gt-cds - Dalam talian dalam Awan

JADUAL:

NAMA

gt-cds - Tambah ciri CDS (urutan pengekodan) pada ciri exon yang diberikan dalam fail GFF3.

SINOPSIS

gt cds [pilihan ...] [GFF3_file]

DESCRIPTION

-minorflen [nilai]
tetapkan panjang minimum bingkai bacaan terbuka (ORF) mesti perlu ditambah sebagai CDS
ciri (diukur dalam asid amino) (lalai: 64)

-startcodon [ya|tidak]
memerlukan daripada ORF mesti bermula dengan kodon mula (lalai: tidak)

-finalstopcodon [ya|tidak]
memerlukan ORF akhir mesti berakhir dengan kodon henti (lalai: tidak)

-seqfile [nama fail]
tetapkan fail jujukan untuk mengambil jujukan (lalai: tidak ditentukan)

-encseq [nama fail]
tetapkan nama indeks jujukan yang dikodkan untuk mengambil jujukan (lalai:
tidak ditentukan)

-seqfiles
tetapkan fail urutan untuk mengekstrak penggunaan ciri -- untuk menamatkan senarai
daripada fail urutan

-matchdesc [ya|tidak]
cari huraian jujukan daripada fail input untuk ID jujukan yang dikehendaki (dalam
GFF3), melaporkan perlawanan pertama (lalai: tidak)

-matchdescstart [ya|tidak]
betul-betul sepadan dengan huraian jujukan daripada fail input untuk jujukan yang dikehendaki
ID (dalam GFF3) dari awal hingga ruang putih pertama (lalai: tidak)

-usedesc [ya|tidak]
gunakan perihalan jujukan untuk memetakan ID jujukan (dalam GFF3) kepada jujukan sebenar
entri. Jika perihalan mengandungi julat jujukan (cth, III:1000001..2000000),
bahagian pertama digunakan sebagai ID urutan (III) dan kedudukan julat pertama sebagai offset
(1000001) (lalai: tidak)

-pemetaan wilayah [rentetan]
tetapkan fail yang mengandungi jujukan-rantau kepada pemetaan fail jujukan (lalai: tidak ditentukan)

-v [ya|tidak]
bertele-tele (lalai: tidak)

-o [nama fail]
ubah hala output ke fail yang ditentukan (lalai: tidak ditentukan)

-gzip [ya|tidak]
tulis fail output termampat gzip (lalai: tidak)

-bzip2 [ya|tidak]
tulis fail output termampat bzip2 (lalai: tidak)

-paksa [ya|tidak]
paksa menulis ke fail output (lalai: tidak)

-membantu
paparan bantuan dan keluar

-turun
memaparkan maklumat versi dan keluar

Format fail untuk pilihan -pemetaan wilayah:

Fail yang dibekalkan kepada option -regionmapping mentakrifkan "pemetaan". Pemetaan memetakan
entri sequence-region yang diberikan dalam GFF3_file kepada fail urutan yang mengandungi
urutan yang sepadan. Pemetaan boleh ditakrifkan dalam salah satu daripada dua bentuk berikut:

pemetaan = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

pemetaan fungsi (sequence_region)
kembalikan "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
akhir

Bentuk pertama mentakrifkan Lua (http://www.lua.org) jadual bernama "pemetaan" yang memetakan setiap satu
rantau jujukan ke fail jujukan yang sepadan. Yang kedua mentakrifkan fungsi Lua
"pemetaan", yang perlu mengembalikan nama fail jujukan apabila ia dipanggil dengan
sequence_region sebagai hujah.

PELAPORAN BUANG

Laporkan pepijat kepada[e-mel dilindungi]>.

Gunakan gt-cds dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net