libscane - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

libscan - Carian diagnostik untuk keluarga protein.

SINOPSIS

libscan -mod senarai -grib boolean -henik boolean -hmm boolean -sam boolean -pssm boolean
-sig boolean -hmmpath rentetan -hmextn rentetan -hmmoutpath rentetan -hmmoutextn rentetan
-sampath rentetan -samaxtn rentetan -samoutpath rentetan -samoutextn rentetan
-pssmpath rentetan -pssmextn rentetan -niter integer -mengirik terapung -maxhit integer
-pssmoutpath rentetan -pssmoutextn rentetan -gbvpath rentetan -gbvextn rentetan
-gbvgapo terapung -gbvgape terapung -gbvoutpath rentetan -gbvoutextn rentetan
-hnfpath rentetan -hnfextn rentetan -hnfgapo terapung -hnfgape terapung -hnfoutpath rentetan
-hnfoutextn rentetan -sikap rentetan -sigextn rentetan -nterm senarai -sub matriksf
-siggapo terapung -siggape terapung -sigoutpath rentetan -sigoutextn rentetan -db seqset
-scopf dalam fail

libscan -membantu

DESCRIPTION

libscan ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Protein:3D Structure".

PILIHAN

-mod senarai
libscan berjalan dalam satu daripada dua mod sama ada (i) mod carian pangkalan data atau (ii) perpustakaan
mod skrin. Dalam mod carian pangkalan data libscan membaca satu atau lebih direktori setiap satu
mengandungi satu jenis unsur diskriminasi, jenis yang dibenarkan adalah jarang
tandatangan jujukan, profil Gribskov, profil Henikoff atau model Markov tersembunyi. Dalam
mod skrin perpustakaan, libscan membaca set urutan, menyaring setiap jujukan terhadap
perpustakaan (direktori unsur yang membezakan) dan menulis fail imbasan perpustakaan (daripada
keluarga yang mendapat markah tertinggi) untuk setiap satu. Nilai lalai: 2

-grib boolean
Nilai lalai: N

-henik boolean
Nilai lalai: N

-hmm boolean
Nilai lalai: N

-sam boolean
Nilai lalai: N

-pssm boolean
Nilai lalai: Y

-sig boolean
Nilai lalai: N

-hmmpath rentetan
Nilai asal: ./ lib /

-hmextn rentetan
Nilai lalai: .hmm

-hmmoutpath rentetan
Nilai asal: ./

-hmmoutextn rentetan
Nilai lalai: .hmmout

-sampath rentetan
Nilai asal: ./

-samaxtn rentetan
Nilai lalai: .mod

-samoutpath rentetan
Nilai asal: ./

-samoutextn rentetan
Nilai lalai: .samout

-pssmpath rentetan
Nilai lalai: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn rentetan
Nilai lalai: .chk

-niter integer
Nilai lalai: 1

-mengirik terapung
Nilai lalai: 100

-maxhit integer
Nilai lalai: 1000

-pssmoutpath rentetan
Nilai asal: ./

-pssmoutextn rentetan
Nilai lalai: .pssmout

-gbvpath rentetan
Nilai asal: ./

-gbvextn rentetan
Nilai lalai: .grib

-gbvgapo terapung
Nilai lalai: 10.0

-gbvgape terapung
Nilai lalai: 0.5

-gbvoutpath rentetan
Nilai asal: ./

-gbvoutextn rentetan
Nilai lalai: .gribout

-hnfpath rentetan
Nilai asal: ./

-hnfextn rentetan
Nilai lalai: .henik

-hnfgapo terapung
Nilai lalai: 10.0

-hnfgape terapung
Nilai lalai: 0.5

-hnfoutpath rentetan
Nilai asal: ./

-hnfoutextn rentetan
Nilai lalai: .henikout

-sikap rentetan
Nilai asal: ./

-sigextn rentetan
Nilai lalai: .sig

-nterm senarai
Nilai lalai: 1

-sub matriksf
Nilai lalai: EBLOSUM62

-siggapo terapung
Nilai lalai: 10.0

-siggape terapung
Nilai lalai: 0.5

-sigoutpath rentetan
Nilai asal: ./

-sigoutextn rentetan
Nilai lalai: .sigout

-db seqset
Dalam mod carian pangkalan data, libscan mengimbas setiap elemen yang mendiskriminasi terhadap urutan
ditetapkan. Dalam mod skrin perpustakaan, libscan membaca set jujukan dan menapis setiap jujukan
terhadap perpustakaan (direktori unsur yang membezakan) Nilai lalai: 49142.vdhf

-scopf dalam fail
Dalam mana-mana mod, 'fail klasifikasi scop' diperlukan sebagai sumber keluarga
data klasifikasi. Fail klasifikasi skop mengandungi klasifikasi dan data lain
untuk domain daripada pangkalan data skop. Fail adalah dalam format seperti embl dan dijana
oleh scopparse. Maklumat jujukan domain boleh ditambahkan pada fail dengan menggunakan scopseqs.
Nilai lalai: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

Gunakan libscane dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net