Ini ialah perintah mincstats yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
mincstats - mengira statistik mudah merentas voxel fail minc
SINOPSIS
mincstats [ ] .mnc
DESCRIPTION
Mincstats akan mengira ukuran statistik mudah merentas semua voxel fail minc.
Ambil perhatian bahawa ini adalah ukuran statistik global dan bukan ukuran voxel demi voxel (lihat
mincaverage untuk itu). Secara lalai semua statistik dikira. Jika ada statistik
diminta melalui pilihan baris arahan, maka hanya statistik yang diminta dicetak.
Ciri yang sangat berguna bagi program ini ialah keupayaan untuk menyekat set voxel
termasuk dalam pengiraan statistik, sama ada dengan mengehadkan julat nilai yang disertakan,
atau dengan menggunakan fail topeng dengan julat terhad. Pelbagai julat untuk fail input atau
fail topeng boleh ditentukan. Untuk setiap julat nilai volum yang disertakan, dan untuk setiap julat
daripada nilai topeng, statistik yang berkaitan dicetak (nilai n*m, dengan n ialah nombor
julat volum dan m bilangan julat topeng). Pengiraan ini dilakukan secara tunggal
melalui data, jadi menentukan berbilang julat adalah lebih pantas daripada menjalankan
program berulang kali. Ini agak membantu apabila mengira banyak purata serantau dengan a
Isipadu topeng VOI.
Sebutan khusus harus diberikan kepada histogram dan ukuran statistik yang berkaitan. The
julat lalai histogram adalah daripada nilai terkecil dalam fail kepada yang terbesar. Dalam
kes yang tidak biasa, tetapi istimewa, apabila bilangan tong histogram betul-betul sepadan dengan
bilangan nilai yang mungkin dalam fail (cth 256 tong untuk data bait julat penuh), the
histogram boleh berakhir dengan beberapa ciri ganjil apabila menggunakan julat histogram lalai. ini
timbul daripada pendiskretan data yang kemudiannya dibin semula menjadi sedikit
histgram tidak sepadan. Untuk contoh data bait, nilai yang harus digunakan ialah 256
tong sampah dan julat histogram yang memanjangkan separuh tong di bawah nilai terkecil dan separuh tong
di atas yang terbesar. Gunakan pilihan -histogram_diskrit untuk menyelesaikannya secara automatik, atau gunakan
-integer_histogram untuk mempunyai tong dengan lebar unit jika data input sememangnya integer
(cth data label). Secara umum, seseorang harus berhati-hati tentang penjilidan semula diskret
data kepada histogram dengan saiz tong yang hampir dengan tahap pendiskretan.
PILIHAN
Ambil perhatian bahawa pilihan boleh ditentukan dalam bentuk singkatan (selagi ia unik) dan
boleh diberikan di mana-mana sahaja pada baris arahan. Susunan di mana statistik dicetak
akan sentiasa sama tanpa mengira atau susunan yang mereka diminta pada
baris arahan
Umum pilihan
-penyumbat
Tulis ganti fail sedia ada.
-noclobber
Jangan tulis ganti fail sedia ada (lalai).
-berkata-kata
Cetak maklumat tambahan (lebih daripada lalai).
-senyap Cetak nombor yang diminta sahaja
-saiz_penimbal_maks_dalam_kb saiz
Tentukan saiz maksimum penimbal dalaman (dalam kbait). Lalai ialah 4 MB.
Tidak sah nilai pilihan
-abaikan_nan
Kecualikan nilai tidak sah (di luar julat yang sah) daripada pengiraan statistik. Ini adalah
lalai.
-termasuk_nan
Anggap nilai tidak sah sebagai sifar dan masukkannya dalam pengiraan statistik.
-ganti_nan nilai
Gantikan nilai yang tidak sah dengan nilai yang ditentukan dan masukkan nilai baharu dalam
pengiraan statistik.
jumlah pelbagai pilihan
-lantai min1,min2, ...
Senarai sempadan bawah yang dipisahkan koma untuk julat data untuk disertakan dalam statistik
pengiraan.
-siling max1,max2, ...
