Ini ialah arahan gdcmimg yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gdcmimg - Manipulasi fail imej DICOM.
gdcmimg ialah alat tahap rendah untuk membenarkan de-/enkapsulasi dari/ke imej DICOM. Alat ini berfungsi
tidak memahami penukaran Sintaks Pemindahan. Ia akan merangkum data mentah sebagaimana adanya. ini
mempunyai beberapa kesan dalam beberapa kes, lihat amaran khas di bawah.
Adalah penting untuk ambil perhatian bahawa gdcmimg hanya boleh merangkum fail input yang betul, sebagai contoh
JPG dan atau JP2 diterima kerana Sintaks Pemindahan DICOM yang berkaitan boleh ditemui.
Walau bagaimanapun input seperti TIFF dan/atau PNG tidak, kerana DICOM tidak menyokongnya. Lihat
sebaliknya alat seperti gdcm2vtk.
SINOPSIS
gdcmimg [pilihan] fail masuk fail keluar
DESCRIPTION
. gdcmimg alat baris arahan boleh digunakan dalam dua fesyen:
· 1. Menukar format fail yang diiktiraf kepada rakan sejawatan DICOM yang terkapsul,
· 2. Menganonimkan bahagian segi empat tepat bagi fail DICOM.
PARAMETER
nama fail input fail (bukan DICOM)
keluar fail nama fail keluaran DICOM
PILIHAN
-i --input Input nama fail
-o --output Output nama fail
KHAS PILIHAN
--endian %s Endianness (LSB/MSB).
-d --depth %d Depth (Sama ada 8/16/32 atau BitsAllocated cth. 12 apabila diketahui).
--sign %s Tanda piksel (0/1).
--spp %d Sampel Setiap Piksel (1/3).
-s --saiz %d,%d Saiz.
-C --sop-class-uid Kelas SOP UID (nama atau nilai).
-T --study-uid Kajian UID.
-S --siri-uid Siri UID.
--root-uid Root UID.
PENGISIAN PILIHAN
-R --region %d,%d Region.
-F --isi %d Isi dengan nilai piksel yang ditentukan.
UMUM PILIHAN
-h --bantuan
cetak teks bantuan ini dan keluar
-v --versi
maklumat versi cetakan dan keluar
-V --verbose
mod verbose (amaran+ralat).
-W --amaran
mod amaran, cetak maklumat amaran
-E --kesilapan
mod ralat, maklumat ralat cetak
-D --nyahpepijat
mod nyahpepijat, cetak maklumat nyahpepijat
PERSEKITARAN BERBAGAI
GDCM_ROOT_UID Root UID
DISOKONG FAIL FORMAT (SESUAI FAIL SAMBUNGAN)
gdcmimg akan mendasarkan proses penukarannya berdasarkan sambungan fail. Mengikuti senarai
sambungan fail yang diiktiraf. Apabila tiada sambungan ditemui, fail DICOM diandaikan.
format input
* RAW (mentah, rawl, kelabu, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()
format output:
* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()
Untuk format fail RAW, anda harus berhati-hati dengan pilihan –endian. Untuk yang (lama)
Format fail JPEG, kedua-dua format lossy dan lossless disokong, pengguna harus membayar
perhatian kepada pilihan –tanda. Untuk format fail seperti RLE atau RAW, pengguna dijangka
isi maklumat yang diperlukan untuk mencari dimensi dan jenis data input kerana tiada
cara lain untuk mencari maklumat ini. Untuk semua format fail lain, sifat diperolehi
daripada format fail itu sendiri.
Fail PNM sepatutnya menjadi endian besar (penting untuk kedalaman > 8)
JENIS PENGGUNAAN
Batalkan a segi empat tepat sebahagian of yang gambar
Untuk mengisi rantau [0,100]x[0,100] imej DICOM cuma lakukan:
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
Amaran: jika Data Pixel dimampatkan, imej akan dinyahmampat dahulu supaya piksel itu
boleh ditetapkan kepada 0, tetapi ia tidak dimampatkan semula.
Tukar RAW kepada DICOM
Sambungan yang diiktiraf ialah .raw, .rawl, .gray atau .rgb (tidak sensitif huruf besar-besaran)
$ gdcmimg --saiz 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
imej akan menjadi Tangkapan Sekunder.
