Ini ialah arahan gmx-spatial yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-spatial - Kira fungsi taburan spatial
SINOPSIS
gmx spatial [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[tidak]w] [-[no]pbc]
[-[no]div] [-ign ] [- tong sampah ] [-nab ]
DESCRIPTION
gmx spatial mengira fungsi taburan ruang dan mengeluarkannya dalam bentuk yang boleh
dibaca oleh VMD sebagai format kiub Gaussian98. Untuk sistem 32,000 atom dan 50 ns
trajektori, SDF boleh dijana dalam kira-kira 30 minit, dengan kebanyakan masa dikhaskan
kepada dua berjalan melalui trjconv yang diperlukan untuk memusatkan segala-galanya dengan betul. ini
juga mengambil sejumlah besar ruang (3 salinan fail trajektori). Namun, gambar-gambar itu
cantik dan sangat bermaklumat apabila pemilihan yang dipasang dibuat dengan betul. 3-4 atom dalam
kumpulan mudah alih secara meluas (seperti asid amino bebas dalam larutan) berfungsi dengan baik, atau pilih
tulang belakang protein dalam struktur terlipat yang stabil untuk mendapatkan SDF pelarut dan lihat pada
shell penyelesaian purata masa. Ia juga mungkin menggunakan program ini untuk menjana SDF
berdasarkan beberapa koordinat Cartesan sewenang-wenangnya. Untuk melakukan itu, hanya tinggalkan permulaan gmx
trjconv langkah-langkah.
Penggunaan:
1. Gunakan gmx make_ndx untuk mencipta kumpulan yang mengandungi atom di sekeliling yang anda mahukan SDF
2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -pusat kotak trik -kami padat -pbc tiada
3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -sesuai reput+trans
4. berlari gmx spatial pada c.tng keluaran langkah #3.
5. Beban grid.kubus ke dalam VMD dan lihat sebagai isosurface.
Nota bahawa sistem seperti misel akan memerlukan gmx trjconv -pbc kelompok antara langkah 1
dan 2.
Amaran
SDF akan dijana untuk kubus yang mengandungi semua tong yang mempunyai beberapa bukan sifar
penghunian. Walau bagaimanapun, persediaan -sesuai reput+trans pilihan untuk gmx trjconv membayangkan bahawa
sistem anda akan berputar dan menterjemah dalam ruang (agar kumpulan yang dipilih
tidak). Oleh itu nilai yang dikembalikan hanya akan sah untuk sesetengah wilayah
di sekeliling kumpulan/koordinat pusat anda yang mempunyai pertindihan penuh dengan volum sistem di seluruh
keseluruhan sistem yang diterjemahkan/diputar sepanjang trajektori. Terpulang kepada
pengguna untuk memastikan bahawa ini berlaku.
Berisiko pilihan
Untuk mengurangkan jumlah ruang dan masa yang diperlukan, anda boleh mengeluarkan hanya kord yang ada
akan digunakan dalam larian pertama dan seterusnya gmx trjconv. Walau bagaimanapun, pastikan anda
menetapkan -nab pilihan kepada nilai yang cukup tinggi kerana memori diperuntukkan untuk tong kubus
berdasarkan koordinat awal dan -nab nilai pilihan.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-[no]pbc (tidak)
Gunakan syarat sempadan berkala untuk mengira jarak
-[no]div (ya)
Kira dan gunakan pembahagi untuk penghunian tong berdasarkan atom/kubus minimum
saiz. Tetapkan sebagai TRUE untuk visualisasi dan sebagai FALSE (-nodiv) untuk mendapatkan kiraan yang tepat
setiap bingkai
-ign (-1)
Jangan paparkan bilangan kiub luar ini (nilai positif mungkin mengurangkan sempadan
bintik-bintik; -1 memastikan permukaan luar kelihatan)
- tong sampah (0.05)
Lebar tong sampah (nm)
-nab (4)
Bilangan tong tambahan untuk memastikan peruntukan memori yang betul
DIKENALI ISU
· Apabila memori yang diperuntukkan tidak cukup besar, kesalahan pembahagian mungkin berlaku. Ini adalah
biasanya dikesan dan program dihentikan sebelum kerosakan semasa memaparkan amaran
mesej yang mencadangkan penggunaan -nab (Bilangan Tong Tambahan) pilihan. Walau bagaimanapun
program tidak mengesan semua peristiwa tersebut. Jika anda menghadapi masalah pembahagian, jalankannya
sekali lagi dengan peningkatan -nab nilai.
Gunakan gmx-spatial dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