Senarai sempadan atas yang dipisahkan koma untuk julat data untuk disertakan dalam statistik
pengiraan.
-rentang min1,max1,min2,max2, ...
Senarai sempadan bawah dan atas yang dipisahkan koma untuk julat data untuk disertakan
pengiraan statistik.
-nilai bin val1,val2, ...
Senarai nilai integer yang dipisahkan koma untuk disertakan dalam pengiraan statistik. Satu julat
daripada +/- 0.5 ditakrifkan di sekitar setiap nilai yang ditentukan.
-topeng nama fail.mnc
Nama fail yang akan digunakan untuk menyembunyikan data termasuk dalam pengiraan statistik. Untuk
ini untuk mempunyai sebarang kesan, anda mesti menentukan julat topeng dengan salah satu daripada yang berikut
pilihan.
-lantai_topeng min1,min2,...:
suka -lantai, tetapi digunakan pada fail topeng.
-mask_ceil max1,max2, ...
suka -siling, tetapi digunakan pada fail topeng.
-julat_topeng min1,max1,min2,max2, ...
suka -rentang, tetapi digunakan pada fail topeng.
-mask_binvalue val1,val2, ...
suka -nilai bin, tetapi digunakan pada fail topeng.
Histogram pilihan
-histogram nama fail
Nyatakan nama fail di mana histogram ditulis. Jika berbilang julat
atau julat topeng ditentukan, maka semua histogram ditulis dalam fail ini,
dipisahkan oleh garisan kosong. Maklumat yang menerangkan setiap histogram ditulis sebelum ini
ia dalam baris bermula dengan watak cincang (paun). Fail-fail ini boleh dimuatkan
ke dalam gnplot.
-sampah_sejarah bilangan tong sampah
Nyatakan bilangan tong dalam histogram.
-tong sampah bilangan tong sampah
Sinonim untuk -sampah_sejarah.
-tingkat_sejarah minit
Tentukan batas bawah untuk histogram.
-sejarah_siling maks
Tentukan sempadan atas untuk histogram.
-julat_sejarah minit maks
Nyatakan julat untuk histogram
-integer_histogram
Buat tong dengan lebar unit, berpusat di sekitar nilai integer. Ini berguna untuk
data integer seperti label. Julat histogram dibundarkan kepada integer terdekat,
maka min diturunkan dan maks dinaikkan sebanyak 0.5. Bilangan tong sampah diambil
sebagai perbezaan kedua-dua nilai ini. Ambil perhatian bahawa 0.01 ditambah kepada minimum dan
ditolak daripada maksimum sebelum pembundaran untuk memastikan a
julat yang ditentukan dengan betul (cth [0.5,255.5]) dipelihara. Jika anda ingin mempunyai
tong integer yang lebih lebar daripada satu, anda perlu menyenarai julat histogram
dan bilangan tong sendiri dan tidak menggunakan pilihan ini.
-histogram_diskrit
Cuba untuk memadankan histogram dengan pendiskretan data input. Ini adalah
sesuai untuk data berterusan yang disimpan dalam perwakilan integer dan
apabila lebar tong yang hampir dengan pendiskretan dikehendaki. Ini serupa dengan
-integer_histogram, kecuali julat histogram mula-mula ditukar kepada voxel
nilai yang dibulatkan dan dilanjutkan dengan separuh tong di kedua-dua belah. Voxel baharu ini
julat kemudian ditukar kembali kepada nilai sebenar. Bilangan tong sampah diambil sebagai
perbezaan dalam julat nilai voxel. Ambil perhatian bahawa ini tidak mengambil kira variasi
dalam penskalaan kepingan ke kepingan, jadi kesan histogram ganjil mungkin masih berlaku. Pilihan ini adalah
bertujuan untuk memberikan tingkah laku yang serupa dengan jumlah_stats.
-int_max_bins bilangan tong sampah
Nyatakan histogram terbesar yang boleh bersaiz secara automatik dengan yang di atas
pilihan. Had menghalang penciptaan histogram besar secara tidak sengaja. Pilihan ini
menggantikan yang lama -max_bins pilihan dalam MINC 1.1.