Apabila input ialah 3 komponen, seseorang perlu menyatakan secara eksplisit Sampel Setiap Piksel:
$ gdcmimg --saiz 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm
Apabila nama fail mengandungi .rgb sebagai output sambungan fail diiktiraf secara automatik sebagai
RGB tidak perlu menyatakan –spp
$ gdcmimg --saiz 512,512 input.rgb output_rgb.dcm
Anda boleh menggunakan dd baris cmd untuk melangkau mana-mana pengepala yang anda ingin buang, contohnya, if
anda ingin melangkau 108 bait pertama, hanya lakukan:
$ dd langkau=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
sambungan .raw dan .rawl adalah setara. Anda perlu menyatakan secara eksplisit endian
secara manual:
$ gdcmimg --endian MSB --saiz 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --saiz 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
Tukar PGM/PNM/PPM kepada DICOM
Sambungan yang dikenali ialah .pgm, .pnm, .ppm (tidak sensitif huruf besar-besaran)
$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm
imej akan menjadi Tangkapan Sekunder
Tukar RLE kepada DICOM
Sambungan yang diiktiraf ialah .rle (tidak sensitif huruf besar-besaran)
$ gdcmimg --saiz 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm
imej akan menjadi Tangkapan Sekunder
Tukar JPEG kepada DICOM
Sambungan yang dikenali ialah .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (tidak sensitif huruf besar-besaran)
$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm
imej akan menjadi Tangkapan Sekunder
Tukar J2K kepada DICOM
Sambungan yang dikenali ialah .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (tidak sensitif huruf besar-besaran)
$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm
imej akan menjadi Tangkapan Sekunder.
Semua maklumat Pixel (Bit Disimpan/Diperuntukkan...) akan diperoleh daripada imej itu sendiri,
dan bukan daripada pilihan baris arahan.
Menentukan a SOP Kelas UID
Daripada Storan Imej Tangkapan Sekunder lalai, seseorang mungkin mahu menentukan, katakan VL
Storan Imej Fotografi.
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm
PELBAGAI FILES
gdcmimg mengendalikan satu set fail dengan baik (contohnya jpeg):
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm
Adalah penting untuk menentukan Kelas SOP yang menyokong imej berbilang bingkai sebaliknya
gdcmimg akan gagal.
MULA OFFSET
Dalam sesetengah kes, seseorang mungkin mahu mencipta kepingan 2D daripada volum arbitrari (cth 3D). Dalam
kes mana –offset menjadi berguna:
$ gdcmimg --offset 4954104330 --saiz 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm
BERKHATAN :
Terdapat beberapa isu dengan pelaksanaan gdcmimg:
Untuk fail RAW, seseorang harus memberi perhatian bahawa apabila menggunakan –endian MSB, Data Piksel akan menjadi
dikapsulkan sebagaimana adanya (tidak disentuh oleh gdcmimg). Oleh itu satu-satunya sintaks pemindahan yang mungkin
tersedia ialah Implicit VR Big Endian DLX (G.E Private). GDCM mengendalikan peribadi ini
Sintaks Pemindahan. Jadi jika anda perlu menukar Sintaks Pemindahan ini kepada yang lain (dan benarkan
Manipulasi Data Pixel), anda boleh menggunakan:
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
Untuk fail JFIF dan fail JP2 (dengan pengepala) pengepala disalin ke dalam elemen Pixel Data
yang haram untuk JP2. Gunakan gdcmconv untuk mengekod semula fail JP2/JFIF ke dalam J2K/JPG dengan betul.
$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm
Untuk fail RLE, tiada semakan dilakukan untuk melintasi sempadan baris. Ia disyorkan untuk digunakan
gdcmconv –rle untuk mengekod semula ke dalam fail RLE yang betul sekiranya terdapat keraguan.
Sudah tentu jika pemampatan tidak ok dengan persediaan anda, anda sentiasa boleh menyahkapsul
Fail DICOM (biasanya JPEG) kepada bentuk tidak berkapsul, menggunakan gdcmconv:
$ gdcmconv --input mentah_jpeg.dcm output_raw.dcm
Gunakan gdcmimg dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
