EnglishFrenchSpanyol

Jalankan pelayan | Ubuntu > | Fedora > |


Favicon OnWorks

infernal - Dalam talian di Awan

Jalankan infernal dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks melalui Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS

Ini ialah perintah infernal yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.

JADUAL:

NAMA


Infernal - analisis jujukan menggunakan profil jujukan RNA dan struktur sekunder
konsensus

SINOPSIS


cmalign
Jajarkan jujukan kepada model kovarians

cmbuild
Bina model kovarians daripada jujukan berbilang RNA beranotasi struktur
penjajaran

cmcalibrate
Muatkan ekor eksponen untuk penentuan nilai E model kovarians

cmconvert
Tukar fail model kovarians Infernal

cmemit
Contoh jujukan daripada model kovarians

cmfetch
Dapatkan semula model kovarians daripada fail

cmpress
Sediakan pangkalan data model kovarians untuk cmscan

cmscan
Urutan carian terhadap pangkalan data model kovarians

cmsearch
Cari model kovarians terhadap pangkalan data jujukan

cmstat
statistik ringkasan untuk fail model kovarians

DESCRIPTION


Infernal ialah set beberapa program untuk penjajaran jujukan RNA struktur dan pangkalan data
pencarian homologi. Ia menggunakan model probabilistik yang dipanggil "model kovarians" (CM) untuk
mewakili kemungkinan homolog evolusi bagi penjajaran berbilang (atau urutan tunggal) daripada
keluarga jujukan RNA struktur.

Bersama dengan pangkalan data Rfam keluarga RNA dan CM yang berkaitan
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal boleh digunakan untuk menganotasi homolog struktur yang diketahui
Keluarga RNA dalam genom.

Infernal berkait rapat dengan suite perisian HMMER untuk analisis keluarga urutan menggunakan
profil HMM (http://hmmer.org), tetapi direka khusus untuk jujukan RNA struktur
keluarga. Selain memodelkan jujukan keluarga yang dipelihara seperti yang dilakukan oleh HMM profil,
CM memodelkan struktur sekunder keluarga yang terpelihara, bersarang baik (bukan pseudoknotted) sebagai
baiklah. Oleh itu, kaedah carian dan penjajaran CM adalah secara relatifnya secara pengiraan
mahal. Infernal menggunakan profil HMM sebagai penapis dan untuk mendapatkan kekangan untuk membuat
Kaedah CM lebih praktikal.

Infernal digunakan dalam tiga mod utama: untuk mencari pangkalan data jujukan untuk homolog baharu an
Keluarga RNA (atau anotasi homolog dalam genom); untuk mencari pangkalan data CM (seperti Rfam) untuk mencari
keluarga yang diketahui milik urutan pertanyaan; dan secara automatik membina besar
penjajaran berbilang (iaitu dengan bilangan jujukan yang tidak terhad secara berkesan) menggunakan CM
wakil keluarga urutan.

Katakan anda mempunyai penjajaran berbilang jujukan beranotasi struktur bagi jujukan RNA
keluarga yang diminati, dan anda ingin mencari pangkalan data jujukan untuk homolog tambahan.
. cmbuild program membina model kovarians daripada pelbagai penjajaran dan cmcalibrate
menentukan parameter penting untuk menganggar kepentingan statistik pangkalan data
hits pada model dalam carian seterusnya.

. cmsearch program mencari CM(s) terhadap pangkalan data jujukan.

Katakan anda mempunyai jujukan yang anda ingin analisis menggunakan pangkalan data CM berasaskan Infernal
seperti Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). The cmpress program memformat model kovarians
(seperti fail yang anda akan muat turun dari Rfam) ke dalam pangkalan data binari Infernal. The
cmscan program mencari urutan (s) terhadap pangkalan data itu.

Katakan anda ingin menjajarkan banyak jujukan. Anda boleh membina kecil yang terurus
penjajaran struktur set wakil jujukan, bina CM dengan cmbuild, dan
menggunakan cmalign atur cara untuk menjajarkan sebarang bilangan jujukan kepada CM itu.

Infernal juga termasuk beberapa alat tambahan untuk bekerja dengan pangkalan data CM yang besar. cmfetch
mengambil satu atau lebih CM daripada pangkalan data. cmstat mencetak statistik ringkasan tentang CM
fail.

Untuk keserasian dengan versi sebelumnya Infernal, serta dengan HMMER, the cmconvert
program menukar fail CM kepada beberapa format lain.

. cmemit program menjana (mensimulasikan) jujukan "homolog" dengan pensampelan daripada CM. Ia
juga boleh menjana urutan "konsensus".

Setiap program mempunyai halaman manual sendiri.

Gunakan neraka dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net


Ad


Ad