Ini ialah command coverageCount yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
coverageCount - mengira liputan bacaan yang dipetakan di setiap lokasi secara keseluruhan
genom rujukan
DESCRIPTION
coverageCount Versi 1.5.0-p1
Program ini mengira liputan bacaan yang dipetakan di setiap lokasi pada
genom rujukan. Ia menjana fail binari untuk setiap kromosom dengan menggabungkan
tahap liputan sebagai nombor integer 4-bait.
Penggunaan
coverageCount [pilihan] -i -o
Hujah yang diperlukan:
-i
Nama fail input dalam format SAM atau BAM.
-o
Awalan fail output. Setiap fail output mengandungi nombor integer Empat bait
Hujah pilihan:
--maxMOp Bilangan maksimum operasi 'M' dibenarkan dalam rentetan CIGAR.
10 secara lalai. Kedua-dua 'X' dan '=' dianggap sebagai 'M' dan operasi 'M' bersebelahan
digabungkan dalam rentetan CIGAR.
coverageCount Versi 1.5.0-p1
Program ini mengira liputan bacaan yang dipetakan di setiap lokasi pada
genom rujukan. Ia menjana fail binari untuk setiap kromosom dengan menggabungkan
tahap liputan sebagai nombor integer 4-bait.
Penggunaan
coverageCount [pilihan] -i -o
Hujah yang diperlukan:
-i
Nama fail input dalam format SAM atau BAM.
-o
Awalan fail output. Setiap fail output mengandungi nombor integer Empat bait
Hujah pilihan:
--maxMOp Bilangan maksimum operasi 'M' dibenarkan dalam rentetan CIGAR.
10 secara lalai. Kedua-dua 'X' dan '=' dianggap sebagai 'M' dan operasi 'M' bersebelahan
digabungkan dalam rentetan CIGAR.
Gunakan coverageCount dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net