Asas statistik
-semua Kira semua ukuran statistik. Ini adalah lalai.
-tiada Sinonim untuk -kira (untuk persamaan dengan volume_stats). Perhatikan bahawa walaupun ini adalah
perlu untuk jumlah_stats, ia tidak diperlukan di sini, kerana menyatakan mana-mana daripada ini
pilihan dimatikan secara automatik -semua
-kira Kira bilangan voxel yang berada dalam julat dan topeng.
-peratus
Cetak peratusan voxel dalam julat dan topeng
-isipadu
Cetak kelantangan voxel dalam julat dan topeng (dalam kiub mm).
-min Cetak nilai minimum.
-maks Cetak nilai maksimum.
-jumlah Cetak jumlah semua nilai.
-jumlah2 Cetak hasil tambah kuasa dua semua nilai.
-bermaksud Cetak min.
-variance
Cetak varians.
-stddev
Cetak sisihan piawai.
-kecondongan
Cetak kecondongan sampel (saat ke-3) .
-kurtosis
Cetak sampel kurtosis (saat ke-4) .
-CoM Cetak pusat jisim. Kedua-dua koordinat voxel dan koordinat dunia adalah
dicetak. Koordinat voxel dicetak dalam susunan fail, manakala dunia
koordinat dicetak dalam susunan x,y,z.
-com Sinonim untuk -CoM.
-dunia_sahaja
Cetak pusat jisim dalam koordinat dunia sahaja.
Histogram statistik
Ambil perhatian bahawa statistik histogram diperolehi semata-mata daripada kiraan histogram dan tong
pusat, jadi hasil seperti median tidak akan sama persis dengan nilai sebenar untuk
semua termasuk voxel. Sebagai contoh, ralat pada median boleh sebesar separuh tong
lebar. Tambahan pula, jika julat histogram adalah kurang daripada voxel yang disertakan, maka
keputusan terpakai hanya untuk voxel yang disertakan dalam histogram.
-kira_sejarah
Cetak nombor voxel dalam histogram. Ini mungkin berbeza daripada bilangan
disertakan dan bertopeng voxel jika julat histogram kurang daripada julat
data yang disertakan.
-sejarah_peratus
Peratusan cetakan voxel yang disertakan dalam histogram.
-median
Cetak median histogram.
-majoriti
Cetak pusat tong sampah (nilai keamatan) untuk tong sampah yang paling banyak dikira.
-biModalT
Cetak ambang dwi-modal yang memisahkan kelantangan kepada dua kelas Lalainya ialah
untuk menggunakan kaedah otsu (lihat pilihan di bawah)
-otsu Gunakan kaedah yang diterangkan dalam Otsu N, "Kaedah Pemilihan Ambang dari peringkat Kelabu
Histograms", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 hingga
mengira ambang
-anak kucing
Gunakan algoritma Kittler&Illingworth '86 untuk mengira ambang bimodal.
Kittler, J. & Illingworth J., "Ambang ralat minimum", Pengecaman Corak,
jld 19, ms 41-47, 1986.
-kapur Gunakan Kapur et al. Algoritma '85 untuk mengira ambang bimodal. Kapur,
Sahoo & Wong "Kaedah baharu untuk ambang gambar peringkat Kelabu menggunakan entropi
histogram", Penglihatan Komputer, Grafik dan Pemprosesan Imej, vol 29, ms
273-285, 1985.
-mudah
Gunakan algoritma min-of-means yang mudah untuk mengira ambang bimodal Ini lebih
komputasi mahal daripada beberapa alternatif, dan nampaknya tidak melakukan a
bagus. Tetapi ia kelihatan lebih mantap daripada beberapa kaedah lain.
-pctT Cetak ambang yang diperlukan untuk peratusan kritikal histogram tertentu.
-entropi
Cetak entropi Shannon.
H(x) = - Jumlah(P(i) * log2(P(i))
di mana P(i) ialah kebarangkalian tong
Generik pilihan Untuk semua arahan:
-membantu Cetak ringkasan pilihan baris arahan dan keluar.
-turun
Cetak nombor versi program dan keluar.
Gunakan mincstats dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
