untuk menjajarkan pusat jisim
daripada pemerolehan hadapan dan belakang. Sebaliknya, gunakan medan ubah bentuk awal semua sifar.
--sigma-smooth-maks
Lebar kernel melicinkan imej maksimum untuk tahap paling kasar pengiraan berbilang skala.
[Lalai: 8]
--smooth-sigma-min
Lebar kernel pelicinan imej minimum untuk tahap terbaik pengiraan berbilang skala (0 =
tiada pelicinan; skala imej asal). [Lalai: 0]
--smooth-sigma-diff
Perbezaan antara lebar kernel melicinkan imej antara dua tahap berturut-turut
pengiraan pelbagai skala. [Lalai: 0.25]
--kelicinan-kekangan-berat
Faktor berat untuk istilah kekangan kelancaran urutan kedua dalam kos unwarping
fungsi. [Lalai: 0]
--lipat-kekangan-berat
Faktor berat untuk istilah kekangan pencegahan lipatan dalam kos unwarping
fungsi. [Lalai: 0]
--lelaran , -i
Bilangan lelaran pengoptimuman L-BFGS (setiap tahap berbilang skala). [Lalai: 10]
Output Pilihan
--tulis-jacobian-fwd
Tulis peta pembetulan keamatan Jacobian untuk imej hadapan. [Lalai: TIADA]
--tulis-jacobian-rev
Tulis peta pembetulan keamatan Jacobian untuk imej berkod terbalik. [Lalai: TIADA]
PENGARANG
Torsten Rohlfing, dengan sumbangan daripada Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff, dan Yaroslav Halchenko
Gunakan cmtk-epiunwarp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
